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- PDB-7jod: Crystal structure of BbKI complexed with Human Kallikrein 4 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7jod
タイトルCrystal structure of BbKI complexed with Human Kallikrein 4
要素
  • Kallikrein 4 (Prostase, enamel matrix, prostate), isoform CRA_a
  • Kunitz-type inihibitor
キーワードHYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / inhibitor / PLANT PROTEIN / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


amelogenesis / endopeptidase inhibitor activity / extracellular matrix disassembly / protein catabolic process / serine-type endopeptidase activity / proteolysis
類似検索 - 分子機能
Proteinase inhibitor I3, Kunitz legume / Trypsin and protease inhibitor / Soybean trypsin inhibitor (Kunitz) family of protease inhibitors / Kunitz inhibitor STI-like superfamily / : / Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. / Serine proteases, trypsin family, serine active site. ...Proteinase inhibitor I3, Kunitz legume / Trypsin and protease inhibitor / Soybean trypsin inhibitor (Kunitz) family of protease inhibitors / Kunitz inhibitor STI-like superfamily / : / Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. / Serine proteases, trypsin family, serine active site. / Serine proteases, trypsin domain profile. / Trypsin-like serine protease / Serine proteases, trypsin domain / Trypsin / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Kallikrein 4 (Prostase, enamel matrix, prostate), isoform CRA_a / Kunitz-type inihibitor
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Bauhinia bauhinioides (マメ科)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.33 Å
データ登録者Li, M. / Wlodawer, A. / Gustchina, A.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2021
タイトル: Structural studies of complexes of kallikrein 4 with wild-type and mutated forms of the Kunitz-type inhibitor BbKI
著者: Li, M. / Srp, J. / Mares, M. / Wlodawer, A. / Gustchina, A.
履歴
登録2020年8月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年7月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年8月11日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year / _citation_author.name / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.32024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _struct.title

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
E: Kallikrein 4 (Prostase, enamel matrix, prostate), isoform CRA_a
I: Kunitz-type inihibitor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,70210
ポリマ－42,0672
非ポリマー1,6358
水11,295627
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2930 Å2
ΔGint-47 kcal/mol
Surface area17360 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)104.185, 104.185, 87.013
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11E-526-

HOH

21E-721-

HOH

31I-1118-

HOH

41I-1150-

HOH

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要素

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タンパク質 , 2種, 2分子 EI

#1: タンパク質 Kallikrein 4 (Prostase, enamel matrix, prostate), isoform CRA_a / Kallikrein B1 / Kallikrein-4


分子量: 23926.010 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KLK4, KLNB1, hCG_1641510 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0C4DFQ5
#2: タンパク質 Kunitz-type inihibitor


分子量: 18140.520 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bauhinia bauhinioides (マメ科) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6VEQ7

-
非ポリマー , 5種, 635分子

#3: 化合物 ChemComp-2PE / NONAETHYLENE GLYCOL / 3,6,9,12,15,18,21,24-オクタオキサヘキサコサン-1,26-ジオ-ル


分子量: 414.488 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H38O10 / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-CD / CADMIUM ION


分子量: 112.411 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cd
#5: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 627 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.05 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 2.4M Ammonium Sulfate, 2%PEG400, 10mM CdCl2

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年12月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.33→50 Å / Num. obs: 120718 / % possible obs: 96.8 % / 冗長度: 5 % / Rsym value: 0.073 / Net I/σ(I): 18.2
反射 シェル解像度: 1.33→1.35 Å / 冗長度: 2.6 % / Num. unique obs: 4059 / Rsym value: 0.798 / % possible all: 65.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0258精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4k8y, 6DWF

4k8y

6dwf


解像度: 1.33→39 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.983 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.981 / SU B: 1.421 / SU ML: 0.024 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.037 / ESU R Free: 0.035 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1325 1099 1 %RANDOM
Rwork0.1138 ---
obs0.114 105106 85.84 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 128.01 Å2 / Biso mean: 18.849 Å2 / Biso min: 5.54 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.65 Å2-0.33 Å2-0 Å2
2---0.65 Å20 Å2
3---2.11 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.33→39 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2951 0 26 627 3604
Biso mean--50.72 42.51 -
残基数----390
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0133258
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0173004
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9531.6344464
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.6321.5687075
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.1415440
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.31923.701154
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.76215548
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.9461514
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1120.2422
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.023681
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02625
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr5.2836259
LS精密化 シェル解像度: 1.334→1.369 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.285 8 -
Rwork0.275 1223 -
all-1231 -
obs--13.61 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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