[日本語] English
万見
- PDB-7jnt: CRYSTAL STRUCTURE OF RHO-ASSOCIATED PROTEIN KINASE 2 (ROCK2) IN C... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7jnt
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF RHO-ASSOCIATED PROTEIN KINASE 2 (ROCK2) IN COMPLEX WITH A POTENT AND SELECTIVE DUAL ROCK INHIBITOR
要素Rho-associated protein kinase 2
キーワードTRANSFERASE / ROCK 2 / KINASE / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBIT COMPLEX / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


cellular response to acetylcholine / positive regulation of centrosome duplication / positive regulation of connective tissue growth factor production / positive regulation of amyloid precursor protein catabolic process / regulation of angiotensin-activated signaling pathway / Rho-dependent protein serine/threonine kinase activity / negative regulation of protein localization to lysosome / positive regulation of connective tissue replacement / regulation of keratinocyte differentiation / positive regulation of fibroblast growth factor production ...cellular response to acetylcholine / positive regulation of centrosome duplication / positive regulation of connective tissue growth factor production / positive regulation of amyloid precursor protein catabolic process / regulation of angiotensin-activated signaling pathway / Rho-dependent protein serine/threonine kinase activity / negative regulation of protein localization to lysosome / positive regulation of connective tissue replacement / regulation of keratinocyte differentiation / positive regulation of fibroblast growth factor production / response to transforming growth factor beta / negative regulation of myosin-light-chain-phosphatase activity / regulation of nervous system process / regulation of cell junction assembly / negative regulation of bicellular tight junction assembly / modulation by host of viral process / regulation of cellular response to hypoxia / positive regulation of protein localization to early endosome / embryonic morphogenesis / negative regulation of nitric oxide biosynthetic process / negative regulation of biomineral tissue development / cellular response to testosterone stimulus / regulation of establishment of endothelial barrier / RHO GTPases Activate ROCKs / regulation of stress fiber assembly / regulation of cell motility / actomyosin structure organization / Sema4D induced cell migration and growth-cone collapse / response to angiotensin / aortic valve morphogenesis / regulation of establishment of cell polarity / RHOBTB1 GTPase cycle / cortical actin cytoskeleton organization / regulation of focal adhesion assembly / positive regulation of amyloid-beta formation / RHOB GTPase cycle / tau-protein kinase activity / EPHA-mediated growth cone collapse / mRNA destabilization / positive regulation of cardiac muscle hypertrophy / RHOC GTPase cycle / centrosome duplication / RHOH GTPase cycle / Rho protein signal transduction / mitotic cytokinesis / endopeptidase activator activity / smooth muscle contraction / RHOA GTPase cycle / epithelial to mesenchymal transition / canonical NF-kappaB signal transduction / regulation of cell adhesion / positive regulation of stress fiber assembly / EPHB-mediated forward signaling / positive regulation of endothelial cell migration / blood vessel diameter maintenance / negative regulation of angiogenesis / protein localization to plasma membrane / response to ischemia / regulation of actin cytoskeleton organization / tau protein binding / regulation of circadian rhythm / small GTPase binding / VEGFA-VEGFR2 Pathway / cytoplasmic ribonucleoprotein granule / G alpha (12/13) signalling events / rhythmic process / actin cytoskeleton organization / protease binding / Potential therapeutics for SARS / positive regulation of MAPK cascade / cytoskeleton / non-specific serine/threonine protein kinase / positive regulation of cell migration / positive regulation of protein phosphorylation / protein phosphorylation / negative regulation of gene expression / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / centrosome / positive regulation of gene expression / structural molecule activity / RNA binding / ATP binding / nucleus / metal ion binding / plasma membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / Rho-associated protein kinase 2, HR1 domain / ROCK, Rho binding domain / Rho-associated protein kinase 1/2 / Rho Binding / Rho-binding (RhoBD) domain profile. / HR1 rho-binding domain / REM-1 domain profile. / Zinc finger phorbol-ester/DAG-type profile. / Protein kinase C conserved region 1 (C1) domains (Cysteine-rich domains) ...: / Rho-associated protein kinase 2, HR1 domain / ROCK, Rho binding domain / Rho-associated protein kinase 1/2 / Rho Binding / Rho-binding (RhoBD) domain profile. / HR1 rho-binding domain / REM-1 domain profile. / Zinc finger phorbol-ester/DAG-type profile. / Protein kinase C conserved region 1 (C1) domains (Cysteine-rich domains) / Protein kinase C-like, phorbol ester/diacylglycerol-binding domain / C1-like domain superfamily / Extension to Ser/Thr-type protein kinases / AGC-kinase, C-terminal / AGC-kinase C-terminal domain profile. / PH domain profile. / Pleckstrin homology domain. / Pleckstrin homology domain / PH-like domain superfamily / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-VFA / Rho-associated protein kinase 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.214 Å
データ登録者Muckelbauer, J.K.
引用ジャーナル: Bioorg.Med.Chem.Lett. / 年: 2020
タイトル: Identification of 5H-chromeno[3,4-c]pyridine and 6H-isochromeno[3,4-c]pyridine derivatives as potent and selective dual ROCK inhibitors.
著者: Hu, Z. / Wang, C. / Sitkoff, D. / Cheadle, N.L. / Xu, S. / Muckelbauer, J.K. / Adam, L.P. / Wexler, R.R. / Quan, M.L.
履歴
登録2020年8月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年9月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月6日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Rho-associated protein kinase 2
B: Rho-associated protein kinase 2
C: Rho-associated protein kinase 2
D: Rho-associated protein kinase 2
E: Rho-associated protein kinase 2
F: Rho-associated protein kinase 2
G: Rho-associated protein kinase 2
H: Rho-associated protein kinase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)369,65625
ポリマ－365,6078
非ポリマー4,04917
水4,918273
1
A: Rho-associated protein kinase 2
B: Rho-associated protein kinase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)92,3256
ポリマ－91,4022
非ポリマー9234
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3400 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area32990 Å2
手法PISA
2
C: Rho-associated protein kinase 2
D: Rho-associated protein kinase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)92,3256
ポリマ－91,4022
非ポリマー9234
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3390 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area33270 Å2
手法PISA
3
E: Rho-associated protein kinase 2
F: Rho-associated protein kinase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)92,5217
ポリマ－91,4022
非ポリマー1,1195
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3360 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area33590 Å2
手法PISA
4
G: Rho-associated protein kinase 2
H: Rho-associated protein kinase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)92,4856
ポリマ－91,4022
非ポリマー1,0834
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3390 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area34210 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)93.617, 100.992, 102.888
Angle α, β, γ (deg.)83.11, 73.53, 78.38
Int Tables number1
Space group name H-MP1

-
要素

#1: タンパク質
Rho-associated protein kinase 2 / Rho kinase 2 / Rho-associated / coiled-coil-containing protein kinase 2 / coiled-coil-containing ...Rho kinase 2 / Rho-associated / coiled-coil-containing protein kinase 2 / coiled-coil-containing protein kinase II / ROCK-II / p164 ROCK-2


分子量: 45700.914 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ROCK2, KIAA0619 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
参照: UniProt: O75116, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: 化合物
ChemComp-VFA / N-[(3-methoxyphenyl)methyl]-5H-[1]benzopyrano[3,4-c]pyridine-8-carboxamide


分子量: 346.379 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H18N2O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸


分子量: 195.237 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 273 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.6 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: NULL

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年3月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.21→98.7 Å / Num. obs: 105798 / % possible obs: 60.1 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.2 % / Biso Wilson estimate: 61.57 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.037 / Net I/σ(I): 11.3
反射 シェル解像度: 2.21→2.46 Å / 冗長度: 2.4 % / Rmerge(I) obs: 0.546 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique obs: 5290 / % possible all: 11.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.11.7 (6-FEB-2020)精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: NULL

解像度: 2.214→98.44 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.933 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.915 / SU R Cruickshank DPI: 0.953 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.713 / SU Rfree Blow DPI: 0.299 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.312
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2488 865 0.82 %RANDOM
Rwork0.2112 ---
obs0.2115 105798 60.1 %-
原子変位パラメータBiso mean: 56.75 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.7978 Å2-0.169 Å20.3416 Å2
2--0.2033 Å2-0.6212 Å2
3---0.5945 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.37 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.214→98.44 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数23623 0 283 285 24191
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.00824751HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg0.933650HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d8174SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes4590HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it24751HARMONIC10
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.95
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion17.84
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion3095SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact17455SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.214→2.38 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2848 -0.73 %
Rwork0.2238 2443 -
obs--7.18 %

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る