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- PDB-7jmv: Crystal structure of the pea pathogenicity protein 2 from Madurel... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7jmv
タイトルCrystal structure of the pea pathogenicity protein 2 from Madurella mycetomatis complexed with 4-nitrocatechol
要素Pea pathogenicity protein 2
キーワードLYASE / Gallic acid decarboxylase
機能・相同性SnoaL-like domain / SnoaL-like domain / WW/rsp5/WWP domain profile. / WW domain / NTF2-like domain superfamily / 4-NITROCATECHOL / : / Pea pathogenicity protein 2
機能・相同性情報
生物種Madurella mycetomatis (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.57 Å
データ登録者Zeug, M. / Markovic, N. / Iancu, C.V. / Tripp, J. / Oreb, M. / Choe, J.
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2021
タイトル: Crystal structures of non-oxidative decarboxylases reveal a new mechanism of action with a catalytic dyad and structural twists.
著者: Zeug, M. / Markovic, N. / Iancu, C.V. / Tripp, J. / Oreb, M. / Choe, J.Y.
履歴
登録2020年8月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年2月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Pea pathogenicity protein 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,6815
ポリマ－27,4071
非ポリマー2744
水2,936163
1
A: Pea pathogenicity protein 2
ヘテロ分子

A: Pea pathogenicity protein 2
ヘテロ分子

A: Pea pathogenicity protein 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)83,04315
ポリマ－82,2203
非ポリマー82312
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_545-y,x-y-1,z1
crystal symmetry operation3_655-x+y+1,-x,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)98.740, 98.740, 62.287
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number150
Space group name H-MP321
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-302-

K

21A-451-

HOH

31A-533-

HOH

41A-555-

HOH

51A-560-

HOH

61A-561-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Pea pathogenicity protein 2


分子量: 27406.799 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Madurella mycetomatis (菌類) / 遺伝子: MMYC01_201259, MMYC01_203104 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A175WC91
#2: 化合物 ChemComp-4NC / 4-NITROCATECHOL


分子量: 155.108 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H5NO4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: K / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 163 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.54 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 15 % PEG 3350, 0.2 M Calcium Chloride, 0.1 M MES / PH範囲: 5.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 0.97934 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年2月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97934 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.57→42.76 Å / Num. obs: 49087 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 9.8 % / Rsym value: 0.08 / Net I/σ(I): 41.4
反射 シェル解像度: 1.57→1.6 Å / Num. unique obs: 3019 / Rsym value: 0.894

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7JMR

7jmr


解像度: 1.57→42.76 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 18.01 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1907 2282 4.65 %
Rwork0.1766 46805 -
obs0.1772 49087 99.95 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 94.14 Å2 / Biso mean: 26.764 Å2 / Biso min: 8.58 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.57→42.76 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1805 0 19 163 1987
Biso mean--22.06 31.03 -
残基数----223
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.011866
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0382522
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d6.711242
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.061255
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007323
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 16

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.57-1.60.25861260.28322893301999
1.6-1.640.30751200.24629233043100
1.64-1.680.24121560.213728703026100
1.68-1.730.21141540.201228833037100
1.73-1.780.21621400.194628993039100
1.78-1.840.22121480.192928963044100
1.84-1.90.20421720.192928853057100
1.9-1.980.23111480.185929053053100
1.98-2.070.21971380.170229003038100
2.07-2.180.18491280.166929223050100
2.18-2.310.15221440.169329293073100
2.31-2.490.20651450.166829413086100
2.49-2.740.18771370.173429393076100
2.74-3.140.19321360.179129523088100
3.14-3.960.18121390.161329843123100
3.96-42.760.16271510.170130843235100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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