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- PDB-7jm5: Crystal structure of KDM4B in complex with QC6352 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7jm5
タイトルCrystal structure of KDM4B in complex with QC6352
要素Lysine-specific demethylase 4B
キーワードOXIDOREDUCTASE/OXIDOREDUCTASE inhibitor / KDM4 / KDM4B / PROTEIN-INHIBITOR COMPLEX / DEMETHYLASE / EPIGENETICS / OXIDOREDUCTASE-INHIBITOR COMPLEX / OXIDOREDUCTASE / OXIDOREDUCTASE-OXIDOREDUCTASE inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


histone H3K36 demethylase activity / histone H3K9me2/H3K9me3 demethylase activity / [histone H3]-trimethyl-L-lysine9 demethylase / histone H3K9 demethylase activity / histone demethylase activity / HDMs demethylate histones / brain development / Recruitment and ATM-mediated phosphorylation of repair and signaling proteins at DNA double strand breaks / regulation of gene expression / Estrogen-dependent gene expression ...histone H3K36 demethylase activity / histone H3K9me2/H3K9me3 demethylase activity / [histone H3]-trimethyl-L-lysine9 demethylase / histone H3K9 demethylase activity / histone demethylase activity / HDMs demethylate histones / brain development / Recruitment and ATM-mediated phosphorylation of repair and signaling proteins at DNA double strand breaks / regulation of gene expression / Estrogen-dependent gene expression / chromatin remodeling / chromatin / nucleoplasm / nucleus / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / Lysine-specific demethylase 4, Tudor domain / Jumonji domain-containing protein 2A Tudor domain / Tudor domain / Tudor domain / PHD-finger / PHD-zinc-finger like domain / JmjN domain / jmjN domain / JmjN domain profile. ...: / Lysine-specific demethylase 4, Tudor domain / Jumonji domain-containing protein 2A Tudor domain / Tudor domain / Tudor domain / PHD-finger / PHD-zinc-finger like domain / JmjN domain / jmjN domain / JmjN domain profile. / Small domain found in the jumonji family of transcription factors / Extended PHD (ePHD) domain / Extended PHD (ePHD) domain profile. / JmjC domain, hydroxylase / A domain family that is part of the cupin metalloenzyme superfamily. / JmjC domain / JmjC domain profile. / Zinc finger, PHD-type / PHD zinc finger / Zinc finger, FYVE/PHD-type / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-9DJ / NICKEL (II) ION / Lysine-specific demethylase 4B
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者White, S.W. / Yun, M.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)R01CA229739 米国
引用ジャーナル: Sci Transl Med / 年: 2022
タイトル: Targeting KDM4 for treating PAX3-FOXO1-driven alveolar rhabdomyosarcoma.
著者: Singh, S. / Abu-Zaid, A. / Jin, H. / Fang, J. / Wu, Q. / Wang, T. / Feng, H. / Quarni, W. / Shao, Y. / Maxham, L. / Abdolvahabi, A. / Yun, M.K. / Vaithiyalingam, S. / Tan, H. / Bowling, J. / ...著者: Singh, S. / Abu-Zaid, A. / Jin, H. / Fang, J. / Wu, Q. / Wang, T. / Feng, H. / Quarni, W. / Shao, Y. / Maxham, L. / Abdolvahabi, A. / Yun, M.K. / Vaithiyalingam, S. / Tan, H. / Bowling, J. / Honnell, V. / Young, B. / Guo, Y. / Bajpai, R. / Pruett-Miller, S.M. / Grosveld, G.C. / Hatley, M. / Xu, B. / Fan, Y. / Wu, G. / Chen, E.Y. / Chen, T. / Lewis, P.W. / Rankovic, Z. / Li, Y. / Murphy, A.J. / Easton, J. / Peng, J. / Chen, X. / Wang, R. / White, S.W. / Davidoff, A.M. / Yang, J.
履歴
登録2020年7月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年2月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年8月17日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Lysine-specific demethylase 4B
B: Lysine-specific demethylase 4B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)85,3787
ポリマ－84,4202
非ポリマー9585
水55831
1
A: Lysine-specific demethylase 4B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,6563
ポリマ－42,2101
非ポリマー4462
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Lysine-specific demethylase 4B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,7214
ポリマ－42,2101
非ポリマー5123
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)59.825, 97.107, 80.068
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 106.516, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

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要素

#1: タンパク質 Lysine-specific demethylase 4B / JmjC domain-containing histone demethylation protein 3B / Jumonji domain-containing protein 2B / ...JmjC domain-containing histone demethylation protein 3B / Jumonji domain-containing protein 2B / [histone H3]-trimethyl-L-lysine(9) demethylase 4B


分子量: 42209.922 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KDM4B, JHDM3B, JMJD2B, KIAA0876 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: O94953, [histone H3]-trimethyl-L-lysine9 demethylase
#2: 化合物 ChemComp-NI / NICKEL (II) ION


分子量: 58.693 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#3: 化合物 ChemComp-9DJ / 3-[({(1R)-6-[methyl(phenyl)amino]-1,2,3,4-tetrahydronaphthalen-1-yl}methyl)amino]pyridine-4-carboxylic acid


分子量: 387.474 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H25N3O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 31 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.64 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.43 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: tri-sodium citrate, PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年11月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→50 Å / Num. obs: 24351 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 6.6 % / Biso Wilson estimate: 64.96 Å2 / CC1/2: 0.993 / Rmerge(I) obs: 0.125 / Rpim(I) all: 0.051 / Net I/σ(I): 16.5
反射 シェル解像度: 2.7→2.76 Å / 冗長度: 5.4 % / Rmerge(I) obs: 0.763 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique obs: 1435 / CC1/2: 0.867 / Rpim(I) all: 0.34 / % possible all: 93.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.14_3260精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4LXL

4lxl


解像度: 2.7→41.03 Å / SU ML: 0.3834 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 29.1037 / 立体化学のターゲット値: CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2437 1201 4.99 %
Rwork0.1956 22852 -
obs0.198 24053 99.3 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 78.42 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→41.03 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5539 0 61 31 5631
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0025768
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.47577829
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0425814
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004994
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.40723366
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.7-2.810.36551280.3312460X-RAY DIFFRACTION96.17
2.81-2.940.31811320.29112511X-RAY DIFFRACTION99.14
2.94-3.090.29941330.26752554X-RAY DIFFRACTION99.89
3.09-3.280.27791340.22772530X-RAY DIFFRACTION99.85
3.28-3.540.24711340.22182545X-RAY DIFFRACTION100
3.54-3.890.26941340.19712547X-RAY DIFFRACTION99.74
3.89-4.460.22231340.16592545X-RAY DIFFRACTION99.85
4.46-5.610.19811350.15522565X-RAY DIFFRACTION99.82
5.61-41.030.22991370.17882595X-RAY DIFFRACTION99.38
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.13685498263-0.3320732736470.5947907309992.89412650213-0.4604580980681.85996087807-0.0514068245227-0.02950711223050.03573400005020.1815468459650.01477745742020.102024884101-0.144841997945-0.07356570551880.03668612334170.604619915718-0.0573913121153-0.0609347735360.485350854882-0.0227514653220.46239233360264.9746916612-3.2885016228425.6252222105
21.84843611844-0.745474311999-1.277709657572.628502238851.029243992273.45132746267-0.0006554848215980.09566461953610.06439998483860.247716054247-0.04314623627380.2334539521090.176910358074-0.3279578511470.03453530308810.519876282001-0.0545766429503-0.0678029616240.5214943347680.007368125244530.5193972770142.0851643813-2.78893435014-10.2598140599
34.26495304649-0.320769751296-1.721570636074.39644605296-0.3355814565518.214531025310.05543689088020.3396219202290.18327653661-0.449505589521-0.07924233442740.218909268539-0.1360108887010.01873269866070.01879992374371.08292593427-0.027629191245-0.2297839206880.8306834310730.2328210248031.1209945306263.7907443026-10.202985755419.8724554267
41.49863019692-0.2608686179261.517556543612.11253414752-2.018628983423.03029909338-0.194375671574-0.2651789296820.131434231530.1395128389420.1952881572090.330881992404-0.09439448462220.0835568621079-0.009089345962911.10169155121-0.109148226245-0.2517146757150.9904278845180.1061147333240.90226269523448.2073321831-8.71056533829-7.89673877968
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(chain 'A' and resid 6 through 362)
2X-RAY DIFFRACTION2(chain 'B' and resid 7 through 362)
3X-RAY DIFFRACTION3(chain 'A' and resid 501)
4X-RAY DIFFRACTION4(chain 'B' and resid 501)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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