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- PDB-7jm4: IRF Transcription Factor -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7jm4
タイトルIRF Transcription Factor
要素
  • (Interferon-Stimulated Response Elements) x 2
  • Interferon regulatory factor 4
キーワードTRANSCRIPTION / DNA-bound transcription factor
機能・相同性
機能・相同性情報


T-helper 17 cell lineage commitment / negative regulation of toll-like receptor signaling pathway / regulation of T-helper cell differentiation / myeloid dendritic cell differentiation / positive regulation of interleukin-13 production / immune system process / positive regulation of interleukin-4 production / defense response to protozoan / Regulation of MITF-M-dependent genes involved in pigmentation / positive regulation of interleukin-10 production ...T-helper 17 cell lineage commitment / negative regulation of toll-like receptor signaling pathway / regulation of T-helper cell differentiation / myeloid dendritic cell differentiation / positive regulation of interleukin-13 production / immune system process / positive regulation of interleukin-4 production / defense response to protozoan / Regulation of MITF-M-dependent genes involved in pigmentation / positive regulation of interleukin-10 production / Nuclear events stimulated by ALK signaling in cancer / positive regulation of interleukin-2 production / T cell activation / Interferon gamma signaling / sequence-specific double-stranded DNA binding / Interferon alpha/beta signaling / nucleosome / positive regulation of cold-induced thermogenesis / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / sequence-specific DNA binding / transcription coactivator activity / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / chromatin remodeling / DNA-binding transcription factor activity / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / chromatin / regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleoplasm / membrane / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Interferon regulatory factor-3 / Interferon-regulatory factor 3 / Interferon-regulatory factor 3 / Interferon regulatory factor, conserved site / IRF tryptophan pentad repeat DNA-binding domain signature. / Interferon regulatory factor transcription factor / interferon regulatory factor / Interferon regulatory factor DNA-binding domain / IRF tryptophan pentad repeat DNA-binding domain profile. / SMAD-like domain superfamily ...Interferon regulatory factor-3 / Interferon-regulatory factor 3 / Interferon-regulatory factor 3 / Interferon regulatory factor, conserved site / IRF tryptophan pentad repeat DNA-binding domain signature. / Interferon regulatory factor transcription factor / interferon regulatory factor / Interferon regulatory factor DNA-binding domain / IRF tryptophan pentad repeat DNA-binding domain profile. / SMAD-like domain superfamily / SMAD/FHA domain superfamily / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Interferon regulatory factor 4
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.95 Å
データ登録者Sundararaj, S. / Williams, S.J. / Casarotto, M.G.
資金援助 オーストラリア, 1件
組織認可番号国
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia)APP1126201 オーストラリア
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2021
タイトル: Structural determinants of the IRF4/DNA homodimeric complex.
著者: Sundararaj, S. / Seneviratne, S. / Williams, S.J. / Enders, A. / Casarotto, M.G.
履歴
登録2020年7月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年3月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
D: Interferon-Stimulated Response Elements
E: Interferon-Stimulated Response Elements
B: Interferon regulatory factor 4
A: Interferon regulatory factor 4
C: Interferon-Stimulated Response Elements
F: Interferon-Stimulated Response Elements
G: Interferon regulatory factor 4
H: Interferon regulatory factor 4


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)75,7188
ポリマ－75,7188
非ポリマー00
水00
1
D: Interferon-Stimulated Response Elements
E: Interferon-Stimulated Response Elements
B: Interferon regulatory factor 4
A: Interferon regulatory factor 4


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,8594
ポリマ－37,8594
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5860 Å2
ΔGint-43 kcal/mol
Surface area16870 Å2
手法PISA
2
C: Interferon-Stimulated Response Elements
F: Interferon-Stimulated Response Elements
G: Interferon regulatory factor 4
H: Interferon regulatory factor 4


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,8594
ポリマ－37,8594
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5820 Å2
ΔGint-43 kcal/mol
Surface area16860 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)117.802, 117.802, 154.579
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

#1: DNA鎖 Interferon-Stimulated Response Elements


分子量: 5840.830 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#2: DNA鎖 Interferon-Stimulated Response Elements


分子量: 5808.741 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#3: タンパク質
Interferon regulatory factor 4 / IRF-4 / Lymphocyte-specific interferon regulatory factor / LSIRF / Multiple myeloma oncogene 1 / NF-EM5


分子量: 13104.822 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IRF4, MUM1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: Q15306

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.92 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 10 % PEG 4000, 0.1 M Na acetate pH 4.6

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2019年4月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.95→48.44 Å / Num. obs: 26659 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 11.1 % / Biso Wilson estimate: 76.67 Å2 / CC1/2: 0.999 / CC star: 1 / Rmerge(I) obs: 0.1054 / Rrim(I) all: 0.1106 / Net I/σ(I): 19.23
反射 シェル解像度: 2.95→3.055 Å / Rmerge(I) obs: 1.251 / Num. unique obs: 2492 / CC1/2: 0.692 / CC star: 0.904 / Rpim(I) all: 1.318 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.10.1_2155精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2IRF

2irf


解像度: 2.95→48.44 Å / SU ML: 0.36 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.08 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2055 1320 4.98 %
Rwork0.1848 --
obs0.1859 26532 99.52 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.95→48.44 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3649 1555 0 0 5204
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0035493
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6217742
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.6853007
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.041801
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003731
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.95-3.06810.32941410.33172635X-RAY DIFFRACTION96
3.0681-3.20770.28161450.27142784X-RAY DIFFRACTION100
3.2077-3.37680.311460.24642801X-RAY DIFFRACTION100
3.3768-3.58830.25691450.23232770X-RAY DIFFRACTION100
3.5883-3.86520.23231460.20882796X-RAY DIFFRACTION100
3.8652-4.2540.16341450.16812789X-RAY DIFFRACTION100
4.254-4.86910.20371450.16092843X-RAY DIFFRACTION100
4.8691-6.13260.17671510.15452840X-RAY DIFFRACTION100
6.1326-48.440.16371560.14732954X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.3004-3.6224.77543.7338-3.01359.5205-0.44121.2119-1.1593-1.26321.04930.080.04890.4798-0.53370.5965-0.10230.03070.6034-0.06290.541125.1627-28.1457-38.1472
25.29452.20231.34622.0643-0.66325.0259-0.6716-0.04020.3116-0.13850.2301-0.48610.10580.70230.38750.56490.1185-0.02480.66260.07180.796454.6459-26.7844-38.9787
37.85145.55877.87989.67017.20528.3633-1.72571.40152.1222-0.89221.7361-0.7707-0.31050.9308-0.04080.54420.0681-0.00351.10690.28341.151768.8468-26.5556-47.8292
43.0042-1.9797-1.61552.26420.49111.6803-0.4611-0.549-0.28140.07710.01380.04540.40360.11110.42620.54980.04050.03760.55750.07090.524740.0366-28.5786-35.5864
59.6027-6.7759-3.94127.63174.21363.67730.0859-0.1510.48790.2434-0.0141-0.7371-0.1838-0.4398-0.13030.7266-0.0663-0.08020.52530.06470.515241.1545-7.1114-30.589
65.9003-0.12411.43096.18150.68445.21610.1023-0.4186-0.46820.83280.0627-0.3671-0.3493-0.4683-0.17520.79790.0789-0.06150.51280.02080.552334.0672-7.0055-23.0441
76.9863-3.68340.79483.39310.41162.5515-0.8534-1.44490.41010.00170.32390.55380.3734-1.05670.24660.7699-0.00310.07230.7428-0.04930.586120.3421-17.1315-32.5385
82.1259-2.157-2.20196.8287-1.73896.80790.0170.2146-0.17990.0361-0.19120.0239-1.1273-0.7150.1060.6489-0.0075-0.02810.5604-0.09980.387132.1119-11.2835-38.4576
93.7791-0.9121-2.73434.45970.13312.3835-0.0992-0.1341-0.37630.10750.0131-0.20240.2431-0.24350.09420.6085-0.022-0.04240.45580.05210.48736.0649-17.9811-37.8157
106.2572-2.92015.66073.2866-1.97975.7293-0.8313-2.8072-1.78050.31070.8580.6399-0.1701-1.6833-0.08530.991-0.09910.12930.85140.13060.708726.4529-18.5185-19.7611
119.49113.0308-1.098.29610.26487.8417-0.6933-1.2976-0.54611.35860.3724-0.4116-0.33481.10280.27590.86070.1419-0.0480.78670.09370.45937.4251-15.1564-21.1885
122.9073-1.69170.28164.7926-1.62364.72070.0057-0.4223-0.51390.8374-0.32670.07590.1561-0.12420.23490.783-0.13970.00470.58120.07760.6825-6.8264-50.3952-26.2778
134.33921.34061.54087.49763.77518.61180.21410.3832-0.52340.52570.1984-1.43760.72561.2116-0.47520.7455-0.0027-0.11490.91020.02630.868610.9036-46.7485-33.6309
145.6724-1.13070.33434.10781.22214.3199-0.0161-0.4491-0.29940.0711-0.21650.34360.4461-0.5486-0.05470.679-0.02550.0880.55170.06220.5833-3.1873-46.9928-38.5601
152.5891-1.9595-3.24.81552.59955.01990.06420.12870.1053-0.1941-0.3094-0.1107-0.2318-0.30370.03610.4979-0.02130.01840.4975-0.0010.4474-1.4845-41.0734-41.1275
169.0457-3.27091.7476.2923-0.10362.467-0.3295-2.1744-0.00291.0910.38311.0282-0.3276-0.6890.04291.18730.05310.32750.82280.05950.8209-9.3738-38.4699-23.9636
179.1832-2.6523-2.04255.2724-0.26976.4579-0.62-1.57340.64361.06290.5852-1.09380.31490.26410.27621.014-0.1462-0.22720.9484-0.03380.70096.235-41.9224-19.5188
186.8051-2.0719-0.14715.8058-0.256.6519-0.5425-0.6756-0.29481.34250.16660.234-0.2127-1.00460.22230.9124-0.11370.00750.9970.12760.5612-5.1673-42.8098-21.1333
194.7241-2.17572.79331.5945-0.25034.3553-0.3921-0.1126-0.28790.34780.10130.1142-0.3968-0.1870.24130.6813-0.06840.07660.6603-0.04020.5956-5.3464-30.5785-38.2118
203.61173.325-2.0888.30924.76289.7369-0.07980.88510.83680.09080.11621.4471-1.3299-1.7874-0.02180.89090.25940.15381.33730.16241.1377-34.2089-24.3126-39.9791
215.51620.8921-5.38959.4194-3.84816.2231-1.20710.6568-1.6883-0.26421.18891.32970.1343-0.9890.03320.73570.06990.18951.26220.04971.0763-32.5596-24.9906-48.0232
222.6677-1.5424-0.55943.107-1.58282.0235-0.2247-0.8971-0.35610.45810.04060.0273-0.6816-0.23270.15150.71350.07740.00220.8496-0.07580.4982-10.4359-29.8587-37.4436
233.34163.55410.15264.8948-3.02479.1147-1.16050.39940.95410.529-0.2906-0.9572-0.27490.8211.48060.7207-0.0506-0.0530.85230.05960.781812.5761-27.8759-31.8495
243.60971.18310.21753.0287-0.25436.29730.27440.5454-0.065-0.5957-0.2701-0.740.54961.12020.03580.8080.22790.2020.87590.05420.90158.9501-40.9209-59.0999
252.3992-2.2916-0.13953.4796-1.04373.72-0.15270.0933-0.56530.0132-0.2014-0.11950.63040.07860.39460.74430.05940.13730.63380.02260.787250.54-40.6375-47.1066
263.19690.98430.45123.9167-3.87694.52540.82770.508-0.35730.119-0.5470.17450.0613-0.0093-0.17110.86440.1121-0.0210.84480.17440.773160.4286-43.7135-34.9671
272.4246-1.18312.42054.47010.20792.9668-0.2053-0.00380.2890.16360.0557-0.449-0.26930.4007-0.00630.58970.10480.10270.66050.18340.766556.5299-31.6965-48.3909
284.5021.5848-4.09561.4143-3.10726.89220.26770.0668-0.0996-0.38250.0145-0.01050.04410.2752-0.1960.53080.12260.03830.651-0.05310.605147.9004-32.2691-58.8627
298.2234-0.1508-2.18735.4457-0.87234.7997-0.05870.21440.49940.06290.18820.6039-0.4479-0.359-0.19640.8170.1474-0.04780.56920.01590.6512-18.4083-13.8033-59.2009
302.9808-0.26810.17132.3940.6553.63030.079-0.25810.16960.435-0.03520.0063-0.6335-0.34150.02370.95650.12250.04330.6103-0.00920.6253-16.0003-16.4657-44.2531
317.77430.02523.05634.34941.43327.34730.13360.7034-1.0566-0.22220.0287-0.0774-0.17860.281-0.14320.57030.1050.02550.4968-0.06240.4563-9.9721-23.78-58.4162
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'D' and (resid 1 through 5 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'D' and (resid 6 through 19 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'E' and (resid 1 through 5 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'E' and (resid 6 through 19 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 23 through 34 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 35 through 53 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 54 through 63 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 64 through 78 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 79 through 109 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 110 through 121 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 122 through 129 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'G' and (resid 21 through 53 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'G' and (resid 54 through 67 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'G' and (resid 68 through 77 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'G' and (resid 78 through 103 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'G' and (resid 104 through 109 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'G' and (resid 110 through 121 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'G' and (resid 122 through 129 )
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'C' and (resid 1 through 15 )
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'C' and (resid 16 through 19 )
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'F' and (resid 1 through 5 )
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'F' and (resid 6 through 15 )
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'F' and (resid 16 through 19 )
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'A' and (resid 21 through 48 )
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'A' and (resid 49 through 78 )
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'A' and (resid 79 through 89 )
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'A' and (resid 90 through 109 )
28X-RAY DIFFRACTION28chain 'A' and (resid 110 through 129 )
29X-RAY DIFFRACTION29chain 'H' and (resid 21 through 53 )
30X-RAY DIFFRACTION30chain 'H' and (resid 54 through 109 )
31X-RAY DIFFRACTION31chain 'H' and (resid 110 through 128 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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