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万見
- PDB-7jm3: Full-length three-dimensional structure of the influenza A virus ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7jm3
タイトルFull-length three-dimensional structure of the influenza A virus M1 protein and its organization into a matrix layer
要素Matrix protein 1
キーワードVIRAL PROTEIN / influenza A / virus / matrix layer / M1 protein
機能・相同性
機能・相同性情報


Assembly of Viral Components at the Budding Site / Influenza Infection / Fusion of the Influenza Virion to the Host Cell Endosome / Release / Budding / Packaging of Eight RNA Segments / Uncoating of the Influenza Virion / Entry of Influenza Virion into Host Cell via Endocytosis / Viral RNP Complexes in the Host Cell Nucleus / NEP/NS2 Interacts with the Cellular Export Machinery ...Assembly of Viral Components at the Budding Site / Influenza Infection / Fusion of the Influenza Virion to the Host Cell Endosome / Release / Budding / Packaging of Eight RNA Segments / Uncoating of the Influenza Virion / Entry of Influenza Virion into Host Cell via Endocytosis / Viral RNP Complexes in the Host Cell Nucleus / NEP/NS2 Interacts with the Cellular Export Machinery / Viral mRNA Translation / viral budding from plasma membrane / structural constituent of virion / host cell nucleus / virion membrane / RNA binding / extracellular region / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Matrix protein 1 / Influenza matrix M1, N-terminal / Influenza matrix M1, C-terminal / Influenza matrix M1, N-terminal subdomain 1 / Influenza matrix M1, N-terminal subdomain 2 / Influenza virus matrix protein M1 / Influenza Matrix protein (M1) / Influenza Matrix protein (M1) C-terminal domain / Influenza Matrix protein (M1) C-terminal domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Matrix protein 1 / Matrix protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
手法電子顕微鏡法 / らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å
データ登録者Su, Z. / Pintilie, G. / Selzer, L. / Chiu, W. / Kirkegaard, K.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Library of Medicine (NIH/NLM)P41GM103832 米国
National Institutes of Health/National Library of Medicine (NIH/NLM)S10OD021600 米国
National Institutes of Health/National Library of Medicine (NIH/NLM)P30 CA124435 米国
引用
ジャーナル: PLoS Biol / 年: 2020
タイトル: Full-length three-dimensional structure of the influenza A virus M1 protein and its organization into a matrix layer.
著者: Lisa Selzer / Zhaoming Su / Grigore D Pintilie / Wah Chiu / Karla Kirkegaard /
要旨: Matrix proteins are encoded by many enveloped viruses, including influenza viruses, herpes viruses, and coronaviruses. Underneath the viral envelope of influenza virus, matrix protein 1 (M1) forms an ...Matrix proteins are encoded by many enveloped viruses, including influenza viruses, herpes viruses, and coronaviruses. Underneath the viral envelope of influenza virus, matrix protein 1 (M1) forms an oligomeric layer critical for particle stability and pH-dependent RNA genome release. However, high-resolution structures of full-length monomeric M1 and the matrix layer have not been available, impeding antiviral targeting and understanding of the pH-dependent transitions involved in cell entry. Here, purification and extensive mutagenesis revealed protein-protein interfaces required for the formation of multilayered helical M1 oligomers similar to those observed in virions exposed to the low pH of cell entry. However, single-layered helical oligomers with biochemical and ultrastructural similarity to those found in infectious virions before cell entry were observed upon mutation of a single amino acid. The highly ordered structure of the single-layered oligomers and their likeness to the matrix layer of intact virions prompted structural analysis by cryo-electron microscopy (cryo-EM). The resulting 3.4-Å-resolution structure revealed the molecular details of M1 folding and its organization within the single-shelled matrix. The solution of the full-length M1 structure, the identification of critical assembly interfaces, and the development of M1 assembly assays with purified proteins are crucial advances for antiviral targeting of influenza viruses.
#1: ジャーナル: Plos Biol. / 年: 2020
タイトル: Full-length three-dimensional structure of the influenza A virus M1 protein and its organization into a matrix layer
著者: Selzer, L. / Su, Z. / Pintilie, G. / Chiu, W. / Kirkegaard, K.
履歴
登録2020年7月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年8月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年10月14日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
改定 1.22024年3月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / em_3d_fitting_list / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id / _em_3d_fitting_list.source_name / _em_3d_fitting_list.type / _pdbx_struct_oper_list.name / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _pdbx_struct_oper_list.type

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構造の表示

ムービー
  • 生物学的単位 - representative helical assembly
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • マップデータ: EMDB-22384
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-22384
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: Matrix protein 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,8271
ポリマ－27,8271
非ポリマー00
水00
1
C: Matrix protein 1
x 60


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,669,62960
ポリマ－1,669,62960
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
helical symmetry operation59
2


  • 登録構造と同一
  • helical asymmetric unit
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
対称性らせん対称: (回転対称性: 1 / Dyad axis: no / N subunits divisor: 1 / Num. of operations: 60 / Rise per n subunits: 1.96 Å / Rotation per n subunits: 17.1 °)

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要素

#1: タンパク質 Matrix protein 1 / M1


分子量: 27827.152 Da / 分子数: 1 / 変異: V97K / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Influenza A virus (strain A/Puerto Rico/8/1934 H1N1) (A型インフルエンザウイルス)
株: A/Puerto Rico/8/1934 H1N1 / 遺伝子: M1, M / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: H2KIU5, UniProt: P03485*PLUS

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: FILAMENT / ３次元再構成法: らせん対称体再構成法

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試料調製

構成要素名称: M1-V97K oligomer / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 143 kDa/nm / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Influenza A virus (A/Puerto Rico/8/1934(H1N1)) (A型インフルエンザウイルス)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
ウイルスについての詳細中空か: NO / エンベロープを持つか: YES / 単離: STRAIN / タイプ: VIRION
緩衝液pH: 7
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
150 mM2-[4-(2-hydroxyethyl)piperazin-1-yl]ethanesulfonic acid1
22 Msodium chlorideNaCl1
試料濃度: 5 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
詳細: Influenza A virus matrix protein with V97K mutation assembled in vitro
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 200 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K / 詳細: Blot for 3 seconds once before plunging.

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 165000 X / Calibrated defocus min: 300 nm / 最大 デフォーカス（補正後）: 4300 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 70 µm / アライメント法: BASIC
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
最高温度: 78 K / 最低温度: 78 K
撮影平均露光時間: 4 sec. / 電子線照射量: 36 e/Å2 / 検出モード: COUNTING
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 2 / 実像数: 440
電子光学装置エネルギーフィルター名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV
画像スキャン横: 3838 / 縦: 3710 / 動画フレーム数/画像: 20 / 利用したフレーム数/画像: 1-20

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ詳細
1EMAN22.23粒子像選択
2SerialEM画像取得Manual
4CTFFIND4.1.18CTF補正
7Coot0.8モデルフィッティング
9PHENIX1.17モデル精密化
10RELION3.0.6初期オイラー角割当
11RELION3.0.6最終オイラー角割当
12RELION3.0.6分類
13RELION3.0.6３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
らせん対称回転角度/サブユニット: 17.1 ° / 軸方向距離/サブユニット: 1.96 Å / らせん対称軸の対称性: C1
粒子像の選択選択した粒子像数: 2268
3次元再構成解像度: 3.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 56602 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / クラス平均像の数: 200 / 対称性のタイプ: HELICAL
原子モデル構築プロトコル: AB INITIO MODEL / 空間: REAL / Target criteria: Correlation coefficient
原子モデル構築PDB-ID: 1EA3

1ea3


Accession code: 1EA3 / Source name: PDB / タイプ: experimental model

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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