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- PDB-7jk4: Structure of Drosophila ORC bound to AT-rich DNA and Cdc6 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7jk4
タイトルStructure of Drosophila ORC bound to AT-rich DNA and Cdc6
要素
  • (DNA (34-MER)) x 2
  • (Origin recognition complex subunit ...) x 6
  • Cell division control protein
キーワードREPLICATION/DNA / origin recognition complex / DNA replication initiation / REPLICATION / REPLICATION-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


alpha-heterochromatin / larval feeding behavior / CDC6 association with the ORC:origin complex / septin cytoskeleton / CDK-mediated phosphorylation and removal of Cdc6 / septin cytoskeleton organization / Activation of ATR in response to replication stress / Activation of the pre-replicative complex / eggshell chorion gene amplification / Orc1 removal from chromatin ...alpha-heterochromatin / larval feeding behavior / CDC6 association with the ORC:origin complex / septin cytoskeleton / CDK-mediated phosphorylation and removal of Cdc6 / septin cytoskeleton organization / Activation of ATR in response to replication stress / Activation of the pre-replicative complex / eggshell chorion gene amplification / Orc1 removal from chromatin / DNA amplification / positive regulation of border follicle cell migration / Assembly of the ORC complex at the origin of replication / origin recognition complex / nuclear origin of replication recognition complex / olfactory learning / nuclear pre-replicative complex / DNA replication preinitiation complex / mitotic DNA replication checkpoint signaling / mitotic chromosome condensation / chromosome condensation / DNA replication origin binding / DNA replication initiation / ribonucleoprotein complex binding / heterochromatin / nuclear pore / GTPase activator activity / mitotic spindle organization / learning / DNA-templated DNA replication / mitotic cell cycle / DNA replication / learning or memory / cell division / chromatin binding / protein homodimerization activity / ATP hydrolysis activity / DNA binding / ATP binding / nucleus / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Origin recognition complex, subunit 6, metazoa/plant / : / ORC6 second cyclin-like domain / Cell division protein Cdc6/18 / : / Cdc6/ORC-like, ATPase lid domain / Origin recognition complex subunit 3, insertion domain / Origin recognition complex subunit 3 insertion domain / Origin recognition complex, subunit 6 / Origin recognition complex subunit 6 (ORC6) ...Origin recognition complex, subunit 6, metazoa/plant / : / ORC6 second cyclin-like domain / Cell division protein Cdc6/18 / : / Cdc6/ORC-like, ATPase lid domain / Origin recognition complex subunit 3, insertion domain / Origin recognition complex subunit 3 insertion domain / Origin recognition complex, subunit 6 / Origin recognition complex subunit 6 (ORC6) / CDC6, C terminal / Origin recognition complex subunit 4 / Origin recognition complex, subunit 3 / Origin recognition complex, subunit 5 / Origin recognition complex subunit 4, C-terminal / Origin recognition complex subunit 3, winged helix C-terminal / Origin recognition complex subunit 3, N-terminal / : / : / Origin recognition complex (ORC) subunit 3 N-terminus / Origin recognition complex (ORC) subunit 4 C-terminus / Origin recognition complex (ORC) subunit 5 C-terminus / Origin recognition complex winged helix C-terminal / ORC5, lid domain / Cdc6, C-terminal / : / CDC6, C terminal winged helix domain / Orc1-like, AAA ATPase domain / Origin recognition complex subunit 2 / AAA domain / AAA ATPase domain / Origin recognition complex, subunit 2 / AAA lid domain / AAA lid domain / : / Bromo adjacent homology domain / BAH domain / Bromo adjacent homology (BAH) domain / Bromo adjacent homology (BAH) domain superfamily / BAH domain profile. / ATPase family associated with various cellular activities (AAA) / ATPase, AAA-type, core / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / DNA / DNA (> 10) / Origin recognition complex subunit 1 / Origin recognition complex subunit 2 / Origin recognition complex subunit 5 / Origin recognition complex subunit 3 / Cell division control protein / Origin recognition complex subunit 4 / Origin recognition complex subunit 6
類似検索 - 構成要素
生物種Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
synthetic construct (人工物)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å
データ登録者Schmidt, J.M. / Bleichert, F.
資金援助 スイス, 1件
組織認可番号国
European Research Council (ERC)ERC-STG-757909 スイス
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2020
タイトル: Structural mechanism for replication origin binding and remodeling by a metazoan origin recognition complex and its co-loader Cdc6.
著者: Jan Marten Schmidt / Franziska Bleichert /
要旨: Eukaryotic DNA replication initiation relies on the origin recognition complex (ORC), a DNA-binding ATPase that loads the Mcm2-7 replicative helicase onto replication origins. Here, we report cryo- ...Eukaryotic DNA replication initiation relies on the origin recognition complex (ORC), a DNA-binding ATPase that loads the Mcm2-7 replicative helicase onto replication origins. Here, we report cryo-electron microscopy (cryo-EM) structures of DNA-bound Drosophila ORC with and without the co-loader Cdc6. These structures reveal that Orc1 and Orc4 constitute the primary DNA binding site in the ORC ring and cooperate with the winged-helix domains to stabilize DNA bending. A loop region near the catalytic Walker B motif of Orc1 directly contacts DNA, allosterically coupling DNA binding to ORC's ATPase site. Correlating structural and biochemical data show that DNA sequence modulates DNA binding and remodeling by ORC, and that DNA bending promotes Mcm2-7 loading in vitro. Together, these findings explain the distinct DNA sequence-dependencies of metazoan and S. cerevisiae initiators in origin recognition and support a model in which DNA geometry and bendability contribute to Mcm2-7 loading site selection in metazoans.
履歴
登録2020年7月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年9月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月6日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-22361
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Origin recognition complex subunit 2
C: Origin recognition complex subunit 3
D: Origin recognition complex subunit 4
E: Origin recognition complex subunit 5
F: Origin recognition complex subunit 6
A: Origin recognition complex subunit 1
G: Cell division control protein
H: DNA (34-MER)
I: DNA (34-MER)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)426,82117
ポリマ－424,6959
非ポリマー2,1268
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area46550 Å2
ΔGint-223 kcal/mol
Surface area110240 Å2

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要素

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Origin recognition complex subunit ... , 6種, 6分子 BCDEFA

#1: タンパク質 Origin recognition complex subunit 2 / DmORC2


分子量: 69086.445 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
遺伝子: Orc2, CG3041 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q24168
#2: タンパク質 Origin recognition complex subunit 3 / FI24229p1 / GH28787p / LP02234p1 / Orc3 / isoform A / isoform B


分子量: 82364.523 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
遺伝子: Orc3, CG34315-RB, Dmel\CG4088, DmORC3, DmOrc3, l(2)49Fd, l(2)vr6, LAT, Lat, lat, lat-RA, latheo, ORC, ORC3, orc3, vr-6, vr6, CG4088, Dmel_CG4088
発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q7K2L1
#3: タンパク質 Origin recognition complex subunit 4 / Orc4


分子量: 52277.109 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
遺伝子: Orc4, Dmel\CG2917, DmORC4, dmOrc4, ORC, ORC4, orc4, rDmORC, CG2917, Dmel_CG2917
発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q9W102
#4: タンパク質 Origin recognition complex subunit 5 / Orc5


分子量: 52175.066 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
遺伝子: Orc5, CG7833 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q24169
#5: タンパク質 Origin recognition complex subunit 6 / Orc6


分子量: 29284.129 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
遺伝子: Orc6, CG1584 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q9Y1B2
#6: タンパク質 Origin recognition complex subunit 1 / DmORC1


分子量: 54485.633 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
遺伝子: Orc1, CG10667 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: O16810

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タンパク質 , 1種, 1分子 G

#7: タンパク質 Cell division control protein / Cdc6


分子量: 48049.465 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
遺伝子: Cdc6, CDC6, cdc6, DmCdc6, Dmel\CG5971, CG5971, Dmel_CG5971
発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q9VSM9

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DNA鎖 , 2種, 2分子 HI

#8: DNA鎖 DNA (34-MER)


分子量: 18478.846 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#9: DNA鎖 DNA (34-MER)


分子量: 18493.986 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

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非ポリマー , 2種, 8分子

#10: 化合物
ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP


分子量: 507.181 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O13P3 / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
#11: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Drosophila ORC bound to AT-rich DNA and Cdc6 / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#9 / 由来: RECOMBINANT
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
由来(組換発現)生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
緩衝液pH: 7.6
緩衝液成分
ID濃度名称Buffer-ID
125 mMHEPES-KOH1
2250 mMpotassium acetate1
310 mMmagnesium acetate1
41 mMDTT1
51 mMATP1
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
詳細: Recombinantly expressed and purified Drosophila ORC and Cdc6 were mixed with DNA and the DNA-bound ternary complex purified by size exclusion chromatography.
試料支持グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: UltrAuFoil R1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD
撮影電子線照射量: 40 e/Å2 / 検出モード: COUNTING
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)

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解析

EMソフトウェア
ID名称カテゴリ
2EPU画像取得
4GctfCTF補正
5RELIONCTF補正
11RELION初期オイラー角割当
12RELION最終オイラー角割当
14RELION３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 3.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 203070 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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