PDB-7jjv: Crystal waters on the nine polyproline type II helical bundle spr...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7jjv

タイトル

Crystal waters on the nine polyproline type II helical bundle springtail antifreeze protein from Granisotoma rainieri match the ice lattice

要素

GrAFP antifreeze protein

キーワード

ANTIFREEZE PROTEIN / glycine-rich / polyproline type II

生物種

unclassified Entomobryomorpha (節足動物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.21 Å

データ登録者

Scholl, C.L. / Tsuda, S. / Graham, L.A. / Davies, P.L.

資金援助

カナダ, 1件

引用

ジャーナル: Febs J. / 年: 2021
タイトル: Crystal waters on the nine polyproline type II helical bundle springtail antifreeze protein from Granisotoma rainieri match the ice lattice.
著者: Scholl, C.L. / Tsuda, S. / Graham, L.A. / Davies, P.L.

履歴

登録	2020年7月27日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2021年1月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年8月4日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2023年10月18日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.3	2024年10月16日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7jjv.cif.gz	86.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7jjv.ent.gz	64.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7jjv.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7jjv_validation.pdf.gz	428.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7jjv_full_validation.pdf.gz	430.2 KB	表示
XML形式データ	7jjv_validation.xml.gz	12.8 KB	表示
CIF形式データ	7jjv_validation.cif.gz	18.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jj/7jjv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jj/7jjv	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2pneS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	2rnz-d 5ii9-6 4fdx-d 1z8s-d 3khe-1 5udn-2 4kyz-4 5qxy-d 5tod-1 3md1-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細)

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#120 - 2009年12月不凍タンパク質 (Antifreeze Proteins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: GrAFP antifreeze protein

B: GrAFP antifreeze protein

21.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	30.489, 64.214, 86.267
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	GrAFP antifreeze protein 分子量: 10811.161 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) unclassified Entomobryomorpha (節足動物) 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 229 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.95 Å³/Da / 溶媒含有率: 37.01 %
結晶化	温度: 277.15 K / 手法: マイクロバッチ法 / 詳細: 0.2 M lithium nitrate, 2.2 M ammonium sulfate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.9795 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年2月5日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.21→43.171 Å / Num. obs: 52608 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 12.4 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.064 / R_pim(I) all: 0.019 / R_rim(I) all: 0.067 / Χ²: 0.9 / Net I/σ(I): 16.5
反射シェル	解像度: 1.21→1.23 Å / 冗長度: 12.7 % / R_merge(I) obs: 0.925 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Num. unique obs: 2579 / CC_1/2: 0.923 / R_pim(I) all: 0.266 / R_rim(I) all: 0.963 / Χ²: 0.76 / % possible all: 99.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
PHENIX	v1.18	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2PNE

2pne

解像度: 1.21→43.171 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.98 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.972 / SU B: 1.452 / SU ML: 0.028 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.04 / ESU R Free: 0.04 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1804	2636	5.016 %
R_work	0.1489	49918	-
all	0.151	-	-
obs	-	52554	99.846 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 18.855 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.659 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	-1.163 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.496 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.21→43.171 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1381	0	0	229	1610

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.017	0.013	1445
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.011	0.018	1215
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.115	1.623	1951
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	2.085	1.601	2858
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.907	5	263
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	39.844	30	29
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.518	15	130
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.088	0.2	168
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	1970
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	250
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.166	0.2	362
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.186	0.2	1220
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.152	0.2	850
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.076	0.2	840
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.175	0.2	114
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.17	0.2	25
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.201	0.2	69
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.192	0.2	13
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.408	1.657	1037
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.396	1.653	1036
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.963	2.482	1305
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.962	2.487	1306
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.223	2.438	408
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	4.207	2.417	406
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.304	3.418	646
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.304	3.417	646
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	4.023	24.582	1702
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	3.912	23.746	1649
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	5.746	3	2660

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.21-1.241	0.261	205	0.256	3632	X-RAY DIFFRACTION	99.6623
1.241-1.275	0.226	195	0.224	3525	X-RAY DIFFRACTION	99.7052
1.275-1.312	0.232	190	0.201	3447	X-RAY DIFFRACTION	99.7532
1.312-1.353	0.186	181	0.183	3315	X-RAY DIFFRACTION	99.9714
1.353-1.397	0.166	167	0.161	3311	X-RAY DIFFRACTION	99.9138
1.397-1.446	0.173	167	0.142	3136	X-RAY DIFFRACTION	99.7584
1.446-1.501	0.175	152	0.133	3031	X-RAY DIFFRACTION	99.9372
1.501-1.562	0.151	155	0.121	2937	X-RAY DIFFRACTION	99.9031
1.562-1.631	0.145	134	0.113	2832	X-RAY DIFFRACTION	100
1.631-1.711	0.149	153	0.113	2697	X-RAY DIFFRACTION	99.9299
1.711-1.803	0.138	137	0.106	2580	X-RAY DIFFRACTION	99.853
1.803-1.912	0.15	95	0.116	2481	X-RAY DIFFRACTION	99.9612
1.912-2.044	0.161	136	0.123	2289	X-RAY DIFFRACTION	100
2.044-2.208	0.129	98	0.12	2163	X-RAY DIFFRACTION	99.8234
2.208-2.418	0.17	103	0.126	1990	X-RAY DIFFRACTION	100
2.418-2.703	0.157	102	0.143	1810	X-RAY DIFFRACTION	99.8433
2.703-3.119	0.175	94	0.149	1593	X-RAY DIFFRACTION	99.7045
3.119-3.817	0.228	77	0.145	1392	X-RAY DIFFRACTION	99.7962
3.817-5.383	0.185	62	0.171	1084	X-RAY DIFFRACTION	99.6522
5.383-43.171	0.369	32	0.306	656	X-RAY DIFFRACTION	99.2785

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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