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- PDB-7jjn: Eubacterium rectale Amy13B (EUR_01860) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7jjn
タイトルEubacterium rectale Amy13B (EUR_01860)
要素Glycosidases
キーワードHYDROLASE / maltogenic amylase / GH13_16 / GH13 / amylase
機能・相同性
機能・相同性情報


alpha-amylase activity => GO:0004556 / alpha-amylase / alpha-amylase activity / carbohydrate metabolic process
類似検索 - 分子機能
Maltogenic Amylase, C-terminal / Maltogenic Amylase, C-terminal domain / Alpha amylase, catalytic domain / Glycosyl hydrolase, family 13, catalytic domain / Alpha-amylase domain / Glycosyl hydrolase, all-beta / Glycoside hydrolase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
beta-maltotriose / Glycosidases
類似検索 - 構成要素
生物種[Eubacterium] rectale DSM 17629 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.25 Å
データ登録者Koropatkin, N.M. / Cockburn, D.W. / Cerqueira, F.M.
引用ジャーナル: Amylase / 年: 2020
タイトル: The structures of the GH13_36 amylases from Eubacterium rectale and Ruminococcus bromii reveal subsite architectures that favor maltose production
著者: Cockburn, D.W. / Cerqueira, F.M. / Bahr, C.M.E. / Koropatkin, N.M.
履歴
登録2020年7月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年6月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glycosidases
B: Glycosidases
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)120,37412
ポリマ－118,7852
非ポリマー1,58910
水9,782543
1
A: Glycosidases
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,1876
ポリマ－59,3921
非ポリマー7955
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Glycosidases
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,1876
ポリマ－59,3921
非ポリマー7955
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)84.180, 82.760, 85.860
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 92.860, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 / 糖 , 2種, 4分子 AB

#1: タンパク質 Glycosidases


分子量: 59392.441 Da / 分子数: 2 / 変異: D265A K543A K544A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) [Eubacterium] rectale DSM 17629 (バクテリア)
遺伝子: EUR_01860 / プラスミド: pETite Nhis / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta II / 参照: UniProt: D6E1Y4, alpha-amylase
#2: 多糖 alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 栄養素 / 分子量: 504.438 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: oligosaccharide / 参照: beta-maltotriose
記述子タイププログラム
DGlcpa1-4DGlcpa1-4DGlcpb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5][a2122h-1a_1-5]/1-2-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Glcp]{[(4+1)][a-D-Glcp]{[(4+1)][a-D-Glcp]{}}}LINUCSPDB-CARE

-
非ポリマー , 5種, 551分子

#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#6: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 543 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.09 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.17M Am Sulfate, 25.5% PEG 4000, 15% glycerol (JCSG+ screen, Molecular Dimensions)
Temp details: room

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Ambient temp details: liquid nitrogen vapor / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年11月13日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.25→38.07 Å / Num. obs: 55448 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 7 % / CC1/2: 0.99 / CC star: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.15 / Rrim(I) all: 0.16 / Net I/σ(I): 9.9
反射 シェル解像度: 2.25→2.33 Å / 冗長度: 7.2 % / Rmerge(I) obs: 0.84 / Num. unique obs: 5536 / CC1/2: 0.77 / CC star: 0.93 / % possible all: 99.5

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
xia2データスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC5.8.0230精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
xia2データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1WZA

1wza


解像度: 2.25→38.07 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.963 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.945 / SU B: 11.678 / SU ML: 0.145 / SU R Cruickshank DPI: 0.2637 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.264 / ESU R Free: 0.186 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1984 2783 5 %RANDOM
Rwork0.1621 ---
obs0.1639 52665 98.95 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 82.48 Å2 / Biso mean: 34.396 Å2 / Biso min: 19.42 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.49 Å20 Å20.86 Å2
2--0.63 Å20 Å2
3----0.22 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.25→38.07 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8144 0 100 543 8787
Biso mean--41.79 39.05 -
残基数----1023
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.0148431
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0177139
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1081.67211437
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.8391.66116771
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.40251019
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.07724.644463
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.481151358
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.891526
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0560.21102
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.029536
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021628
LS精密化 シェル解像度: 2.25→2.308 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.265 239 -
Rwork0.251 3835 -
all-4074 -
obs--99.51 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.7259-0.2576-0.53430.52330.04140.81490.01170.023-0.0143-0.0432-0.0314-0.0339-0.04970.00440.01970.0332-0.03070.00590.0462-0.00040.00553.453738.833611.073
21.3692-0.4218-0.54960.89010.40161.34920.00250.10090.0321-0.02240.004-0.0505-0.13080.0973-0.00650.0171-0.00480.00630.08020.04030.028528.04854.581225.1626
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A55 - 701
2X-RAY DIFFRACTION2B55 - 701

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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