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- PDB-7jj1: Crystal structure of the sterol 14alpha-demethylase-ferredoxin (C... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7jj1
タイトルCrystal structure of the sterol 14alpha-demethylase-ferredoxin (CYP51-fx) heme domain and architectural comparison to the whole fusion protein
要素Cytochrome P450 51
キーワードOXIDOREDUCTASE / cytochrome P450 / CYP51 / sterol biosynthesis / ferredoxin
機能・相同性
機能・相同性情報


sterol 14alpha-demethylase / oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen / monooxygenase activity / iron ion binding / heme binding
類似検索 - 分子機能
4Fe-4S single cluster domain / : / Cytochrome P450, E-class, group IV / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain profile. / 4Fe-4S ferredoxin-type, iron-sulphur binding domain / Cytochrome P450 / Cytochrome P450 superfamily / Cytochrome P450
類似検索 - ドメイン・相同性
CETYL-TRIMETHYL-AMMONIUM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / IMIDAZOLE / Cytochrome P450 51
類似検索 - 構成要素
生物種Methylococcus capsulatus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Zhao, B. / Lamb, D.C.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Wellcome Trust 英国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of the sterol 14alpha-demethylase-ferredoxin (CYP51-fx) heme domain and architectural comparison to the whole fusion protein
著者: Zhao, B. / Lamb, D.C.
履歴
登録2020年7月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年7月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cytochrome P450 51
B: Cytochrome P450 51
C: Cytochrome P450 51
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)158,57115
ポリマ－155,4543
非ポリマー3,11812
水75742
1
A: Cytochrome P450 51
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,9266
ポリマ－51,8181
非ポリマー1,1085
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Cytochrome P450 51
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,7884
ポリマ－51,8181
非ポリマー9703
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Cytochrome P450 51
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,8575
ポリマ－51,8181
非ポリマー1,0394
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)157.682, 164.755, 187.683
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 7 through 49 or resid 51...
21(chain C and (resid 7 through 15 or (resid 16...

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
111(chain A and (resid 7 through 49 or resid 51...A7 - 49
121(chain A and (resid 7 through 49 or resid 51...A51 - 66
131(chain A and (resid 7 through 49 or resid 51...A6 - 474
141(chain A and (resid 7 through 49 or resid 51...A80
151(chain A and (resid 7 through 49 or resid 51...A6 - 474
161(chain A and (resid 7 through 49 or resid 51...A6 - 474
171(chain A and (resid 7 through 49 or resid 51...A6 - 474
181(chain A and (resid 7 through 49 or resid 51...A6 - 474
191(chain A and (resid 7 through 49 or resid 51...A6 - 474
1101(chain A and (resid 7 through 49 or resid 51...A6 - 474
211(chain C and (resid 7 through 15 or (resid 16...C7 - 15
221(chain C and (resid 7 through 15 or (resid 16...C16
231(chain C and (resid 7 through 15 or (resid 16...C7 - 466
241(chain C and (resid 7 through 15 or (resid 16...C7 - 466
251(chain C and (resid 7 through 15 or (resid 16...C7 - 466
261(chain C and (resid 7 through 15 or (resid 16...C7 - 466
271(chain C and (resid 7 through 15 or (resid 16...C7 - 466

-
要素

#1: タンパク質 Cytochrome P450 51


分子量: 51817.840 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Methylococcus capsulatus (バクテリア)
遺伝子: cyp51 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q603T8, sterol 14alpha-demethylase
#2: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-16A / CETYL-TRIMETHYL-AMMONIUM / セチルトリメチルアンモニウム


分子量: 284.543 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H42N
#4: 化合物
ChemComp-IMD / IMIDAZOLE / 1H-イミダゾ-ル-3-カチオン


分子量: 69.085 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H5N2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 42 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.92 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.63 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: PEG 3350, SODIUM CLORIDE, Cetrimide, Imidazole

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年11月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→50 Å / Num. obs: 49452 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 11.4 % / Rmerge(I) obs: 0.13 / Rsym value: 0.12 / Net I/σ(I): 18.7
反射 シェル解像度: 3→3.05 Å / 冗長度: 8.2 % / Rmerge(I) obs: 0.41 / Mean I/σ(I) obs: 3.3 / Num. unique obs: 1541 / Rsym value: 0.55 / % possible all: 99.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18.2_3874精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3P99

3p99


解像度: 3→29.52 Å / SU ML: 0.36 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1 / 位相誤差: 22.82 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2368 4927 10.06 %
Rwork0.1961 44048 -
obs0.2002 48975 99.77 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 165.3 Å2 / Biso mean: 46.6563 Å2 / Biso min: 6.61 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3→29.52 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10377 0 219 42 10638
Biso mean--40.09 28.14 -
残基数----1316
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A2530X-RAY DIFFRACTION12.148TORSIONAL
12C2530X-RAY DIFFRACTION12.148TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
3-3.030.35821440.29011397154197
3.03-3.070.36371770.29214561633100
3.07-3.110.34561670.273514381605100
3.11-3.150.29881510.264614701621100
3.15-3.190.33021480.251214721620100
3.19-3.230.27751620.235914581620100
3.23-3.280.27751730.244214431616100
3.28-3.330.31471580.235614581616100
3.33-3.380.28591670.227714491616100
3.38-3.430.27641650.242714541619100
3.43-3.490.27911710.231314311602100
3.49-3.560.2641730.212514721645100
3.56-3.620.22811460.205914521598100
3.62-3.70.26451680.203914551623100
3.7-3.780.27871770.201414591636100
3.78-3.870.25121650.197514481613100
3.87-3.960.24561800.19314591639100
3.96-4.070.21871720.183414691641100
4.07-4.190.21051700.166114441614100
4.19-4.320.20041380.166514981636100
4.32-4.480.1861860.1514601646100
4.48-4.660.19761580.148914691627100
4.66-4.870.18411670.148514651632100
4.87-5.120.19191700.15914881658100
5.12-5.440.19691520.175614991651100
5.44-5.860.20451450.199114991644100
5.86-6.440.24981870.207714751662100
6.44-7.360.2341760.191414891665100
7.36-9.220.17561530.152915381691100
9.23-29.520.17881610.18461584174599
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.15510.0246-0.29940.1939-0.06940.6705-0.03650.33680.0981-0.29990.00840.21270.0945-0.2745-0.13150.2920.0171-0.08960.26690.05180.2523-7.4264-78.350819.7182
20.46170.0019-0.24770.49240.18610.196-0.08490.0614-0.24680.030.1495-0.19930.41490.1617-0.19640.5690.242-0.08580.2826-0.24130.32418.2581-92.282120.9669
30.12270.0368-0.01250.0217-0.01880.04210.07210.1151-0.03020.0370.2046-0.070.33380.19890.1310.31190.2155-0.12940.4398-0.08860.380522.6608-79.626219.6141
40.59350.39240.30780.56960.12830.3984-0.16120.2124-0.1825-0.18790.145-0.10230.12930.41260.05230.44880.198-0.03530.173-0.13870.227521.7092-89.536615.139
50.830.2339-0.34340.54960.10020.6972-0.19050.1626-0.15580.31750.10740.03950.7668-0.0023-0.22270.69590.0584-0.03980.0824-0.05550.27330.0792-96.039229.4651
60.17890.1764-0.20430.43920.13980.6448-0.1269-0.1938-0.15140.29370.02-0.36010.61260.3684-0.30370.61290.3111-0.10230.04860.01270.227510.5088-92.721733.4639
70.5925-0.3323-0.06680.3618-0.18950.41950.04890.24870.0251-0.0574-0.03240.04990.04570.2970.0180.19880.0144-0.06750.31960.02490.2858-12.0237-46.864411.9695
80.03390.0435-0.02640.2991-0.24610.21510.08370.4558-0.4062-0.3473-0.06370.0610.2852-0.2335-0.03150.36750.0892-0.13560.6463-0.13790.523-4.1975-57.59050.6509
90.37080.12640.41720.81520.66250.81330.08030.32050.3285-0.22670.0798-0.256-0.16640.35350.10670.29520.02640.01490.25450.10110.3962-12.7476-48.2652-0.3297
100.6718-0.2303-0.43170.4034-0.09390.7796-0.0093-0.10610.3022-0.05260.03820.2129-0.1713-0.21750.79560.14430.0516-0.06490.18110.04320.2275-25.3228-42.907714.3779
110.0202-0.0484-0.03320.10980.06520.06570.02160.0925-0.0019-0.2450.0982-0.17310.1484-0.03230.02280.4603-0.0334-0.1880.44080.09690.4452-28.7382-62.158312.8337
120.3576-0.0676-0.13920.03830.07030.22040.0008-0.0211-0.19740.0726-0.0802-0.22950.1276-0.0412-0.05220.2183-0.0323-0.05890.210.1010.355222.4482-63.260136.9945
130.141-0.1352-0.17760.49220.17380.28170.0122-0.2407-0.02230.08930.0192-0.3544-0.04260.30540.01370.2122-0.02990.0330.37720.03150.253334.1254-47.559122.0926
140.71860.4131-0.21330.5549-0.2870.39680.2194-0.20190.29280.2683-0.03810.0816-0.26720.10410.15450.1841-0.1250.1060.24790.03160.30623.1547-32.520723.318
150.580.0685-0.19170.3616-0.10870.98010.1293-0.41440.05320.259-0.0616-0.0889-0.48050.5803-0.09560.1174-0.18320.09750.42460.05230.249528.3853-40.644440.3107
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 6 through 76 )A6 - 76
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 77 through 157 )A77 - 157
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 158 through 193 )A158 - 193
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 194 through 275 )A194 - 275
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 276 through 379 )A276 - 379
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 380 through 448 )A380 - 448
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 5 through 157 )B5 - 157
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 158 through 215 )B158 - 215
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 216 through 274 )B216 - 274
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 275 through 413 )B275 - 413
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 414 through 450 )B414 - 450
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'C' and (resid 7 through 76 )C7 - 76
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'C' and (resid 77 through 113 )C77 - 113
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'C' and (resid 114 through 219 )C114 - 219
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'C' and (resid 220 through 448 )C220 - 448

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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