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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7jiy | ||||||
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タイトル | Structure of truncated zebrafish paragranulin | ||||||
要素 | Granulin 1 | ||||||
キーワード | UNKNOWN FUNCTION / disulfide-rich / growth factor | ||||||
機能・相同性 | regulation of nervous system development / Granulin family / Granulin / Granulin superfamily / Granulin / Granulin / extracellular region / Granulin 1 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Danio rerio (ゼブラフィッシュ) | ||||||
手法 | 溶液NMR / torsion angle dynamics | ||||||
データ登録者 | Takjoo, R. / Daly, N.L. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biomolecules / 年: 2020 タイトル: Folding of Truncated Granulin Peptides. 著者: Takjoo, R. / Wilson, D. / Bansal, P.S. / Loukas, A. / Smout, M.J. / Daly, N.L. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7jiy.cif.gz | 142.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7jiy.ent.gz | 114.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7jiy.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7jiy_validation.pdf.gz | 435.8 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7jiy_full_validation.pdf.gz | 586.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | 7jiy_validation.xml.gz | 30 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7jiy_validation.cif.gz | 27.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ji/7jiy ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ji/7jiy | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 7jiaC C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | |
その他のデータベース |
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-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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NMR アンサンブル |
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-要素
#1: タンパク質・ペプチド | 分子量: 2738.171 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Danio rerio (ゼブラフィッシュ) / 参照: UniProt: A8E5C4 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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NMR実験 |
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-試料調製
詳細 | タイプ: solution / 内容: 0.2 mM ZF-para_3s, 90% H2O/10% D2O / Label: 1 / 溶媒系: 90% H2O/10% D2O |
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試料 | 濃度: 0.2 mM / 構成要素: ZF-para_3s / Isotopic labeling: natural abundance |
試料状態 | イオン強度: 0 M / Label: 1 / pH: 3 / 圧: ambient Pa / 温度: 290 K |
-NMR測定
NMRスペクトロメーター | タイプ: Bruker AVANCE / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 600 MHz |
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-解析
NMR software |
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精密化 | 手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 5 | ||||||||||||
代表構造 | 選択基準: lowest energy | ||||||||||||
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 50 / 登録したコンフォーマーの数: 20 |