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- PDB-7jgu: Structure of FN3tt mut -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7jgu
タイトルStructure of FN3tt mut
要素Fibronectin type-III domain-containing protein
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / FN3-like domain / Hyperthermal stability / Surface Salt Bridges
機能・相同性
機能・相同性情報


IPT/TIG domain / ig-like, plexins, transcription factors / IPT domain / Fibronectin type 3 domain / Fibronectin type-III domain profile. / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily / Immunoglobulin E-set / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Fibronectin type-III domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Caldanaerobacter subterraneus subsp. tengcongensis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.2 Å
データ登録者Luo, J. / Boucher, L.E.
引用ジャーナル: Proteins / 年: 2022
タイトル: Surface salt bridges contribute to the extreme thermal stability of an FN3-like domain from a thermophilic bacterium.
著者: Boucher, L. / Somani, S. / Negron, C. / Ma, W. / Jacobs, S. / Chan, W. / Malia, T. / Obmolova, G. / Teplyakov, A. / Gilliland, G.L. / Luo, J.
履歴
登録2020年7月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年7月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年2月2日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Fibronectin type-III domain-containing protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,4142
ポリマ－11,1751
非ポリマー2381
水1,74797
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)106.000, 38.310, 28.180
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 103.880, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y,-z
#3: x+1/2,y+1/2,z
#4: -x+1/2,y+1/2,-z
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-227-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Fibronectin type-III domain-containing protein


分子量: 11175.329 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Caldanaerobacter subterraneus subsp. tengcongensis (strain DSM 15242 / JCM 11007 / NBRC 100824 / MB4) (バクテリア)
株: DSM 15242 / JCM 11007 / NBRC 100824 / MB4 / 遺伝子: TTE0165 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8RD81
#2: 化合物 ChemComp-1PE / PENTAETHYLENE GLYCOL / PEG400 / ペンタエチレングリコ-ル


分子量: 238.278 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H22O6 / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 97 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.51 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 7.5 / 詳細: 25% PEG 3350, 0.2M sodium di-hydrogen phosphate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年10月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.2→27.36 Å / Num. obs: 34160 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 3.184 % / Biso Wilson estimate: 19.682 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.05 / Rrim(I) all: 0.06 / Χ2: 0.93 / Net I/σ(I): 12.39 / Num. measured all: 108762 / Scaling rejects: 9
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
1.2-1.232.9210.9232.557379254325260.5431.12899.3
1.23-1.263.0440.7283.017404246624320.6840.88298.6
1.26-1.33.0890.5263.887328239323720.7780.63999.1
1.3-1.343.2110.4164.677521236023420.8580.50299.2
1.34-1.393.2420.3355.877206223922230.8710.40399.3
1.39-1.433.2270.28177090220321970.8970.33899.7
1.43-1.493.1640.2258.026715213421220.9370.27199.4
1.49-1.553.1930.15910.16396200520030.9670.19199.9
1.55-1.623.4310.1212.326649194619380.9790.14299.6
1.62-1.73.4230.09414.416456189418860.9860.11299.6
1.7-1.793.3190.07116.765832176617570.9920.08599.5
1.79-1.93.1960.0619.055426172516980.9930.07198.4
1.9-2.033.0550.0520.874683156515330.9940.06198
2.03-2.193.0520.04522.494453148514590.9960.05498.2
2.19-2.43.3430.04224.684466135113360.9960.0598.9
2.4-2.683.3010.03925.484054124712280.9960.04798.5
2.68-3.13.1660.03725.753394108310720.9970.04499
3.1-3.792.990.03525.9227519549200.9960.04396.4
3.79-5.373.1780.03727.1822637237120.9960.04498.5
5.37-27.363.2080.03527.1812964194040.9960.04296.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18_3855精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7JGT

7jgt


解像度: 1.2→27.36 Å / SU ML: 0.15 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 19.65 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1809 1707 5 %
Rwork0.149 32451 -
obs0.1505 34158 99.08 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 135.71 Å2 / Biso mean: 24.7027 Å2 / Biso min: 8.07 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.2→27.36 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数706 0 38 97 841
Biso mean--66.17 36.18 -
残基数----90
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 12

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.2-1.240.32641420.2962697283999
1.24-1.280.3041400.28572673281399
1.28-1.320.30931420.25982695283799
1.32-1.370.25451410.19842680282199
1.37-1.440.1981420.146926982840100
1.44-1.510.15741420.129626982840100
1.51-1.610.1541440.124527322876100
1.61-1.730.14581420.11926972839100
1.73-1.90.14261430.12062726286999
1.9-2.180.14741420.12462684282698
2.18-2.750.17151420.15022710285299
2.75-27.360.19011450.14952761290698

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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