+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7jgu | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | Structure of FN3tt mut | ||||||
Components | Fibronectin type-III domain-containing protein | ||||||
Keywords | STRUCTURAL PROTEIN / FN3-like domain / Hyperthermal stability / Surface Salt Bridges | ||||||
Function / homology | Function and homology information IPT/TIG domain / ig-like, plexins, transcription factors / IPT domain / Fibronectin type 3 domain / Fibronectin type-III domain profile. / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily / Immunoglobulin E-set / Immunoglobulin-like fold Similarity search - Domain/homology | ||||||
Biological species | Caldanaerobacter subterraneus subsp. tengcongensis (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.2 Å | ||||||
Authors | Luo, J. / Boucher, L.E. | ||||||
Citation | Journal: Proteins / Year: 2022 Title: Surface salt bridges contribute to the extreme thermal stability of an FN3-like domain from a thermophilic bacterium. Authors: Boucher, L. / Somani, S. / Negron, C. / Ma, W. / Jacobs, S. / Chan, W. / Malia, T. / Obmolova, G. / Teplyakov, A. / Gilliland, G.L. / Luo, J. | ||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
---|
-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 7jgu.cif.gz | 73.4 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
---|---|---|---|---|
PDB format | pdb7jgu.ent.gz | 53.7 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 7jgu.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 7jgu_validation.pdf.gz | 432.5 KB | Display | wwPDB validaton report |
---|---|---|---|---|
Full document | 7jgu_full_validation.pdf.gz | 433.1 KB | Display | |
Data in XML | 7jgu_validation.xml.gz | 7.3 KB | Display | |
Data in CIF | 7jgu_validation.cif.gz | 9.4 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jg/7jgu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jg/7jgu | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 7jgtSC S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
---|---|
Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
| ||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||||
Unit cell |
| ||||||||||
Components on special symmetry positions |
|
-Components
#1: Protein | Mass: 11175.329 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Caldanaerobacter subterraneus subsp. tengcongensis (strain DSM 15242 / JCM 11007 / NBRC 100824 / MB4) (bacteria) Strain: DSM 15242 / JCM 11007 / NBRC 100824 / MB4 / Gene: TTE0165 / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / References: UniProt: Q8RD81 |
---|---|
#2: Chemical | ChemComp-1PE / |
#3: Water | ChemComp-HOH / |
Has ligand of interest | N |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
---|
-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.49 Å3/Da / Density % sol: 50.51 % |
---|---|
Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: evaporation / pH: 7.5 / Details: 25% PEG 3350, 0.2M sodium di-hydrogen phosphate |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 17-ID / Wavelength: 1 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Oct 11, 2011 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.2→27.36 Å / Num. obs: 34160 / % possible obs: 99 % / Redundancy: 3.184 % / Biso Wilson estimate: 19.682 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.05 / Rrim(I) all: 0.06 / Χ2: 0.93 / Net I/σ(I): 12.39 / Num. measured all: 108762 / Scaling rejects: 9 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
|
-Processing
Software |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 7JGT Resolution: 1.2→27.36 Å / SU ML: 0.15 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.37 / Phase error: 19.65 / Stereochemistry target values: ML
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 135.71 Å2 / Biso mean: 24.7027 Å2 / Biso min: 8.07 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.2→27.36 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 12
|