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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7jft | ||||||||||||
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タイトル | Self-assembly of a 3D DNA crystal lattice (4x6 junction version) containing the J2 immobile Holliday junction | ||||||||||||
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![]() | DNA / Structural DNA nanotechnology / immobile Holliday junctions / 3D DNA self-assembly / designer DNA crystals | ||||||||||||
機能・相同性 | CACODYLATE ION / DNA / DNA (> 10)![]() | ||||||||||||
生物種 | synthetic construct (人工物) | ||||||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||
![]() | Simmons, C.R. / MacCulloch, T. / Stephanopoulos, N. / Yan, H. | ||||||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: The influence of Holliday junction sequence and dynamics on DNA crystal self-assembly. 著者: Simmons, C.R. / MacCulloch, T. / Krepl, M. / Matthies, M. / Buchberger, A. / Crawford, I. / Sponer, J. / Sulc, P. / Stephanopoulos, N. / Yan, H. | ||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 45.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 30.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 6wqgC ![]() 6wr3C ![]() 6wr5C ![]() 6wr7C ![]() 6wr9C ![]() 6wraC ![]() 6wrbC ![]() 6wrcC ![]() 6wriC ![]() 6wrjC ![]() 6wsnC ![]() 6wsoC ![]() 6wspC ![]() 6wsqC ![]() 6wsrC ![]() 6wssC ![]() 6wstC ![]() 6wsuC ![]() 6wsvC ![]() 6wswC ![]() 6wsxC ![]() 6wsyC ![]() 6wszC ![]() 6wt0C ![]() 6wt1C ![]() 6x8bC ![]() 6x8cC ![]() 6xdvC ![]() 6xdwC ![]() 6xdxC ![]() 6xdyC ![]() 6xdzC ![]() 6xeiC ![]() 6xejC ![]() 6xekC ![]() 6xelC ![]() 6xemC ![]() 6xfcC ![]() 6xfdC ![]() 6xfeC ![]() 6xffC ![]() 6xfgC ![]() 6xfwC ![]() 6xfxC ![]() 6xfyC ![]() 6xfzC ![]() 6xg0C ![]() 6xgjC ![]() 6xgkC ![]() 6xglC ![]() 6xgmC ![]() 6xgnC ![]() 6xgoC ![]() 6xnaSC ![]() 6xo5C ![]() 6xo6C ![]() 6xo7C ![]() 6xo8C ![]() 6xo9C ![]() 7jfuC ![]() 7jfvC ![]() 7jfwC ![]() 7jfxC ![]() 7jh8C ![]() 7jh9C ![]() 7jhaC ![]() 7jhbC ![]() 7jhcC ![]() 7jhrC ![]() 7jhsC ![]() 7jhtC ![]() 7jhuC ![]() 7jhvC ![]() 7ji5C ![]() 7ji6C ![]() 7ji7C ![]() 7ji8C ![]() 7ji9C ![]() 7jimC ![]() 7jinC ![]() 7jioC ![]() 7jipC ![]() 7jiqC ![]() 7jj2C ![]() 7jj3C ![]() 7jj4C ![]() 7jj5C ![]() 7jj6C ![]() 7jjwC ![]() 7jjxC ![]() 7jjyC ![]() 7jjzC ![]() 7jk0C ![]() 7jkdC ![]() 7jkeC ![]() 7jkgC ![]() 7jkhC ![]() 7jkiC ![]() 7jkjC ![]() 7jkkC ![]() 7jl9C ![]() 7jlaC ![]() 7jlbC ![]() 7jlcC ![]() 7jldC ![]() 7jleC ![]() 7jlfC ![]() 7jnjC ![]() 7jnkC ![]() 7jnlC ![]() 7jnmC ![]() 7jogC ![]() 7johC ![]() 7joiC ![]() 7jojC ![]() 7jokC ![]() 7jolC ![]() 7jonC ![]() 7jp5C ![]() 7jp6C ![]() 7jp7C ![]() 7jp8C ![]() 7jp9C ![]() 7jpaC ![]() 7jpbC ![]() 7jpcC ![]() 7jryC ![]() 7jrzC ![]() 7js0C ![]() 7js1C ![]() 7js2C ![]() 7jsbC ![]() 7jscC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: DNA鎖 | 分子量: 3696.431 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) | ||
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#2: DNA鎖 | 分子量: 2724.813 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) | ||
#3: DNA鎖 | 分子量: 1784.204 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) | ||
#4: DNA鎖 | 分子量: 4591.969 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) | ||
#5: 化合物 | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 6.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 79.76 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 0.5 mL of 0.05 M Cacodylate pH 6.5 with 2.0 mM spermine, 1.0 mM CoH18N6, and 80 mM CaCl2 was added to the reservoir with 2 uL added to the drop containing 4 uL of DNA stock Temp details: temperature gradient generated from 60 to 25 C at 0.3 degrees per hour |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年10月15日 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.98 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 3.15→50 Å / Num. obs: 4138 / % possible obs: 80.1 % / 冗長度: 6.6 % / Biso Wilson estimate: 84.74 Å2 / CC1/2: 0.991 / Rmerge(I) obs: 0.117 / Rpim(I) all: 0.048 / Rrim(I) all: 0.127 / Χ2: 1.197 / Net I/σ(I): 6 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 6XNA 解像度: 3.158→34.556 Å / SU ML: 0.27 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2.01 / 位相誤差: 33.96 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 182.71 Å2 / Biso mean: 118.2532 Å2 / Biso min: 70.06 Å2 | ||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 3.158→34.556 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 3.158→34.556 Å / Rfactor Rfree error: 0
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