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- PDB-6xdz: Self-assembly of a 3D DNA crystal lattice (4x5 junction version) ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6xdz
タイトルSelf-assembly of a 3D DNA crystal lattice (4x5 junction version) containing the J8 immobile Holliday junction
要素
  • DNA (5'-D(*GP*AP*GP*CP*AP*GP*AP*CP*CP*AP*G)-3')
  • DNA (5'-D(*TP*CP*TP*GP*AP*GP*TP*GP*GP*GP*GP*TP*CP*TP*GP*C)-3')
  • DNA (5'-D(P*AP*CP*AP*CP*CP*AP*CP*TP*CP*A)-3')
  • DNA (5'-D(P*CP*TP*TP*GP*T)-3')
キーワードDNA / Structural DNA nanotechnology / immobile Holliday junctions / 3D DNA self-assembly / designer DNA crystals
機能・相同性CACODYLATE ION / DNA / DNA (> 10)
機能・相同性情報
生物種synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.106 Å
データ登録者Simmons, C.R. / MacCulloch, T. / Stephanopoulos, N. / Yan, H.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
National Science Foundation (NSF, United States)1360635 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM104960 米国
National Science Foundation (NSF, United States)NSF2004250 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: The influence of Holliday junction sequence and dynamics on DNA crystal self-assembly.
著者: Simmons, C.R. / MacCulloch, T. / Krepl, M. / Matthies, M. / Buchberger, A. / Crawford, I. / Sponer, J. / Sulc, P. / Stephanopoulos, N. / Yan, H.
履歴
登録2020年6月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年7月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年7月6日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA (5'-D(*GP*AP*GP*CP*AP*GP*AP*CP*CP*AP*G)-3')
B: DNA (5'-D(P*AP*CP*AP*CP*CP*AP*CP*TP*CP*A)-3')
C: DNA (5'-D(P*CP*TP*TP*GP*T)-3')
D: DNA (5'-D(*TP*CP*TP*GP*AP*GP*TP*GP*GP*GP*GP*TP*CP*TP*GP*C)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,0716
ポリマ－12,7974
非ポリマー2742
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2580 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area8030 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)68.883, 68.883, 59.847
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number145
Space group name H-MP32

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要素

#1: DNA鎖 DNA (5'-D(*GP*AP*GP*CP*AP*GP*AP*CP*CP*AP*G)-3')


分子量: 3392.238 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(P*AP*CP*AP*CP*CP*AP*CP*TP*CP*A)-3')


分子量: 2957.972 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(P*CP*TP*TP*GP*T)-3')


分子量: 1486.009 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#4: DNA鎖 DNA (5'-D(*TP*CP*TP*GP*AP*GP*TP*GP*GP*GP*GP*TP*CP*TP*GP*C)-3')


分子量: 4961.199 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#5: 化合物 ChemComp-CAC / CACODYLATE ION / dimethylarsinate


分子量: 136.989 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6AsO2
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 6.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 80.8 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.5 mL of 0.05 M Cacodylate pH 7.0 with 18 mM MgCl2, 2.25 mM spermine, 0.9 mM CoH18N6, and 4.5% MPD was added to the reservoir with 2 uL added to the drop containing 4 uL of DNA stock
Temp details: temperature gradient generated from 60 to 25 C at 0.3 degrees per hour

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.92 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年8月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.92 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.1→50 Å / Num. obs: 5407 / % possible obs: 94 % / 冗長度: 9.4 % / Biso Wilson estimate: 129.48 Å2 / CC star: 0.857 / Rmerge(I) obs: 0.098 / Rpim(I) all: 0.032 / Rrim(I) all: 0.103 / Χ2: 3.289 / Net I/σ(I): 6.3
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
3.1-3.157.60.7921910.8560.2790.8420.51162.2
3.15-3.217.60.3551740.9820.1240.3760.64868
3.21-3.277.40.2032610.9950.0680.2141.27383.7
3.27-3.347.70.352270.9930.1210.3710.68785.3
3.34-3.418.50.2682790.9810.0910.2830.79591.8
3.41-3.498.50.3252880.9820.110.3430.63495
3.49-3.588.70.282370.9880.0950.2960.76197.1
3.58-3.688.80.3453010.9840.1180.3660.74399
3.68-3.788.60.3832870.9780.1350.4060.6499.7
3.78-3.9110.30.2982850.9750.0970.3131.08100
3.91-4.0410.40.2353100.9850.0770.2471.143100
4.04-4.2110.60.2012580.9890.0650.2110.916100
4.21-4.410.20.1642930.9850.0540.1731.386100
4.4-4.6310.20.1552940.9850.0510.1631.678100
4.63-4.929.20.1163010.9930.0390.1232.124100
4.92-5.310.50.1022880.9870.0330.1083.516100
5.3-5.8310.50.0942690.9830.030.0994.585100
5.83-6.6710.30.0952940.9820.0310.16.865100
6.67-8.49.70.072840.9910.0230.07410.21499.6
8.4-5010.10.0872860.9840.0290.09218.87697.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX1.11.1_2575精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6X8C

6x8c


解像度: 3.106→29.851 Å / SU ML: 0.3 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / 位相誤差: 32.09 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2311 275 5.19 %
Rwork0.2216 5023 -
obs0.2221 5298 92.33 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 203.26 Å2 / Biso mean: 136.1655 Å2 / Biso min: 74.83 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.106→29.851 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 855 2 0 857
Biso mean--161.33 --
残基数----42
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.005956
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6411467
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.031166
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00442
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d35.044406
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
3.106-3.91170.3441140.3516232385
3.9117-29.8510.21391610.19752700100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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