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- PDB-7jfn: Crystal Structure of Leucine-, isoleucine-, valine-, threonine-, ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7jfn
タイトルCrystal Structure of Leucine-, isoleucine-, valine-, threonine-, and alanine-binding protein from Brucella ovis, closed conformation
要素Putative branched chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein
キーワードTRANSPORT PROTEIN / SSGCID / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease
機能・相同性Leu/Ile/Val-binding protein / : / Leucine-binding protein domain / Periplasmic binding protein / amino acid transport / Periplasmic binding protein-like I / : / NITRATE ION / Putative branched chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein
機能・相同性情報
生物種Brucella ovis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
引用ジャーナル: to be published
タイトル: Crystal Structure of Leucine-, isoleucine-, valine-, threonine-, and alanine-binding protein from Brucella ovis, closed conformation
著者: Abendroth, J. / Dranow, D.M. / Lorimer, D.D. / Horanyi, P.S. / Edwards, T.E.
履歴
登録2020年7月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年7月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative branched chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,3976
ポリマ－43,1101
非ポリマー2875
水5,188288
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)46.770, 69.390, 120.750
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

#1: タンパク質 Putative branched chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein


分子量: 43109.500 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Brucella ovis (strain ATCC 25840 / 63/290 / NCTC 10512) (バクテリア)
株: ATCC 25840 / 63/290 / NCTC 10512 / 遺伝子: BOV_A0021 / プラスミド: BrovA.17370.a.B2 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0A0H3ATZ3
#2: 化合物 ChemComp-NO3 / NITRATE ION


分子量: 62.005 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: NO3
#3: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#4: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 288 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 46 %
結晶化温度: 287 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: RigakuReagents JCSG+ screen, condition A12: 20% PEG 3350, 200mM Potassium nitrate: BrovA.17370.a.B2.PS02137 at 25mg/ml: over night soak with 10mM Thr (did not show in electron density): tray: ...詳細: RigakuReagents JCSG+ screen, condition A12: 20% PEG 3350, 200mM Potassium nitrate: BrovA.17370.a.B2.PS02137 at 25mg/ml: over night soak with 10mM Thr (did not show in electron density): tray: 257609a12, cryo: 20%EG+soak, puck tds8-10

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2020年6月20日 / 詳細: Beryllium Lenses
放射モノクロメーター: Diamond [111] / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→50 Å / Num. obs: 43048 / % possible obs: 97.7 % / 冗長度: 5.665 % / Biso Wilson estimate: 33.786 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.038 / Rrim(I) all: 0.042 / Χ2: 0.971 / Net I/σ(I): 22.92
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
1.7-1.743.9390.432.5726530.8420.48782.3
1.74-1.794.4620.3583.5127790.9020.40288.9
1.79-1.845.2590.2835.1429720.9540.31498
1.84-1.96.0040.2267.3229710.9750.247100
1.9-1.966.0780.1749.728710.9850.19100
1.96-2.036.0750.13312.8627990.990.146100
2.03-2.116.0460.10216.7626540.9940.11299.9
2.11-2.196.0270.08519.8926100.9960.09399.9
2.19-2.296.020.07123.2924780.9960.07899.9
2.29-2.45.9540.0626.7523960.9970.06599.9
2.4-2.535.9240.05330.5622750.9980.05999.8
2.53-2.695.890.04633.5921390.9980.05199.9
2.69-2.875.8740.0437.2220380.9980.04499.9
2.87-3.15.810.03640.9519050.9990.0499.9
3.1-3.45.8090.03344.1517500.9990.03699.9
3.4-3.85.8010.02947.2215910.9990.03199.9
3.8-4.395.7860.02748.714280.9990.0399.8
4.39-5.385.8120.02349.8612140.9990.025100
5.38-7.65.7010.02148.989740.9990.023100
7.6-504.9850.0246.255510.9990.02296.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHENIX1.18.2精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
PHASER位相決定
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: open form structure, PDB entry 4xfk

4xfk


解像度: 1.7→34.82 Å / SU ML: 0.1953 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 17.8366
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1939 1944 4.52 %0
Rwork0.1555 41102 --
obs0.1571 43046 97.68 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 30.77 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→34.82 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2918 0 17 288 3223
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00833065
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.90864169
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0607464
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006554
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.83461119
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.7-1.740.32411150.2582441X-RAY DIFFRACTION82.05
1.74-1.790.26361200.22532623X-RAY DIFFRACTION88.8
1.79-1.840.24611520.19192863X-RAY DIFFRACTION97.7
1.84-1.90.19611440.16962971X-RAY DIFFRACTION100
1.9-1.970.18641470.16452940X-RAY DIFFRACTION100
1.97-2.050.23421380.1593004X-RAY DIFFRACTION99.97
2.05-2.140.20831420.15742962X-RAY DIFFRACTION99.9
2.14-2.250.19451330.15222987X-RAY DIFFRACTION99.84
2.25-2.40.18741530.1552985X-RAY DIFFRACTION99.97
2.4-2.580.22151170.15723023X-RAY DIFFRACTION99.78
2.58-2.840.23011380.15852995X-RAY DIFFRACTION99.9
2.84-3.250.1821750.15493011X-RAY DIFFRACTION99.91
3.25-4.10.17091380.1423075X-RAY DIFFRACTION99.84
4.1-34.820.17211320.14823222X-RAY DIFFRACTION99.5
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.257439207780.333350332879-0.02838022553981.68443489154-0.4547047013192.098387861-0.0337459621483-0.03704532105490.07543551566040.142354224403-0.0684075580807-0.0168608236401-0.05180524985380.09378761080560.1008457713340.145460924878-0.0096991084721-0.006496486845360.1536605800370.006367573037270.15911189325721.141821975113.599010133312.6447103541
22.17359459107-1.152350862910.7808767689523.63675387081-0.5320588492152.76184814857-0.022054500598-0.0109414353439-0.2631099187930.110263850538-0.02403477097240.1714835142860.1943501482070.1868189907090.04822682982610.1894204971150.0004877667327350.02817372177110.1577222167410.007484781306210.17352727727718.3772096085-15.80138329215.5670091731
32.759846102010.3179071429470.5189723434142.774883744991.068814870413.966301558650.01611225318240.249294335873-0.0231517386908-0.3725121821620.00437879050180.305919858952-0.12267683227-0.0370507151718-0.04262917323080.144387677034-0.00763496967223-0.05564960372870.1586040400680.04184529068960.18414631486710.58976252279.990911578463.2231056025
42.2141593031-1.31158567678-0.2697786715175.040142335251.216517274482.399660619470.07257758498890.14886956796-0.16193416070.0117999008087-0.1705240795310.5208793733620.0975461622831-0.08150609471430.1211792631020.134842167942-0.0142344241775-0.00780751584720.221351654882-0.00464077373920.2477891428047.88122257104-2.695254322269.85857216226
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 81 through 209 )81 - 2091 - 129
22chain 'A' and (resid 210 through 345 )210 - 345130 - 265
33chain 'A' and (resid 346 through 403 )346 - 403266 - 323
44chain 'A' and (resid 404 through 470 )404 - 470324 - 390

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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