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万見
- PDB-7ib7: Crystal structure of Zika NS2B-NS3 protease in complex with fragm... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7ib7
タイトルCrystal structure of Zika NS2B-NS3 protease in complex with fragment EOS103119 from ECBL-96
要素
  • NS2B co-factor
  • NS3 protease
キーワードVIRAL PROTEIN / crystallographic fragment screening / NS2B-NS3 Zika protease / ECBL-96 fragment library
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT2 activity / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / viral capsid / double-stranded RNA binding / molecular adaptor activity / methyltransferase cap1 activity / mRNA 5'-cap (guanine-N7-)-methyltransferase activity / RNA helicase activity / protein dimerization activity / host cell perinuclear region of cytoplasm ...symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT2 activity / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / viral capsid / double-stranded RNA binding / molecular adaptor activity / methyltransferase cap1 activity / mRNA 5'-cap (guanine-N7-)-methyltransferase activity / RNA helicase activity / protein dimerization activity / host cell perinuclear region of cytoplasm / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / host cell endoplasmic reticulum membrane / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / symbiont-mediated activation of host autophagy / serine-type endopeptidase activity / viral RNA genome replication / RNA-directed RNA polymerase activity / fusion of virus membrane with host endosome membrane / lipid binding / symbiont entry into host cell / GTP binding / virion attachment to host cell / host cell nucleus / virion membrane / structural molecule activity / proteolysis / extracellular region / ATP binding / metal ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Flavivirus capsid protein C superfamily / Flavivirus non-structural protein NS2B / Genome polyprotein, Flavivirus / : / Flavivirus non-structural protein NS4A / Flavivirus non-structural protein NS2B / Flavivirus non-structural protein NS4B / mRNA cap 0/1 methyltransferase / Flavivirus non-structural protein NS4B / Flavivirus non-structural protein NS4A ...Flavivirus capsid protein C superfamily / Flavivirus non-structural protein NS2B / Genome polyprotein, Flavivirus / : / Flavivirus non-structural protein NS4A / Flavivirus non-structural protein NS2B / Flavivirus non-structural protein NS4B / mRNA cap 0/1 methyltransferase / Flavivirus non-structural protein NS4B / Flavivirus non-structural protein NS4A / Flavivirus NS2B domain profile. / mRNA cap 0 and cap 1 methyltransferase (EC 2.1.1.56 and EC 2.1.1.57) domain profile. / Flavivirus non-structural protein NS2A / Flavivirus non-structural protein NS2A / Flavivirus NS3, petidase S7 / Peptidase S7, Flavivirus NS3 serine protease / Flavivirus NS3 protease (NS3pro) domain profile. / RNA-directed RNA polymerase, thumb domain, Flavivirus / Flavivirus RNA-directed RNA polymerase, thumb domain / RNA-directed RNA polymerase, flavivirus / Flavivirus RNA-directed RNA polymerase, fingers and palm domains / Flavivirus capsid protein C / Flavivirus capsid protein C / Flavivirus non-structural Protein NS1 / Flavivirus non-structural protein NS1 / Envelope glycoprotein M, flavivirus / Envelope glycoprotein M superfamily, flavivirus / Flavivirus envelope glycoprotein M / Flavivirus polyprotein propeptide / Flavivirus polyprotein propeptide superfamily / Flavivirus polyprotein propeptide / Flavivirus envelope glycoprotein E, stem/anchor domain / : / Flavivirus NS3 helicase, C-terminal helical domain / Flavivirus envelope glycoprotein E, Stem/Anchor domain / Flavivirus envelope glycoprotein E, Stem/Anchor domain superfamily / Flavivirus glycoprotein E, immunoglobulin-like domain / Flavivirus glycoprotein, immunoglobulin-like domain / Flavivirus glycoprotein central and dimerisation domain / Flavivirus glycoprotein, central and dimerisation domains / Flaviviral glycoprotein E, central domain, subdomain 1 / Flaviviral glycoprotein E, central domain, subdomain 2 / Ribosomal RNA methyltransferase, FtsJ domain / FtsJ-like methyltransferase / Flavivirus/Alphavirus glycoprotein, immunoglobulin-like domain superfamily / Flavivirus glycoprotein, central and dimerisation domain superfamily / Flaviviral glycoprotein E, dimerisation domain / DEAD box, Flavivirus / Flavivirus DEAD domain / helicase superfamily c-terminal domain / Immunoglobulin E-set / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Peptidase S1, PA clan / DNA/RNA polymerase superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Genome polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Zika virus (ジカ熱ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.55 Å
データ登録者Benz, L.S. / Wollenhaupt, J. / Jirgensons, A. / Miletic, T. / Mueller, U. / Weiss, M.S.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
German Research Foundation (DFG)FE2166/1-1 ドイツ
引用ジャーナル: Rsc Med Chem / 年: 2025
タイトル: From fragments to follow-ups: rapid hit expansion by making use of EU-OPENSCREEN resources.
著者: Benz, L.S. / Wollenhaupt, J. / Jirgensons, A. / Miletic, T. / Mueller, U. / Weiss, M.S.
履歴
登録2025年5月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年11月12日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NS2B co-factor
B: NS3 protease
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,0414
ポリマ－24,7432
非ポリマー2982
水1,36976
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4600 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area9400 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)42.930, 42.930, 216.020
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number95
Space group name H-MP4322
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-301-

A1CDN

21B-445-

HOH

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要素

#1: タンパク質 NS2B co-factor


分子量: 5865.384 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Zika virus (ジカ熱ウイルス) / 遺伝子: GP1, A2G93_63394gpGP1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A142IX72
#2: タンパク質 NS3 protease


分子量: 18877.396 Da / 分子数: 1 / Mutation: C143S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Zika virus (ジカ熱ウイルス) / 遺伝子: GP1, A2G93_63394gpGP1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A142IX72
#3: 化合物 ChemComp-A1CDN / 4-methoxy-2,3-dihydro-1H-isoindole


分子量: 149.190 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H11NO / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 76 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 39 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: 0.1 M sodium acetate pH 4.6, 0.2 M ammonium sulfate, 24 % (w/v) PEG 2000
Time: 2-3 days

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9184 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年6月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.55→42.11 Å / Num. obs: 30662 / % possible obs: 99.9 % / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.067 / Rrim(I) all: 0.071 / Net I/σ(I): 18.66 / Num. measured all: 338707
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)% possible obs (%)Rmerge(I) obsNum. measured obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) allNet I/σ(I) obs
1.55-1.6499.61.5035478248210.8411.5731.77
1.64-1.761000.8845229445320.9310.9242.95
1.76-1.91000.4464783242810.9750.4675.52
1.9-2.081000.234341139370.9940.24110.14
2.08-2.321000.1284179335790.9980.13417.97
2.32-2.681000.0863544632290.9990.0925.14
2.68-3.2899.90.0462919927410.9990.04843.07
3.28-4.631000.0322338219110.03262.55

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.20.1_4487: ???)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.55→42.11 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 21.88 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2101 1531 5 %
Rwork0.1897 --
obs0.1907 30620 99.79 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.55→42.11 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1445 0 22 76 1543
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.011511
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0682051
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.575230
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.071222
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.013270
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.55-1.60.33111360.31712588X-RAY DIFFRACTION99
1.6-1.660.29371340.2882551X-RAY DIFFRACTION100
1.66-1.720.2761360.24312586X-RAY DIFFRACTION100
1.72-1.80.21251360.21032586X-RAY DIFFRACTION100
1.8-1.90.21861370.20552587X-RAY DIFFRACTION100
1.9-2.020.21751370.19352599X-RAY DIFFRACTION100
2.02-2.170.22371380.19362649X-RAY DIFFRACTION100
2.17-2.390.19971400.17862645X-RAY DIFFRACTION100
2.39-2.740.22911390.19862655X-RAY DIFFRACTION100
2.74-3.450.22151430.19872718X-RAY DIFFRACTION100
3.45-42.110.17751550.16212925X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.40290.12571.88618.0383-2.74865.19270.1334-0.27860.03690.5871-0.1796-0.4279-0.29610.2879-0.10460.2789-0.0647-0.00320.2958-0.07320.174525.61435.648823.3655
25.38050.57922.10462.8829-2.69666.4860.0842-0.0953-0.15810.20570.12420.20880.2581-0.8951-0.22260.2558-0.03890.03050.2813-0.01370.29355.6521-5.720316.1984
35.9208-2.78142.71848.161-2.04916.84990.3540.340.0034-0.0214-0.3057-0.0819-0.31220.7294-0.00540.3142-0.08020.00560.2861-0.00940.191226.80079.346617.8287
45.0192-5.6034-0.27938.09471.34994.45890.2687-0.10590.5971-0.4275-0.2214-0.2224-0.9364-0.18850.02330.38-0.02420.01850.2411-0.03040.296720.438613.984915.3394
55.2554-0.3171-0.05853.24460.29584.39520.12680.11770.194-0.1219-0.0629-0.2021-0.34460.2304-00.1846-0.02170.02350.20080.01360.164123.22865.56267.1295
61.95270.6059-0.90132.3607-1.01493.57440.0978-0.2103-0.12650.2877-0.1074-0.06910.1450.1214-0.07090.2059-0.0508-0.03560.22750.00330.160220.8151-2.746520.7258
75.36640.49682.95384.4847-1.15125.69540.2863-0.1785-0.17530.4304-0.0760.24470.4302-0.3155-0.17990.2783-0.07570.06660.3034-0.0020.21211.7008-7.167523.3469
82.75771.23730.17485.2333-0.80781.95010.1007-0.02050.0336-0.0302-0.09390.08420.0246-0.35590.05440.2042-0.0280.03320.2526-0.01370.153610.9564-2.290617.767
98.6167-1.66311.74364.4888-0.44284.64270.0996-0.1854-0.29620.1374-0.00750.09260.1435-0.2819-0.09560.2422-0.07610.02540.18340.01370.168414.3756-4.240818.204
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 50 through 64 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 65 through 87 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'B' and (resid 18 through 27 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 28 through 42 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 43 through 79 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 80 through 106 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 107 through 118 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 119 through 137 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 138 through 170 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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