PDB-7ib5: Crystal structure of Zika NS2B-NS3 protease in complex with fragm...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7ib5

タイトル

Crystal structure of Zika NS2B-NS3 protease in complex with fragment EOS103238 from ECBL-96

要素

NS2B co-factor
NS3 protease

キーワード

VIRAL PROTEIN / crystallographic fragment screening / NS2B-NS3 Zika protease / ECBL-96 fragment library

機能・相同性

機能・相同性情報

symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT2 activity / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / viral capsid / double-stranded RNA binding / molecular adaptor activity / methyltransferase cap1 activity / mRNA 5'-cap (guanine-N7-)-methyltransferase activity / RNA helicase activity / protein dimerization activity / host cell perinuclear region of cytoplasm ...
類似検索 - 分子機能

Flavivirus capsid protein C superfamily / Flavivirus non-structural protein NS2B / Genome polyprotein, Flavivirus / : / Flavivirus non-structural protein NS4A / Flavivirus non-structural protein NS2B / Flavivirus non-structural protein NS4B / mRNA cap 0/1 methyltransferase / Flavivirus non-structural protein NS4B / Flavivirus non-structural protein NS4A ...Flavivirus capsid protein C superfamily / Flavivirus non-structural protein NS2B / Genome polyprotein, Flavivirus / : / Flavivirus non-structural protein NS4A / Flavivirus non-structural protein NS2B / Flavivirus non-structural protein NS4B / mRNA cap 0/1 methyltransferase / Flavivirus non-structural protein NS4B / Flavivirus non-structural protein NS4A / Flavivirus NS2B domain profile. / mRNA cap 0 and cap 1 methyltransferase (EC 2.1.1.56 and EC 2.1.1.57) domain profile. / Flavivirus non-structural protein NS2A / Flavivirus non-structural protein NS2A / Flavivirus NS3, petidase S7 / Peptidase S7, Flavivirus NS3 serine protease / Flavivirus NS3 protease (NS3pro) domain profile. / RNA-directed RNA polymerase, thumb domain, Flavivirus / Flavivirus RNA-directed RNA polymerase, thumb domain / RNA-directed RNA polymerase, flavivirus / Flavivirus RNA-directed RNA polymerase, fingers and palm domains / Flavivirus capsid protein C / Flavivirus capsid protein C / Flavivirus non-structural Protein NS1 / Flavivirus non-structural protein NS1 / Envelope glycoprotein M, flavivirus / Envelope glycoprotein M superfamily, flavivirus / Flavivirus envelope glycoprotein M / Flavivirus polyprotein propeptide / Flavivirus polyprotein propeptide superfamily / Flavivirus polyprotein propeptide / Flavivirus envelope glycoprotein E, stem/anchor domain / : / Flavivirus NS3 helicase, C-terminal helical domain / Flavivirus envelope glycoprotein E, Stem/Anchor domain / Flavivirus envelope glycoprotein E, Stem/Anchor domain superfamily / Flavivirus glycoprotein E, immunoglobulin-like domain / Flavivirus glycoprotein, immunoglobulin-like domain / Flavivirus glycoprotein central and dimerisation domain / Flavivirus glycoprotein, central and dimerisation domains / Flaviviral glycoprotein E, central domain, subdomain 1 / Flaviviral glycoprotein E, central domain, subdomain 2 / Ribosomal RNA methyltransferase, FtsJ domain / FtsJ-like methyltransferase / Flavivirus/Alphavirus glycoprotein, immunoglobulin-like domain superfamily / Flavivirus glycoprotein, central and dimerisation domain superfamily / Flaviviral glycoprotein E, dimerisation domain / DEAD box, Flavivirus / Flavivirus DEAD domain / helicase superfamily c-terminal domain / Immunoglobulin E-set / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Peptidase S1, PA clan / DNA/RNA polymerase superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

Zika virus (ジカ熱ウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.52 Å

データ登録者

Benz, L.S. / Wollenhaupt, J. / Jirgensons, A. / Miletic, T. / Mueller, U. / Weiss, M.S.

資金援助

ドイツ, 1件

引用

ジャーナル: Rsc Med Chem / 年: 2025
タイトル: From fragments to follow-ups: rapid hit expansion by making use of EU-OPENSCREEN resources.
著者: Benz, L.S. / Wollenhaupt, J. / Jirgensons, A. / Miletic, T. / Mueller, U. / Weiss, M.S.

履歴

登録	2025年5月21日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2025年11月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7ib5.cif.gz	224.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7ib5.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7ib5.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ib/7ib5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ib/7ib5	HTTPS FTP

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グループ登録

ID	G_1002347 (18エントリ) 7iaq 7iar 7ias 7iat 7iau 7iav 7iaw 7iax 7iay 7iaz
タイトル	Zika NS2B-NS3 protease vs. ECBL-96
タイプ	changed state
解説	Zika NS2B-NS3 protease in complex with fragments from the ECBL-96 Library.

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関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#103 - 2008年7月デングウイルス (Dengue Virus) 類似性 (41) #197 - 2016年5月ジカウイルス (Zika Virus) 類似性 (41)

登録構造単位

A: NS2B co-factor

B: NS3 protease

C: NS2B co-factor

D: NS3 protease

ヘテロ分子

49.7 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: NS2B co-factor

B: NS3 protease

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
24.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: NS2B co-factor

D: NS3 protease

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
24.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	60.440, 60.440, 215.160
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

#1: タンパク質	NS2B co-factor 分子量: 5865.384 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Zika virus (ジカ熱ウイルス) / 遺伝子: GP1, A2G93_63394gpGP1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A142IX72
#2: タンパク質	NS3 protease 分子量: 18877.396 Da / 分子数: 2 / Mutation: C143S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Zika virus (ジカ熱ウイルス) / 遺伝子: GP1, A2G93_63394gpGP1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A142IX72
#3: 化合物	ChemComp-A1CDP / N-(2-fluorophenyl)piperidin-4-amine 分子量: 194.249 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₁H₁₅FN₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 137 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.99 Å³/Da / 溶媒含有率: 38.2 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6 詳細: 0.1 M sodium acetate pH 4.6, 0.2 M ammonium sulfate, 24 % (w/v) PEG 2000 Time: 2-3 days

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

BESSY

/ ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9184 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年6月27日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9184 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.52→46.22 Å / Num. obs: 62624 / % possible obs: 99.9 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.125 / R_rim(I) all: 0.132 / Net I/σ(I): 13.01 / Num. measured all: 620845

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	% possible obs (%)	R_merge(I) obs	Num. measured obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	Net I/σ(I) obs
1.52-1.61	99.7	1.434	84985	9900	0.47	1.522	1.29
1.61-1.72	99.7	1.085	79644	9347	0.641	1.153	1.73
1.72-1.86	100	0.632	87852	8743	0.876	0.666	3.33
1.86-2.04	100	0.374	86477	8087	0.964	0.392	6.26
2.04-2.28	100	0.229	77000	7344	0.984	0.241	11.3
2.28-2.63	99.9	0.156	75571	6562	0.993	0.163	17.97
2.63-3.22	100	0.086	56843	5584	0.997	0.09	28.62
3.22-4.54	100	0.048	46678	4427	0.999	0.05	47.31

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.20.1_4487: ???)	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.52→46.22 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 21.38 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2219	2100	3.35 %
R_work	0.1937	-	-
obs	0.1946	62620	99.88 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.52→46.22 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2922	0	14	137	3073

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.01	3014
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.079	4086
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	7.228	432
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.067	451
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.011	531

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.52-1.55	0.325	137	0.3067	3954	X-RAY DIFFRACTION	99
1.55-1.59	0.303	137	0.2909	3941	X-RAY DIFFRACTION	100
1.59-1.64	0.3106	136	0.278	3938	X-RAY DIFFRACTION	100
1.64-1.68	0.3045	138	0.2598	3962	X-RAY DIFFRACTION	100
1.68-1.74	0.2664	137	0.2505	3969	X-RAY DIFFRACTION	100
1.74-1.8	0.2929	139	0.2193	3988	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8-1.87	0.234	138	0.2046	3975	X-RAY DIFFRACTION	100
1.87-1.96	0.244	139	0.1966	4026	X-RAY DIFFRACTION	100
1.96-2.06	0.2104	138	0.1943	3970	X-RAY DIFFRACTION	100
2.06-2.19	0.2404	140	0.1914	4042	X-RAY DIFFRACTION	100
2.19-2.36	0.2059	140	0.1791	4036	X-RAY DIFFRACTION	100
2.36-2.6	0.2161	142	0.1922	4076	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6-2.97	0.2426	141	0.1929	4084	X-RAY DIFFRACTION	100
2.97-3.75	0.2028	145	0.1752	4167	X-RAY DIFFRACTION	100
3.75-46.22	0.1734	153	0.1614	4392	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.9656	-1.3126	-2.2402	8.8606	-2.643	3.3823	-0.0999	0.5928	-1.0437	-0.7558	0.0408	0.3246	0.5548	-0.3022	-0.1398	-0.0042	-0.1972	-0.0917	0.2425	0.0159	0.3935	2.4153	-26.7285	12.9934
2	4.661	-0.7055	-0.824	1.0095	0.0073	0.1814	-0.0225	-0.8641	0.2592	0.3619	0.0945	0.0756	0.2595	0.1278	-0.1265	0.1759	0.0542	0.0215	0.3687	-0.029	0.1703	15.0777	-13.6028	29.1984
3	3.4055	-0.7506	0.1104	1.3938	-0.4473	3.3746	0.3254	0.2502	-0.2297	-0.1261	-0.0705	-0.2654	0.3942	0.6443	-0.2411	0.1539	0.0343	-0.0279	0.181	-0.0111	0.202	33.7321	-23.8233	13.5471
4	2.0304	-0.1003	-0.4237	5.2206	0.156	3.3227	-0.0743	-0.05	-0.2012	0.2037	0.1858	0.5338	0.1226	-0.4126	-0.0452	0.0871	-0.0061	-0.0009	0.1652	0.0376	0.1451	6.4839	-21.9589	18.0044
5	3.1513	-0.6488	0.0564	2.6556	-0.3975	2.8803	0.0752	0.214	-0.1404	-0.0877	0.0029	0.2569	0.0525	-0.423	-0.0312	0.117	0.0047	-0.0317	0.1656	0.0119	0.1036	10.2171	-19.3423	7.9856
6	3.1697	-0.2324	0.4915	0.8124	-0.2958	0.6391	-0.0231	-0.1344	0.0808	0.0497	-0.0342	-0.0592	-0.1156	0.0541	0.0337	0.1142	0.0009	-0.0013	0.1131	0.0079	0.0998	22.9738	-16.924	20.2704
7	4.4738	-1.2111	0.0032	4.7355	0.6224	3.3029	0.1486	-0.0324	0.123	-0.0539	-0.0669	-0.069	-0.0872	0.0616	-0.0621	0.1006	-0.0181	-0.0169	0.1306	0.0192	0.1003	23.3327	-16.4805	17.5249
8	5.3959	-1.6967	-1.109	4.7542	1.3035	3.2438	0.0225	0.2869	-0.1475	-0.3196	0.0166	0.3258	-0.1395	-0.37	-0.1135	0.1175	-0.0151	-0.0445	0.2578	0.0515	0.1334	4.5936	-45.0974	30.5822
9	2.7124	1.0076	-0.7045	2.7047	0.0212	3.2276	0.1825	-0.074	0.0864	0.1742	-0.1738	-0.2153	-0.1903	0.4563	-0.0715	0.1381	-0.056	-0.0004	0.2879	0.0655	0.1953	26.9581	-36.8071	36.9876
10	1.9347	0.8882	0.1263	0.8184	-0.7891	1.7811	-0.0271	0.0832	0.1732	0.0779	0.2124	0.7433	-0.2328	-0.3521	0.0174	0.1676	0.0407	0.0369	0.2495	0.0572	0.2892	-2.3605	-42.6102	38.0741
11	2.6155	0.7833	-0.5664	3.7335	-0.1069	2.1955	0.1484	-0.0931	0.0946	0.2289	-0.0665	0.282	-0.0215	-0.4902	-0.0466	0.1206	-0.0087	0.0247	0.1899	0.0173	0.1166	4.6817	-42.4328	42.7035
12	1.6294	0.4769	-0.1373	0.5676	-0.1979	2.9257	-0.0496	-0.0033	-0.1073	0.0688	-0.0231	-0.004	0.117	-0.0408	0.0604	0.1086	-0.0086	0.0151	0.1152	0.0114	0.1377	12.0186	-46.0826	39.7063
13	2.1289	1.806	-0.9337	3.2553	1.1098	3.916	0.0664	0.3267	-0.1478	-0.035	0.0082	-0.1694	0.1961	0.2411	0.0488	0.1132	0.008	0.0127	0.1316	0.0541	0.1448	23.3758	-43.0746	30.0921
14	1.9872	-0.0921	-0.5186	2.3687	-0.2627	2.2859	0.0318	0.0481	-0.0614	0.1044	-0.0919	-0.0726	-0.0089	0.175	0.0246	0.0961	-0.0099	-0.0065	0.1408	0.03	0.1218	18.7034	-42.6463	34.6203
15	3.559	1.4216	-1.7006	1.5241	-1.6842	4.449	-0.0069	-0.165	-0.1981	0.2191	-0.1952	-0.3002	0.0069	0.2657	0.1272	0.1185	-0.0063	-0.0076	0.1538	0.0291	0.1188	21.1059	-40.9269	37.872

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 49 through 53 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 54 through 68 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 69 through 88 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 18 through 42 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 43 through 79 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 80 through 137 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 138 through 170 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'C' and (resid 50 through 64 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'C' and (resid 65 through 88 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'D' and (resid 13 through 34 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'D' and (resid 35 through 62 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'D' and (resid 63 through 106 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'D' and (resid 107 through 118 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'D' and (resid 119 through 155 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'D' and (resid 156 through 171 )

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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