PDB-7ib4: Crystal structure of Zika NS2B-NS3 protease in complex with fragm...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7ib4

タイトル

Crystal structure of Zika NS2B-NS3 protease in complex with fragment EOS103292 from ECBL-96

要素

NS2B co-factor
NS3 protease

キーワード

VIRAL PROTEIN / crystallographic fragment screening / NS2B-NS3 Zika protease / ECBL-96 fragment library

機能・相同性

機能・相同性情報

symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT2 activity / viral capsid / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / double-stranded RNA binding / molecular adaptor activity / methyltransferase cap1 activity / mRNA 5'-cap (guanine-N7-)-methyltransferase activity / RNA helicase activity / protein dimerization activity / symbiont-mediated suppression of host innate immune response ...
類似検索 - 分子機能

Flavivirus capsid protein C superfamily / Flavivirus non-structural protein NS2B / Genome polyprotein, Flavivirus / : / Flavivirus non-structural protein NS4A / Flavivirus non-structural protein NS2B / Flavivirus non-structural protein NS4B / mRNA cap 0/1 methyltransferase / Flavivirus non-structural protein NS4B / Flavivirus non-structural protein NS4A ...Flavivirus capsid protein C superfamily / Flavivirus non-structural protein NS2B / Genome polyprotein, Flavivirus / : / Flavivirus non-structural protein NS4A / Flavivirus non-structural protein NS2B / Flavivirus non-structural protein NS4B / mRNA cap 0/1 methyltransferase / Flavivirus non-structural protein NS4B / Flavivirus non-structural protein NS4A / Flavivirus NS2B domain profile. / mRNA cap 0 and cap 1 methyltransferase (EC 2.1.1.56 and EC 2.1.1.57) domain profile. / Flavivirus non-structural protein NS2A / Flavivirus non-structural protein NS2A / Flavivirus NS3, petidase S7 / Peptidase S7, Flavivirus NS3 serine protease / Flavivirus NS3 protease (NS3pro) domain profile. / RNA-directed RNA polymerase, thumb domain, Flavivirus / Flavivirus RNA-directed RNA polymerase, thumb domain / RNA-directed RNA polymerase, flavivirus / Flavivirus RNA-directed RNA polymerase, fingers and palm domains / Flavivirus capsid protein C / Flavivirus capsid protein C / Flavivirus non-structural Protein NS1 / Flavivirus non-structural protein NS1 / Envelope glycoprotein M superfamily, flavivirus / Envelope glycoprotein M, flavivirus / Flavivirus polyprotein propeptide superfamily / Flavivirus envelope glycoprotein M / Flavivirus polyprotein propeptide / Flavivirus polyprotein propeptide / : / Flavivirus NS3 helicase, C-terminal helical domain / Flavivirus envelope glycoprotein E, Stem/Anchor domain superfamily / Flavivirus envelope glycoprotein E, stem/anchor domain / Flavivirus envelope glycoprotein E, Stem/Anchor domain / Flaviviral glycoprotein E, central domain, subdomain 1 / Flaviviral glycoprotein E, central domain, subdomain 2 / Flavivirus glycoprotein E, immunoglobulin-like domain / Flavivirus glycoprotein, immunoglobulin-like domain / Flavivirus glycoprotein central and dimerisation domain / Flavivirus glycoprotein, central and dimerisation domains / Ribosomal RNA methyltransferase, FtsJ domain / FtsJ-like methyltransferase / Flavivirus/Alphavirus glycoprotein, immunoglobulin-like domain superfamily / Flavivirus glycoprotein, central and dimerisation domain superfamily / Flaviviral glycoprotein E, dimerisation domain / DEAD box, Flavivirus / Flavivirus DEAD domain / helicase superfamily c-terminal domain / Immunoglobulin E-set / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Peptidase S1, PA clan / DNA/RNA polymerase superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

Zika virus (ジカ熱ウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.62 Å

データ登録者

Benz, L.S. / Wollenhaupt, J. / Jirgensons, A. / Miletic, T. / Mueller, U. / Weiss, M.S.

資金援助

ドイツ, 1件

引用

ジャーナル: Rsc Med Chem / 年: 2025
タイトル: From fragments to follow-ups: rapid hit expansion by making use of EU-OPENSCREEN resources.
著者: Benz, L.S. / Wollenhaupt, J. / Jirgensons, A. / Miletic, T. / Mueller, U. / Weiss, M.S.

履歴

登録	2025年5月21日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2025年11月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2025年12月31日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7ib4.cif.gz	224.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7ib4.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7ib4.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ib/7ib4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ib/7ib4	HTTPS FTP

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グループ登録

ID	G_1002347 (18エントリ) 7iaq 7iar 7ias 7iat 7iau 7iav 7iaw 7iax 7iay 7iaz
タイトル	Zika NS2B-NS3 protease vs. ECBL-96
タイプ	changed state
解説	Zika NS2B-NS3 protease in complex with fragments from the ECBL-96 Library.

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関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#103 - 2008年7月デングウイルス (Dengue Virus) 類似性 (41) #197 - 2016年5月ジカウイルス (Zika Virus) 類似性 (41)

登録構造単位

A: NS2B co-factor

B: NS3 protease

C: NS2B co-factor

D: NS3 protease

ヘテロ分子

49.7 kDa, 4 ポリマー
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1

A: NS2B co-factor

B: NS3 protease

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
24.7 kDa, 2 ポリマー
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2

C: NS2B co-factor

D: NS3 protease

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
24.9 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	60.340, 60.340, 215.290
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

#1: タンパク質	NS2B co-factor 分子量: 5865.384 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Zika virus (ジカ熱ウイルス) / 遺伝子: GP1, A2G93_63394gpGP1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A142IX72
#2: タンパク質	NS3 protease 分子量: 18877.396 Da / 分子数: 2 / Mutation: C143S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Zika virus (ジカ熱ウイルス) / 遺伝子: GP1, A2G93_63394gpGP1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A142IX72
#3: 化合物	ChemComp-A1CDQ / (3R,4S)-4-phenoxypyrrolidin-3-ol 分子量: 179.216 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₃NO₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 134 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.98 Å³/Da / 溶媒含有率: 38.03 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6 詳細: 0.1 M sodium acetate pH 4.6, 0.2 M ammonium sulfate, 24 % (w/v) PEG 2000 Time: 2-3 days

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

BESSY

/ ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9184 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年6月27日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9184 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.62→42.67 Å / Num. obs: 50650 / % possible obs: 97.8 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.078 / R_rim(I) all: 0.082 / Net I/σ(I): 18.71 / Num. measured all: 582462

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	% possible obs (%)	R_merge(I) obs	Num. measured obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	Net I/σ(I) obs
1.62-1.72	96.8	1.145	96966	7957	0.728	1.194	2
1.72-1.84	97.3	0.601	89915	7506	0.905	0.628	3.72
1.84-1.98	96.7	0.337	77825	6996	0.967	0.353	6.48
1.98-2.17	98	0.207	80483	6549	0.99	0.216	11.51
2.17-2.43	98.4	0.132	71354	5976	0.996	0.138	18.04
2.43-2.8	98.5	0.093	56691	5312	0.997	0.097	24.14
2.8-3.43	99.1	0.054	51224	4594	0.999	0.057	43.36
3.43-4.84	98.7	0.038	36575	3617	0.999	0.04	59.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.20.1_4487: ???)	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.62→42.67 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 18.11 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1971	2100	4.15 %
R_work	0.1785	-	-
obs	0.1793	50633	97.73 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.62→42.67 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2893	0	13	134	3040

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.01	2984
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.103	4045
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	6.505	428
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.067	447
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.009	525

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.62-1.66	0.3031	135	0.2619	3140	X-RAY DIFFRACTION	97
1.66-1.7	0.2966	136	0.2383	3133	X-RAY DIFFRACTION	97
1.7-1.75	0.2398	135	0.2158	3131	X-RAY DIFFRACTION	97
1.75-1.8	0.2517	138	0.2022	3179	X-RAY DIFFRACTION	97
1.8-1.85	0.2043	138	0.1966	3186	X-RAY DIFFRACTION	98
1.85-1.92	0.2272	136	0.2016	3150	X-RAY DIFFRACTION	98
1.92-2	0.2331	136	0.1861	3141	X-RAY DIFFRACTION	96
2-2.09	0.2082	139	0.1695	3225	X-RAY DIFFRACTION	98
2.09-2.2	0.1947	140	0.169	3221	X-RAY DIFFRACTION	98
2.2-2.34	0.1943	140	0.1707	3236	X-RAY DIFFRACTION	98
2.34-2.52	0.204	142	0.1809	3288	X-RAY DIFFRACTION	99
2.52-2.77	0.2131	141	0.1921	3267	X-RAY DIFFRACTION	99
2.77-3.17	0.184	144	0.1887	3331	X-RAY DIFFRACTION	99
3.17-3.99	0.1818	146	0.164	3371	X-RAY DIFFRACTION	99
4-42.67	0.1725	154	0.1628	3534	X-RAY DIFFRACTION	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	7.13	-5.6054	2.6892	9.9158	-2.4368	2.5416	0.1688	-0.0168	0.1309	-0.1792	0.025	0.0506	0.1125	0.026	-0.1685	0.2028	-0.0154	-0.0094	0.253	0.0145	0.2127	25.0943	-19.2007	15.217
2	7.6345	-1.9899	-2.7194	5.5822	1.952	5.56	0.0004	0.5491	-0.1194	-0.3472	0.0722	0.2392	-0.0933	-0.644	-0.0442	0.1643	-0.0239	-0.0409	0.3217	0.0578	0.2415	4.3293	-45.0655	30.8063
3	3.5543	1.3401	-1.2414	3.3373	1.0497	6.1063	0.2739	-0.0563	0.1928	0.1264	-0.1112	-0.2267	-0.0842	0.6803	-0.1432	0.173	-0.0344	-0.0121	0.3646	0.0939	0.2509	26.0681	-37.4585	36.8206
4	1.7385	1.2846	-0.4659	0.9535	-0.3657	1.5864	-0.051	0.1946	-0.4762	-0.1725	0.2852	0.6741	0.1958	-0.4009	-0.207	0.1729	-0.0267	-0.0342	0.3039	0.0681	0.413	-1.314	-49.5671	36.7487
5	5.868	-0.6536	0.5422	6.3655	-0.2726	4.5441	0.0754	0.0057	0.9061	-0.0112	-0.1433	0.6254	-0.7556	-0.8585	0.1504	0.2675	0.0942	0.024	0.3427	0.0015	0.358	0.6187	-35.5042	39.1209
6	4.4517	1.3268	-0.1686	4.2762	-0.3102	3.0401	0.0232	-0.1659	0.192	0.0922	0.0421	0.4265	-0.0261	-0.6472	-0.028	0.1708	-0.0191	0.0344	0.2716	0.0169	0.1793	4.3387	-43.2566	46.6073
7	2.517	0.311	-0.4238	0.7156	-0.3963	3.4311	-0.1055	0.0999	-0.1358	-0.0116	-0.0538	-0.0016	0.206	0.0568	0.1502	0.1705	-0.0159	0.0137	0.1717	0.0087	0.2115	13.7031	-46.0867	36.7041
8	2.5167	2.6617	-0.5584	5.0853	1.9251	4.4093	0.1453	-0.0521	-0.3944	-0.188	0.0523	-0.3873	0.1586	0.2487	-0.098	0.1404	0.0117	0.0242	0.2797	0.078	0.151	22.9393	-43.1194	30.0902
9	2.2488	-0.1298	-0.0811	3.6587	0.5292	2.2998	-0.0472	-0.0407	-0.0751	0.1476	-0.0255	-0.2145	0.0265	0.437	0.0991	0.1661	0.0011	-0.0027	0.2596	0.0607	0.1823	20.1988	-39.1218	35.5051
10	3.4284	1.0925	-0.5722	5.0766	-0.145	3.2612	-0.0442	0.1388	-0.2132	0.0779	-0.0616	-0.0789	0.0856	0.2203	0.1417	0.1038	0.0123	-0.0002	0.1914	0.0387	0.1519	18.8796	-43.0521	35.1801
11	5.4324	-0.9549	-0.9681	1.3053	0.3527	1.8486	-0.0414	-0.8859	0.1569	0.2044	0.1322	0.1194	-0.0873	-0.1576	-0.1173	0.2004	-0.0186	0.0243	0.2574	0.0541	0.2005	16.8904	-17.679	24.9978
12	3.8252	0.9353	-0.436	3.6807	0.0553	3.8757	0.4641	0.5563	-0.9381	-0.1024	0.0316	-0.5821	0.4063	0.7558	-0.3791	0.3011	0.1197	-0.0529	0.3297	-0.0726	0.3208	32.8527	-25.5428	8.5546
13	3.8868	-0.0498	-1.1755	4.9185	-0.0361	5.0925	-0.0852	-0.0803	-0.1945	0.0979	0.2496	0.3297	0.1054	-0.4679	-0.0403	0.0942	-0.0036	-0.0137	0.2015	0.0444	0.1634	6.5998	-21.1278	17.9746
14	4.9909	-1.8646	-1.4041	8.286	0.5987	5.5776	0.0978	0.1605	-0.1496	-0.162	0.0089	0.311	0.0073	-0.2262	-0.072	0.1292	0.0052	-0.0185	0.1728	0.0234	0.126	12.3237	-18.7545	10.7023
15	8.9651	1.0345	-1.8673	4.3898	-1.901	4.3777	0.2278	0.1681	-0.0646	-0.0036	0.0424	0.4685	-0.0529	-0.8025	-0.1727	0.2035	0.0075	-0.068	0.3696	0.0089	0.2147	5.2155	-19.5851	6.8064
16	4.6316	-0.2711	2.3921	1.3731	0.4266	5.3122	-0.0148	0.0835	0.3741	-0.125	-0.0776	-0.0353	-0.2912	0.0586	0.0864	0.1393	-0.0054	0.029	0.1504	0.0608	0.1805	19.9535	-12.9125	12.1487
17	7.4251	4.3905	0.1851	8.4084	-0.1499	1.5255	0.2436	-0.7679	-0.127	0.4983	-0.0636	0.3368	0.0194	0.0216	-0.1477	0.2425	0.0211	0.005	0.3424	0.0452	0.1935	14.625	-20.4083	27.3181
18	7.9815	-0.8043	-0.8584	3.9965	1.374	6.5975	0.0334	-0.5904	0.2985	0.0679	0.0289	-0.2347	-0.2318	0.2973	0.0132	0.1461	0.0086	-0.0431	0.1772	0.0233	0.1407	28.2707	-17.1663	22.8423
19	4.1958	0.7767	1.5084	3.3343	0.1775	0.5441	0.15	0.154	-0.3038	0.0529	-0.1283	-0.2329	-0.1339	0.212	0.0971	0.171	-0.0257	-0.0091	0.2248	0.032	0.1927	25.2001	-21.542	18.0365
20	3.0433	2.9046	2.6303	3.0819	2.8748	3.6265	0.0545	-0.5921	0.8355	0.0606	-0.1763	-0.2535	-1.1429	0.3205	0.0826	0.3545	-0.0212	-0.0018	0.2924	-0.0292	0.329	20.0735	-8.4737	22.6538
21	6.0584	-3.1303	-0.2942	7.3141	1.7295	4.2501	0.308	-0.0463	-0.1768	-0.1632	-0.108	-0.0325	0.1777	0.1505	-0.1494	0.1557	-0.0287	-0.0301	0.1928	0.0415	0.1465	23.2601	-20.6779	16.7426

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'B' and (resid 156 through 170 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'C' and (resid 50 through 64 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'C' and (resid 65 through 87 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'D' and (resid 14 through 26 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'D' and (resid 27 through 42 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'D' and (resid 43 through 71 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'D' and (resid 72 through 106 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'D' and (resid 107 through 118 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'D' and (resid 119 through 137 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'D' and (resid 138 through 170 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'A' and (resid 49 through 73 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'A' and (resid 74 through 88 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 18 through 42 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 43 through 53 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 54 through 71 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'B' and (resid 72 through 94 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'B' and (resid 95 through 106 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'B' and (resid 107 through 118 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'B' and (resid 119 through 137 )
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'B' and (resid 138 through 145 )
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'B' and (resid 146 through 155 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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