PDB-7ib2: Crystal structure of Zika NS2B-NS3 protease in complex with fragm...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7ib2

タイトル

Crystal structure of Zika NS2B-NS3 protease in complex with fragment EOS103118 from ECBL-96

要素

NS2B co-factor
NS3 protease

キーワード

VIRAL PROTEIN / crystallographic fragment screening / NS2B-NS3 Zika protease / ECBL-96 fragment library

機能・相同性

機能・相同性情報

symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT2 activity / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / viral capsid / double-stranded RNA binding / molecular adaptor activity / methyltransferase cap1 activity / mRNA 5'-cap (guanine-N7-)-methyltransferase activity / RNA helicase activity / protein dimerization activity / host cell perinuclear region of cytoplasm ...
類似検索 - 分子機能

Flavivirus capsid protein C superfamily / Flavivirus non-structural protein NS2B / Genome polyprotein, Flavivirus / : / Flavivirus non-structural protein NS4A / Flavivirus non-structural protein NS2B / Flavivirus non-structural protein NS4B / mRNA cap 0/1 methyltransferase / Flavivirus non-structural protein NS4B / Flavivirus non-structural protein NS4A ...Flavivirus capsid protein C superfamily / Flavivirus non-structural protein NS2B / Genome polyprotein, Flavivirus / : / Flavivirus non-structural protein NS4A / Flavivirus non-structural protein NS2B / Flavivirus non-structural protein NS4B / mRNA cap 0/1 methyltransferase / Flavivirus non-structural protein NS4B / Flavivirus non-structural protein NS4A / Flavivirus NS2B domain profile. / mRNA cap 0 and cap 1 methyltransferase (EC 2.1.1.56 and EC 2.1.1.57) domain profile. / Flavivirus non-structural protein NS2A / Flavivirus non-structural protein NS2A / Flavivirus NS3, petidase S7 / Peptidase S7, Flavivirus NS3 serine protease / Flavivirus NS3 protease (NS3pro) domain profile. / RNA-directed RNA polymerase, thumb domain, Flavivirus / Flavivirus RNA-directed RNA polymerase, thumb domain / RNA-directed RNA polymerase, flavivirus / Flavivirus RNA-directed RNA polymerase, fingers and palm domains / Flavivirus capsid protein C / Flavivirus capsid protein C / Flavivirus non-structural Protein NS1 / Flavivirus non-structural protein NS1 / Envelope glycoprotein M, flavivirus / Envelope glycoprotein M superfamily, flavivirus / Flavivirus envelope glycoprotein M / Flavivirus polyprotein propeptide / Flavivirus polyprotein propeptide superfamily / Flavivirus polyprotein propeptide / Flavivirus envelope glycoprotein E, stem/anchor domain / : / Flavivirus NS3 helicase, C-terminal helical domain / Flavivirus envelope glycoprotein E, Stem/Anchor domain / Flavivirus envelope glycoprotein E, Stem/Anchor domain superfamily / Flavivirus glycoprotein E, immunoglobulin-like domain / Flavivirus glycoprotein, immunoglobulin-like domain / Flavivirus glycoprotein central and dimerisation domain / Flavivirus glycoprotein, central and dimerisation domains / Flaviviral glycoprotein E, central domain, subdomain 1 / Flaviviral glycoprotein E, central domain, subdomain 2 / Ribosomal RNA methyltransferase, FtsJ domain / FtsJ-like methyltransferase / Flavivirus/Alphavirus glycoprotein, immunoglobulin-like domain superfamily / Flavivirus glycoprotein, central and dimerisation domain superfamily / Flaviviral glycoprotein E, dimerisation domain / DEAD box, Flavivirus / Flavivirus DEAD domain / helicase superfamily c-terminal domain / Immunoglobulin E-set / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Peptidase S1, PA clan / DNA/RNA polymerase superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

Zika virus (ジカ熱ウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.51 Å

データ登録者

Benz, L.S. / Wollenhaupt, J. / Jirgensons, A. / Miletic, T. / Mueller, U. / Weiss, M.S.

資金援助

ドイツ, 1件

引用

ジャーナル: Rsc Med Chem / 年: 2025
タイトル: From fragments to follow-ups: rapid hit expansion by making use of EU-OPENSCREEN resources.
著者: Benz, L.S. / Wollenhaupt, J. / Jirgensons, A. / Miletic, T. / Mueller, U. / Weiss, M.S.

履歴

登録	2025年5月21日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2025年11月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7ib2.cif.gz	226.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7ib2.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7ib2.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	7ib2_validation.pdf.gz	698.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7ib2_full_validation.pdf.gz	701.1 KB	表示
XML形式データ	7ib2_validation.xml.gz	19.9 KB	表示
CIF形式データ	7ib2_validation.cif.gz	26.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ib/7ib2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ib/7ib2	HTTPS FTP

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グループ登録

ID	G_1002347 (18エントリ) 7iaq 7iar 7ias 7iat 7iau 7iav 7iaw 7iax 7iay 7iaz
タイトル	Zika NS2B-NS3 protease vs. ECBL-96
タイプ	changed state
解説	Zika NS2B-NS3 protease in complex with fragments from the ECBL-96 Library.

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関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#103 - 2008年7月デングウイルス (Dengue Virus) 類似性 (41) #197 - 2016年5月ジカウイルス (Zika Virus) 類似性 (41)

登録構造単位

A: NS2B co-factor

B: NS3 protease

C: NS2B co-factor

D: NS3 protease

ヘテロ分子

49.8 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: NS2B co-factor

B: NS3 protease

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
24.7 kDa, 2 ポリマー
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2

C: NS2B co-factor

D: NS3 protease

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
25 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	60.510, 60.510, 214.570
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

#1: タンパク質	NS2B co-factor 分子量: 5865.384 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Zika virus (ジカ熱ウイルス) / 遺伝子: GP1, A2G93_63394gpGP1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A142IX72
#2: タンパク質	NS3 protease 分子量: 18877.396 Da / 分子数: 2 / Mutation: C143S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Zika virus (ジカ熱ウイルス) / 遺伝子: GP1, A2G93_63394gpGP1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A142IX72
#3: 化合物	ChemComp-A1CDS / 2-(5-amino-3-phenyl-1H-pyrazol-1-yl)ethan-1-ol 分子量: 203.240 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₁H₁₃N₃O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE 分子量: 78.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 172 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.99 Å³/Da / 溶媒含有率: 38.17 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6 詳細: 0.1 M sodium acetate pH 4.6, 0.2 M ammonium sulfate, 24 % (w/v) PEG 2000 Time: 2-3 days

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

BESSY

/ ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9184 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年6月27日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9184 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.51→46.2 Å / Num. obs: 63811 / % possible obs: 100 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.073 / R_rim(I) all: 0.077 / Net I/σ(I): 21.23 / Num. measured all: 718637

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	% possible obs (%)	R_merge(I) obs	Num. measured obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	Net I/σ(I) obs
1.51-1.6	100	1.073	110753	10098	0.747	1.126	1.98
1.6-1.71	100	0.714	112950	9577	0.867	0.747	3.18
1.71-1.85	100	0.385	103535	8888	0.955	0.403	5.95
1.85-2.02	99.9	0.224	90106	8240	0.986	0.235	10.5
2.02-2.26	99.9	0.131	88567	7481	0.995	0.137	19.3
2.26-2.61	99.9	0.087	75944	6655	0.998	0.092	28.22
2.61-3.2	100	0.047	60585	5705	0.999	0.05	47.06
3.2-4.51	100	0.028	49110	4482	0.999	0.03	76.27

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.20.1_4487: ???)	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.51→46.2 Å / SU ML: 0.15 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 18.79 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2065	2100	3.29 %
R_work	0.1835	-	-
obs	0.1842	63807	99.95 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.51→46.2 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2919	0	19	172	3110

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	3020
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.05	4095
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	6.622	434
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.071	451
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.01	535

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.51-1.54	0.292	136	0.2628	4022	X-RAY DIFFRACTION	100
1.54-1.58	0.2777	138	0.2499	4048	X-RAY DIFFRACTION	100
1.58-1.63	0.2977	138	0.2397	4039	X-RAY DIFFRACTION	100
1.63-1.67	0.2525	137	0.2294	4036	X-RAY DIFFRACTION	100
1.67-1.73	0.2447	138	0.2231	4063	X-RAY DIFFRACTION	100
1.73-1.79	0.2012	138	0.1924	4060	X-RAY DIFFRACTION	100
1.79-1.86	0.2028	138	0.1877	4055	X-RAY DIFFRACTION	100
1.86-1.95	0.2198	139	0.1884	4078	X-RAY DIFFRACTION	100
1.95-2.05	0.2227	139	0.175	4079	X-RAY DIFFRACTION	100
2.05-2.18	0.1867	139	0.1833	4102	X-RAY DIFFRACTION	100
2.18-2.35	0.1947	140	0.1701	4108	X-RAY DIFFRACTION	100
2.35-2.58	0.1893	140	0.1791	4114	X-RAY DIFFRACTION	100
2.58-2.95	0.2107	143	0.1872	4188	X-RAY DIFFRACTION	100
2.96-3.72	0.1872	144	0.1774	4233	X-RAY DIFFRACTION	100
3.72-46.2	0.1999	153	0.1658	4482	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.4356	0.9875	-0.8607	5.2936	-0.3208	3.1958	0.0788	-0.139	-0.1668	0.2994	-0.1743	0.025	-0.0812	0.3348	0.1421	0.107	0.0068	-0.0038	0.1802	0.0206	0.1144	20.9595	-40.9376	37.611
2	8.8223	-4.3203	-2.5838	7.2398	-3.2413	4.7919	0.2736	1.3304	-1.2504	-1.0873	-0.5607	0.5785	0.7263	-0.5144	0.0324	0.1035	-0.135	-0.1179	0.3121	-0.0038	0.454	2.5159	-26.871	12.9657
3	2.2687	1.1333	0.3125	3.769	1.0519	3.4788	-0.2177	-0.3159	0.5459	0.0178	0.2696	0.25	-0.2449	0.2477	-0.1053	0.1654	0.0218	0.0548	0.3316	-0.0437	0.2195	11.8143	-12.37	27.0141
4	4.1834	-1.0187	0.9279	3.2238	0.3705	4.1939	0.1997	-0.0903	-0.1048	0.1238	-0.0596	-0.1394	0.2563	0.3935	-0.1269	0.1362	-0.0141	-0.0179	0.1817	0.0311	0.1889	31.6553	-22.6907	17.4358
5	3.0428	-0.5408	-0.732	3.7571	-0.5044	4.1879	0.0761	0.043	-0.241	0.008	-0.0046	0.3082	0.0695	-0.3026	-0.0497	0.089	-0.0015	-0.0244	0.1499	0.0105	0.1363	8.5943	-21.0051	15.2809
6	7.1237	0.9274	-1.9399	3.2434	-1.3651	3.8732	0.1669	0.3798	-0.0762	-0.005	0.0242	0.322	0.0562	-0.7253	-0.129	0.1431	0.0029	-0.0421	0.2804	0.0164	0.1579	5.4209	-19.8244	6.7337
7	3.3764	-0.2395	0.279	0.7675	-0.0418	1.2851	0.0318	-0.1669	0.062	0.0623	-0.0402	-0.0722	-0.0811	0.0955	0.011	0.1423	-0.0089	0.0015	0.1538	0.0199	0.1421	22.1381	-17.3603	18.3631
8	9.1788	2.8287	3.1621	4.2214	4.1044	4.351	0.2328	-0.4599	0.9387	0.2863	-0.3951	-0.1043	-0.696	-0.028	0.0586	0.2508	-0.0278	0.0232	0.2327	-0.0186	0.2618	20.356	-8.7263	22.5856
9	6.1925	-1.061	0.2948	5.8004	0.8567	4.2923	0.1634	0.0089	-0.0491	-0.0417	0.0214	-0.0732	0.0446	0.1355	-0.0029	0.0976	-0.0148	-0.0196	0.1406	0.0077	0.0891	24.5335	-19.8125	15.8119
10	5.7702	0.4978	-0.1355	2.4763	-1.0619	2.3302	-0.16	0.6683	0.0056	-0.2532	0.1538	0.147	0.1564	-0.3174	-0.0394	0.1533	-0.0229	-0.0528	0.2513	0.0508	0.1781	7.4711	-44.5245	28.4833
11	3.0235	1.3325	-0.2592	2.3343	-0.4122	4.0204	0.1273	-0.5186	-0.012	0.2271	-0.2377	-0.3111	-0.0032	1.3694	-0.1654	0.1925	-0.0965	0.0027	0.405	0.0526	0.225	28.5797	-35.9081	40.5923
12	2.6732	2.3977	-0.5422	2.1251	-0.6076	0.5703	-0.004	0.071	-0.4094	-0.1045	0.1224	0.2455	0.1504	-0.3768	-0.1383	0.192	-0.027	-0.0267	0.2684	0.051	0.305	-1.1142	-49.7424	36.5906
13	3.891	0.789	0.4421	4.039	-0.2786	3.8557	0.1273	-0.132	0.3729	0.0758	-0.1125	0.4526	-0.3721	-0.5113	0.0137	0.1517	0.035	0.0415	0.213	0.0063	0.1948	4.2615	-39.0395	41.0395
14	6.7747	1.7127	-0.3849	4.314	-0.4979	3.7905	0.2263	0.0176	0.1442	0.1262	-0.0604	0.2696	-0.0862	-0.4477	-0.0323	0.1446	-0.0072	0.0359	0.2378	0.0214	0.1212	5.6227	-43.0293	48.0777
15	3.6246	-0.5186	-0.5623	0.9649	-0.1654	2.5701	-0.0078	0.222	-0.1313	-0.063	-0.1365	-0.0882	0.2768	0.1944	0.1498	0.1283	-0.025	0.0014	0.14	-0.0155	0.1828	14.0465	-47.3234	32.9658
16	7.0858	4.1595	2.3382	3.7459	2.9548	6.6197	0.124	0.252	-0.1339	-0.0512	-0.0257	-0.1506	0.3702	0.4534	-0.03	0.1311	0.0299	0.0321	0.1641	0.0474	0.1266	23.2702	-43.1962	29.9813
17	2.6934	0.2797	-0.5527	2.9437	-0.1899	2.8655	-0.013	0.0608	-0.1418	0.0632	-0.029	-0.0191	0.0802	0.2492	0.0266	0.1212	0.0105	0.0028	0.1729	0.0281	0.134	18.6728	-42.7146	34.4967

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'D' and (resid 156 through 171 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 49 through 53 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 54 through 63 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 64 through 88 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 18 through 53 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 54 through 71 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 72 through 137 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 138 through 145 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 146 through 170 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'C' and (resid 50 through 69 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'C' and (resid 70 through 88 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'D' and (resid 14 through 26 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'D' and (resid 27 through 53 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'D' and (resid 54 through 79 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'D' and (resid 80 through 106 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'D' and (resid 107 through 118 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'D' and (resid 119 through 155 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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