PDB-7ib1: Crystal structure of Zika NS2B-NS3 protease in complex with fragm...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7ib1

タイトル

Crystal structure of Zika NS2B-NS3 protease in complex with fragment EOS102869 from ECBL-96

要素

NS2B co-factor
NS3 protease

キーワード

VIRAL PROTEIN / crystallographic fragment screening / NS2B-NS3 Zika protease / ECBL-96 fragment library

機能・相同性

機能・相同性情報

symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT2 activity / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / viral capsid / double-stranded RNA binding / molecular adaptor activity / methyltransferase cap1 activity / mRNA 5'-cap (guanine-N7-)-methyltransferase activity / RNA helicase activity / protein dimerization activity / host cell perinuclear region of cytoplasm ...
類似検索 - 分子機能

Flavivirus capsid protein C superfamily / Flavivirus non-structural protein NS2B / Genome polyprotein, Flavivirus / : / Flavivirus non-structural protein NS4A / Flavivirus non-structural protein NS2B / Flavivirus non-structural protein NS4B / mRNA cap 0/1 methyltransferase / Flavivirus non-structural protein NS4B / Flavivirus non-structural protein NS4A ...Flavivirus capsid protein C superfamily / Flavivirus non-structural protein NS2B / Genome polyprotein, Flavivirus / : / Flavivirus non-structural protein NS4A / Flavivirus non-structural protein NS2B / Flavivirus non-structural protein NS4B / mRNA cap 0/1 methyltransferase / Flavivirus non-structural protein NS4B / Flavivirus non-structural protein NS4A / Flavivirus NS2B domain profile. / mRNA cap 0 and cap 1 methyltransferase (EC 2.1.1.56 and EC 2.1.1.57) domain profile. / Flavivirus non-structural protein NS2A / Flavivirus non-structural protein NS2A / Flavivirus NS3, petidase S7 / Peptidase S7, Flavivirus NS3 serine protease / Flavivirus NS3 protease (NS3pro) domain profile. / RNA-directed RNA polymerase, thumb domain, Flavivirus / Flavivirus RNA-directed RNA polymerase, thumb domain / RNA-directed RNA polymerase, flavivirus / Flavivirus RNA-directed RNA polymerase, fingers and palm domains / Flavivirus capsid protein C / Flavivirus capsid protein C / Flavivirus non-structural Protein NS1 / Flavivirus non-structural protein NS1 / Envelope glycoprotein M, flavivirus / Envelope glycoprotein M superfamily, flavivirus / Flavivirus envelope glycoprotein M / Flavivirus polyprotein propeptide / Flavivirus polyprotein propeptide superfamily / Flavivirus polyprotein propeptide / Flavivirus envelope glycoprotein E, stem/anchor domain / : / Flavivirus NS3 helicase, C-terminal helical domain / Flavivirus envelope glycoprotein E, Stem/Anchor domain / Flavivirus envelope glycoprotein E, Stem/Anchor domain superfamily / Flavivirus glycoprotein E, immunoglobulin-like domain / Flavivirus glycoprotein, immunoglobulin-like domain / Flavivirus glycoprotein central and dimerisation domain / Flavivirus glycoprotein, central and dimerisation domains / Flaviviral glycoprotein E, central domain, subdomain 1 / Flaviviral glycoprotein E, central domain, subdomain 2 / Ribosomal RNA methyltransferase, FtsJ domain / FtsJ-like methyltransferase / Flavivirus/Alphavirus glycoprotein, immunoglobulin-like domain superfamily / Flavivirus glycoprotein, central and dimerisation domain superfamily / Flaviviral glycoprotein E, dimerisation domain / DEAD box, Flavivirus / Flavivirus DEAD domain / helicase superfamily c-terminal domain / Immunoglobulin E-set / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Peptidase S1, PA clan / DNA/RNA polymerase superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

Zika virus (ジカ熱ウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.65 Å

データ登録者

Benz, L.S. / Wollenhaupt, J. / Jirgensons, A. / Miletic, T. / Mueller, U. / Weiss, M.S.

資金援助

ドイツ, 1件

引用

ジャーナル: Rsc Med Chem / 年: 2025
タイトル: From fragments to follow-ups: rapid hit expansion by making use of EU-OPENSCREEN resources.
著者: Benz, L.S. / Wollenhaupt, J. / Jirgensons, A. / Miletic, T. / Mueller, U. / Weiss, M.S.

履歴

登録	2025年5月21日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2025年11月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7ib1.cif.gz	223.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7ib1.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7ib1.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	7ib1_validation.pdf.gz	677.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7ib1_full_validation.pdf.gz	678.6 KB	表示
XML形式データ	7ib1_validation.xml.gz	19.2 KB	表示
CIF形式データ	7ib1_validation.cif.gz	25.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ib/7ib1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ib/7ib1	HTTPS FTP

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グループ登録

ID	G_1002347 (18エントリ) 7iaq 7iar 7ias 7iat 7iau 7iav 7iaw 7iax 7iay 7iaz
タイトル	Zika NS2B-NS3 protease vs. ECBL-96
タイプ	changed state
解説	Zika NS2B-NS3 protease in complex with fragments from the ECBL-96 Library.

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関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#103 - 2008年7月デングウイルス (Dengue Virus) 類似性 (41) #197 - 2016年5月ジカウイルス (Zika Virus) 類似性 (41)

登録構造単位

A: NS2B co-factor

B: NS3 protease

C: NS2B co-factor

D: NS3 protease

ヘテロ分子

49.7 kDa, 4 ポリマー
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1

A: NS2B co-factor

B: NS3 protease

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
24.7 kDa, 2 ポリマー
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2

C: NS2B co-factor

D: NS3 protease

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
24.9 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	60.620, 60.620, 214.920
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

#1: タンパク質	NS2B co-factor 分子量: 5865.384 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Zika virus (ジカ熱ウイルス) / 遺伝子: GP1, A2G93_63394gpGP1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A142IX72
#2: タンパク質	NS3 protease 分子量: 18877.396 Da / 分子数: 2 / Mutation: C143S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Zika virus (ジカ熱ウイルス) / 遺伝子: GP1, A2G93_63394gpGP1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A142IX72
#3: 化合物	ChemComp-A1CDT / N-(2-aminoethyl)thiophene-2-carboxamide 分子量: 170.232 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₇H₁₀N₂OS / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 138 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2 Å³/Da / 溶媒含有率: 38.5 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6 詳細: 0.1 M sodium acetate pH 4.6, 0.2 M ammonium sulfate, 24 % (w/v) PEG 2000 Time: 2-3 days

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

BESSY

/ ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9184 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年6月27日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9184 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.65→40.21 Å / Num. obs: 49433 / % possible obs: 100 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.101 / R_rim(I) all: 0.106 / Net I/σ(I): 15.09 / Num. measured all: 549640

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / % possible obs: 100 %

解像度 (Å)	R_merge(I) obs	Num. measured obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	Net I/σ(I) obs
1.65-1.75	1.077	90146	7832	0.698	1.127	1.86
1.75-1.87	0.637	84069	7364	0.865	0.667	3.21
1.87-2.02	0.378	74637	6907	0.951	0.397	5.5
2.02-2.21	0.239	76319	6353	0.982	0.249	9.74
2.21-2.47	0.164	67351	5801	0.992	0.172	14.44
2.47-2.85	0.116	52939	5163	0.995	0.122	19.62
2.85-3.49	0.068	48466	4410	0.999	0.071	34.83
3.49-4.93	0.046	34905	3504	0.999	0.048	47.43

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.20.1_4487: ???)	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.65→40.21 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 18.04 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2069	2099	4.25 %
R_work	0.187	-	-
obs	0.1879	49424	99.97 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.65→40.21 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2893	0	11	138	3042

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.01	2979
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.08	4037
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	6.716	424
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.068	445
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.009	526

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.65-1.69	0.3761	137	0.3163	3086	X-RAY DIFFRACTION	100
1.69-1.73	0.2794	137	0.2789	3101	X-RAY DIFFRACTION	100
1.73-1.78	0.2748	137	0.235	3088	X-RAY DIFFRACTION	100
1.78-1.83	0.225	138	0.2158	3098	X-RAY DIFFRACTION	100
1.83-1.89	0.2656	137	0.2032	3093	X-RAY DIFFRACTION	100
1.89-1.96	0.2252	139	0.2003	3129	X-RAY DIFFRACTION	100
1.96-2.03	0.2267	137	0.1974	3100	X-RAY DIFFRACTION	100
2.03-2.13	0.2558	137	0.2102	3095	X-RAY DIFFRACTION	100
2.13-2.24	0.2062	140	0.175	3155	X-RAY DIFFRACTION	100
2.24-2.38	0.1775	140	0.176	3146	X-RAY DIFFRACTION	100
2.38-2.56	0.212	139	0.1902	3143	X-RAY DIFFRACTION	100
2.56-2.82	0.2283	141	0.1933	3175	X-RAY DIFFRACTION	100
2.82-3.23	0.202	143	0.1912	3206	X-RAY DIFFRACTION	100
3.23-4.07	0.186	144	0.1636	3261	X-RAY DIFFRACTION	100
4.07-40.21	0.1697	153	0.1664	3449	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.4141	-0.6703	-1.2152	2.8215	0.2634	0.4421	0.3129	-0.4432	0.403	0.4736	-0.2952	-0.4049	-0.5983	1.029	-0.0381	0.3062	-0.1856	-0.022	0.5048	0.037	0.2473	27.9737	-34.7399	44.1218
2	1.1357	0.8946	0.0713	1.3479	0.0153	0.3105	-0.0613	0.3176	-0.2665	0.2081	0.325	0.7304	0.1313	-0.2239	-0.3085	0.2291	-0.0234	-0.003	0.2515	0.0475	0.3774	-1.1675	-49.8952	36.6954
3	2.8543	1.1738	0.3915	2.8045	0.3096	3.4622	0.1488	-0.0393	0.342	0.1061	-0.12	0.3842	-0.3289	-0.505	-0.0336	0.1833	0.0199	0.043	0.2236	0.0153	0.2248	4.2379	-39.3133	41.2206
4	2.9512	0.8532	0.3579	3.006	-0.7932	2.6505	0.1374	-0.0257	0.217	0.0972	0.1151	0.4607	-0.1831	-0.6313	-0.2	0.2161	-0.0174	0.0762	0.3861	0.0304	0.2517	1.8055	-43.4054	48.5132
5	2.3009	0.263	-0.1225	1.0315	-0.249	2.052	-0.0427	0.1115	-0.1039	-0.0191	-0.0569	-0.0129	0.1576	0.0617	0.0653	0.1461	-0.0062	0.013	0.1536	0.0139	0.18	13.942	-46.3435	36.6027
6	2.8703	1.8242	-0.3939	2.8165	0.3385	3.1767	-0.1032	0.1522	0.0066	-0.1163	0.0212	-0.1831	0.0306	0.3241	0.1443	0.1662	0.0406	0.0137	0.2964	0.0515	0.1989	23.2455	-43.2728	30.0409
7	1.2839	0.2694	-0.721	2.1683	-0.3771	2.877	0.0153	0.0986	-0.0466	0.1071	-0.1223	-0.0026	0.0228	0.2715	0.0744	0.1376	-0.0028	-0.0018	0.2049	0.0341	0.1743	18.6708	-42.8242	34.5514
8	3.1958	1.4407	-0.6464	7.1134	-2.1377	3.3645	-0.0367	0.0081	-0.2256	0.1105	-0.1922	-0.5789	-0.12	0.3065	0.2403	0.1581	0.0037	-0.0132	0.2106	0.0344	0.1603	21.4799	-39.9943	36.7853
9	2.3136	0.1291	-0.3194	3.4482	1.614	4.5602	0.0411	-0.0933	-0.0952	-0.0799	-0.1532	0.5649	0.1141	-0.6453	0.0847	0.1096	-0.0092	-0.0157	0.2516	0.0472	0.2536	4.7614	-19.9954	19.279
10	5.1067	-3.1671	0.6733	2.2009	-0.3429	0.9987	-0.4469	-1.6175	-0.3998	0.7654	0.6292	0.5812	0.0577	-0.6274	-0.0011	0.2736	0.008	0.063	0.5948	-0.0133	0.3138	20.1445	-13.2042	32.1072
11	3.2662	-0.5871	0.9908	0.4365	0.3894	4.1305	0.2937	0.2396	-0.2936	-0.2419	0.0224	-0.3249	0.1501	0.5168	-0.314	0.2735	0.0705	-0.0408	0.2304	-0.0152	0.2446	33.1435	-23.7706	13.1127
12	3.5266	-0.6636	-0.4712	4.2727	-0.4265	3.245	-0.0008	-0.0797	-0.2592	0.1286	0.1435	0.5242	0.0648	-0.3977	-0.0019	0.137	-0.0064	-0.0034	0.2318	0.0245	0.1926	6.8338	-21.0881	17.929
13	2.835	-0.4392	-0.4301	1.723	-0.5816	2.9493	0.0898	0.2917	-0.1205	-0.1414	-0.0258	0.1507	0.0731	-0.42	-0.0101	0.1573	0.0147	-0.0256	0.2196	0.0095	0.1602	10.2981	-19.3048	7.893
14	3.9823	0.0501	0.0035	1.0858	0.1628	1.4296	0.0502	-0.2752	0.1915	0.088	-0.0936	-0.0607	-0.0826	0.133	-0.0049	0.1591	0.0219	0.0116	0.1401	-0.0034	0.1633	18.8679	-13.9892	20.5456
15	2.5468	-0.9609	-0.1272	2.034	0.7096	3.0358	-0.0261	-0.4774	0.0619	0.0624	0.0669	-0.0784	-0.1036	0.26	0.0738	0.1536	-0.0021	-0.0294	0.202	0.0155	0.1915	28.522	-17.2193	22.8916
16	2.7273	0.7224	0.6738	1.3803	0.2165	0.5154	0.0221	0.0331	-0.1566	0.0045	-0.0754	-0.1812	-0.0772	0.1128	0.0477	0.1767	-0.0179	-0.014	0.2116	0.0517	0.2019	25.3981	-21.5688	18.0224
17	3.2342	-0.2697	-0.0891	4.0864	0.8768	2.9534	0.1482	-0.2	0.1967	0.1161	-0.0077	-0.0869	0.0211	0.0287	-0.1287	0.1436	-0.019	-0.012	0.1777	0.0263	0.1715	23.4563	-16.7736	17.6779
18	6.5285	0.6572	1.4481	6.5521	-2.2724	1.8356	-0.1276	-0.756	0.9066	0.9231	0.247	0.4173	-0.7206	-0.9034	-0.1085	0.3205	0.1568	0.0863	0.5458	-0.0252	0.4707	-1.9424	-36.5458	43.5022
19	4.1253	0.7029	-0.197	2.0396	-1.5929	1.2748	-0.2415	0.941	-0.0514	-0.5065	0.1322	0.0729	0.0267	-0.0806	-0.0437	0.3021	-0.0865	-0.0499	0.4481	0.0042	0.2445	9.6799	-47.1494	24.3598
20	5.8856	4.7426	1.8308	6.0649	1.4822	1.8267	0.3097	0.473	0.1066	0.5233	-0.5536	-0.8006	0.4251	0.4239	0.4628	0.2652	-0.0196	0.034	0.3039	0.0681	0.3719	30.0264	-40.2095	28.6735

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'C' and (resid 74 through 88 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'D' and (resid 14 through 26 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'D' and (resid 27 through 53 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'D' and (resid 54 through 71 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'D' and (resid 72 through 106 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'D' and (resid 107 through 118 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'D' and (resid 119 through 155 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'D' and (resid 156 through 170 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 50 through 59 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'A' and (resid 60 through 69 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'A' and (resid 70 through 87 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 18 through 42 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 43 through 79 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 80 through 106 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 107 through 118 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'B' and (resid 119 through 137 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'B' and (resid 138 through 170 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'C' and (resid 49 through 53 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'C' and (resid 54 through 68 )
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'C' and (resid 69 through 73 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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