PDB-7ias: Crystal structure of Zika NS2B-NS3 protease in complex with fragm...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7ias

タイトル

Crystal structure of Zika NS2B-NS3 protease in complex with fragment EOS102659 from ECBL-96

要素

NS2B co-factor
NS3 protease

キーワード

VIRAL PROTEIN / crystallographic fragment screening / NS2B-NS3 Zika protease / ECBL-96 fragment library

機能・相同性

機能・相同性情報

symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT2 activity / viral capsid / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / double-stranded RNA binding / molecular adaptor activity / methyltransferase cap1 activity / mRNA 5'-cap (guanine-N7-)-methyltransferase activity / RNA helicase activity / protein dimerization activity / symbiont-mediated suppression of host innate immune response ...
類似検索 - 分子機能

Flavivirus capsid protein C superfamily / Flavivirus non-structural protein NS2B / Genome polyprotein, Flavivirus / : / Flavivirus non-structural protein NS4A / Flavivirus non-structural protein NS2B / Flavivirus non-structural protein NS4B / mRNA cap 0/1 methyltransferase / Flavivirus non-structural protein NS4B / Flavivirus non-structural protein NS4A ...Flavivirus capsid protein C superfamily / Flavivirus non-structural protein NS2B / Genome polyprotein, Flavivirus / : / Flavivirus non-structural protein NS4A / Flavivirus non-structural protein NS2B / Flavivirus non-structural protein NS4B / mRNA cap 0/1 methyltransferase / Flavivirus non-structural protein NS4B / Flavivirus non-structural protein NS4A / Flavivirus NS2B domain profile. / mRNA cap 0 and cap 1 methyltransferase (EC 2.1.1.56 and EC 2.1.1.57) domain profile. / Flavivirus non-structural protein NS2A / Flavivirus non-structural protein NS2A / Flavivirus NS3, petidase S7 / Peptidase S7, Flavivirus NS3 serine protease / Flavivirus NS3 protease (NS3pro) domain profile. / RNA-directed RNA polymerase, thumb domain, Flavivirus / Flavivirus RNA-directed RNA polymerase, thumb domain / RNA-directed RNA polymerase, flavivirus / Flavivirus RNA-directed RNA polymerase, fingers and palm domains / Flavivirus capsid protein C / Flavivirus capsid protein C / Flavivirus non-structural Protein NS1 / Flavivirus non-structural protein NS1 / Envelope glycoprotein M superfamily, flavivirus / Envelope glycoprotein M, flavivirus / Flavivirus polyprotein propeptide superfamily / Flavivirus envelope glycoprotein M / Flavivirus polyprotein propeptide / Flavivirus polyprotein propeptide / : / Flavivirus NS3 helicase, C-terminal helical domain / Flavivirus envelope glycoprotein E, Stem/Anchor domain superfamily / Flavivirus envelope glycoprotein E, stem/anchor domain / Flavivirus envelope glycoprotein E, Stem/Anchor domain / Flaviviral glycoprotein E, central domain, subdomain 1 / Flaviviral glycoprotein E, central domain, subdomain 2 / Flavivirus glycoprotein E, immunoglobulin-like domain / Flavivirus glycoprotein, immunoglobulin-like domain / Flavivirus glycoprotein central and dimerisation domain / Flavivirus glycoprotein, central and dimerisation domains / Ribosomal RNA methyltransferase, FtsJ domain / FtsJ-like methyltransferase / Flavivirus/Alphavirus glycoprotein, immunoglobulin-like domain superfamily / Flavivirus glycoprotein, central and dimerisation domain superfamily / Flaviviral glycoprotein E, dimerisation domain / DEAD box, Flavivirus / Flavivirus DEAD domain / helicase superfamily c-terminal domain / Immunoglobulin E-set / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Peptidase S1, PA clan / DNA/RNA polymerase superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

Zika virus (ジカ熱ウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.54 Å

データ登録者

Benz, L.S. / Wollenhaupt, J. / Jirgensons, A. / Miletic, T. / Mueller, U. / Weiss, M.S.

資金援助

ドイツ, 1件

引用

ジャーナル: Rsc Med Chem / 年: 2025
タイトル: From fragments to follow-ups: rapid hit expansion by making use of EU-OPENSCREEN resources.
著者: Benz, L.S. / Wollenhaupt, J. / Jirgensons, A. / Miletic, T. / Mueller, U. / Weiss, M.S.

履歴

登録	2025年5月21日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2025年11月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2025年12月31日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7ias.cif.gz	227.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7ias.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7ias.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ia/7ias ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ia/7ias	HTTPS FTP

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グループ登録

ID	G_1002347 (18エントリ) 7iaq 7iar 7ias 7iat 7iau 7iav 7iaw 7iax 7iay 7iaz
タイトル	Zika NS2B-NS3 protease vs. ECBL-96
タイプ	changed state
解説	Zika NS2B-NS3 protease in complex with fragments from the ECBL-96 Library.

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関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#103 - 2008年7月デングウイルス (Dengue Virus) 類似性 (41) #197 - 2016年5月ジカウイルス (Zika Virus) 類似性 (41)

登録構造単位

A: NS2B co-factor

B: NS3 protease

C: NS2B co-factor

D: NS3 protease

ヘテロ分子

49.6 kDa, 4 ポリマー
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1

A: NS2B co-factor

B: NS3 protease

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
24.7 kDa, 2 ポリマー
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2

C: NS2B co-factor

D: NS3 protease

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
24.9 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	60.310, 60.310, 214.450
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

#1: タンパク質	NS2B co-factor 分子量: 5865.384 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Zika virus (ジカ熱ウイルス) / 遺伝子: GP1, A2G93_63394gpGP1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A142IX72
#2: タンパク質	NS3 protease 分子量: 18877.396 Da / 分子数: 2 / Mutation: C143S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Zika virus (ジカ熱ウイルス) / 遺伝子: GP1, A2G93_63394gpGP1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A142IX72
#3: 化合物	ChemComp-A1CD0 / 5-methylfuran-2-carboxamide 分子量: 125.125 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₇NO₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 158 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.97 Å³/Da / 溶媒含有率: 37.73 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6 詳細: 0.1 M sodium acetate pH 4.6, 0.2 M ammonium sulfate, 24 % (w/v) PEG 2000 Time: 2-3 days

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

BESSY

/ ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9184 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年6月27日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9184 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.54→34.95 Å / Num. obs: 59519 / % possible obs: 99.5 % / CC_1/2: 1 / R_merge(I) obs: 0.079 / R_rim(I) all: 0.083 / Net I/σ(I): 17.45 / Num. measured all: 673084

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	最高解像度 (Å)	% possible obs (%)	R_merge(I) obs	Num. measured obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	Net I/σ(I) obs
1.54-1.63		98.8	1.624	109681	9379	0.65	1.697	1.47
1.63-1.75		99.1	0.929	98094	8852	0.812	0.973	2.42
1.75-1.89		99.3	0.507	99728	8314	0.943	0.529	4.7
1.89-2.06		99.6	0.266	89784	7659	0.986	0.278	8.94
2.06-2.31		99.8	0.151	78349	7005	0.995	0.158	15.58
2.31-2.66		99.9	0.103	73495	6245	0.997	0.107	23.83
2.66-3.26		99.9	0.059	54847	5322	0.999	0.062	39.13
3.26-4.6		100	0.036	44830	4229	0.999	0.038	62.24
	4.6	99.4	0.028	24276	2514	1	0.03	66.26

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.20.1_4487: ???)	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.54→34.95 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 20.12 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2104	2099	3.53 %
R_work	0.1845	-	-
obs	0.1854	59508	99.46 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.54→34.95 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2933	0	9	158	3100

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.01	3019
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.053	4094
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	6.465	426
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.066	453
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.009	533

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.54-1.58	0.2866	136	0.2726	3724	X-RAY DIFFRACTION	99
1.58-1.61	0.2955	136	0.2641	3717	X-RAY DIFFRACTION	99
1.61-1.66	0.2797	137	0.2574	3734	X-RAY DIFFRACTION	99
1.66-1.71	0.2838	137	0.2439	3765	X-RAY DIFFRACTION	99
1.71-1.76	0.2665	137	0.221	3734	X-RAY DIFFRACTION	99
1.76-1.83	0.2197	139	0.1992	3794	X-RAY DIFFRACTION	99
1.83-1.9	0.2053	137	0.1849	3767	X-RAY DIFFRACTION	99
1.9-1.99	0.2138	139	0.177	3777	X-RAY DIFFRACTION	100
1.99-2.09	0.1876	139	0.1817	3820	X-RAY DIFFRACTION	100
2.09-2.22	0.2011	140	0.1772	3826	X-RAY DIFFRACTION	100
2.22-2.39	0.2047	140	0.1706	3833	X-RAY DIFFRACTION	100
2.39-2.63	0.2395	142	0.1921	3878	X-RAY DIFFRACTION	100
2.63-3.01	0.2119	143	0.1905	3903	X-RAY DIFFRACTION	100
3.01-3.8	0.185	144	0.1774	3943	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8-34.95	0.2026	153	0.1669	4194	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.8593	1.3829	-0.9666	4.5918	0.7842	4.8374	0.1848	-0.0514	0.0188	0.0094	-0.2324	-0.2151	-0.2554	0.4487	-0.0466	0.1264	-0.0264	-0.0066	0.3185	0.0884	0.2323	26.1201	-37.3657	35.9613
2	3.5182	1.2181	0.0389	0.5956	-0.6982	2.4404	0.1948	-0.0205	0.2562	0.4802	-0.1167	0.7938	-0.2958	-0.4143	-0.0616	0.2444	0.0615	0.0764	0.3403	0.0279	0.372	-2.329	-42.4093	38.0315
3	3.4449	0.9095	-1.049	4.6976	0.0644	3.0315	0.1512	-0.0169	0.1788	0.1298	-0.0195	0.388	-0.0849	-0.6363	-0.0972	0.1718	-0.0098	0.0203	0.269	0.024	0.1817	4.6717	-42.2841	42.586
4	1.8786	0.4688	-0.444	0.9409	-0.6151	4.2014	-0.0253	-0.0335	-0.1023	0.0702	-0.022	0.0178	0.1431	-0.0545	0.0468	0.1379	-0.017	0.0056	0.1688	0.0108	0.2079	11.9683	-45.9894	39.5714
5	7.0547	4.2215	2.2156	4.4309	3.2386	7.937	0.0498	0.3882	-0.3314	-0.1039	0.1255	-0.2529	0.1171	0.5277	-0.1381	0.1392	0.0223	0.0394	0.1725	0.0728	0.1797	23.1996	-43.0612	29.9469
6	3.0053	0.3296	-0.4134	3.934	-0.2024	3.2606	-0.0131	0.0674	-0.0708	0.0981	-0.0364	-0.0436	0.0204	0.2062	0.0069	0.1232	-0.0028	0.0061	0.1985	0.0308	0.1525	18.6296	-42.6199	34.4348
7	4.3714	2.3979	-2.608	7.6103	-3.9508	6.1388	0.0103	-0.1965	-0.2978	0.0958	-0.2589	-0.2483	0.0254	0.4296	0.282	0.1076	0.0205	-0.0174	0.207	0.0288	0.1407	21.0033	-41.1341	37.5069
8	2.6037	2.8442	2.1116	5.8986	5.9803	9.1471	-0.0492	-0.0571	-0.3824	-0.0694	-0.2529	0.6317	0.2159	-0.6839	0.3338	0.1385	-0.0067	0.0095	0.2598	0.0249	0.3603	3.7958	-21.91	17.7246
9	2.4621	-3.1306	2.5335	4.7912	-4.3265	4.1286	-0.3266	-1.202	0.3396	0.6129	0.3039	0.1093	-0.4942	-0.7693	-0.2481	0.238	0.0457	0.0643	0.5191	-0.1222	0.3858	16.1449	-9.5004	29.2412
10	4.5283	-0.9534	0.7016	3.5531	0.9699	6.9205	0.1897	-0.0895	-0.1401	0.0885	-0.0703	-0.1709	0.0348	0.3343	-0.1486	0.1852	-0.0021	-0.0275	0.1808	0.0431	0.2441	31.5415	-22.5739	17.3967
11	2.6057	0.0729	-0.7668	4.5257	-0.4054	4.051	0.0443	0.0392	-0.2562	0.0652	-0.0362	0.4404	0.0513	-0.404	-0.0868	0.1182	0.0023	-0.0191	0.1783	0.0028	0.17	8.5416	-20.748	15.2544
12	2.1406	1.0937	-3.2863	3.9418	-1.5734	6.2902	-0.0451	0.5173	-0.2366	-0.0754	0.0521	0.493	0.2757	-0.9935	-0.0262	0.2305	-0.0213	-0.0579	0.3814	0.0039	0.2658	5.3102	-19.6754	6.6539
13	3.7251	-0.4188	1.7775	0.7941	0.1574	3.7798	0.0334	0.0944	0.3027	-0.0709	-0.1059	-0.011	-0.2477	0.0034	0.0909	0.1908	0.0023	0.0162	0.1682	0.0549	0.1902	19.586	-12.9065	11.2396
14	4.7296	4.9754	0.3236	5.7534	0.6211	1.196	0.1977	-0.8458	-0.0642	0.3325	-0.2618	0.2859	0.2463	0.1078	0.0384	0.2687	0.0567	0.0161	0.3603	0.0256	0.2511	15.9869	-19.6051	27.336
15	7.334	-0.4344	-0.6512	3.9317	1.8083	6.5835	0.0705	-0.576	0.1207	0.0826	0.0562	-0.2538	-0.1848	0.427	-0.1086	0.1584	0.0095	-0.0585	0.1616	0.0407	0.1456	28.3315	-17.1649	22.7912
16	3.7646	0.0284	1.759	3.1883	0.0196	0.8138	0.0338	0.0828	-0.3439	-0.0393	-0.1249	-0.2333	-0.0465	0.1665	0.1189	0.1744	-0.0152	-0.0127	0.2073	0.036	0.1696	25.2598	-21.4714	17.9535
17	3.1022	2.7711	3.5216	4.395	4.1377	4.5227	0.1408	-0.5106	0.8754	0.201	-0.2045	-0.4923	-0.7729	0.0188	0.0877	0.293	-0.0169	0.0279	0.262	-0.038	0.3341	20.2236	-8.6238	22.5733
18	7.9366	-1.919	0.3804	4.5702	1.4792	4.5852	0.0531	0.0641	-0.1336	0.0649	0.0435	-0.0244	0.121	0.1781	-0.0598	0.1417	-0.0195	-0.015	0.1709	0.0109	0.1193	24.426	-19.7033	15.7925
19	5.2999	-2.6779	-2.6215	6.8275	2.1243	5.4486	-0.1198	0.0661	0.1368	0.0439	0.3197	0.2914	-0.0262	-0.289	-0.1482	0.1296	-0.0211	-0.0381	0.3594	0.0633	0.2515	3.5341	-44.1173	32.5612

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'C' and (resid 64 through 88 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'D' and (resid 13 through 34 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'D' and (resid 35 through 62 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'D' and (resid 63 through 106 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'D' and (resid 107 through 118 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'D' and (resid 119 through 155 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'D' and (resid 156 through 171 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 49 through 58 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 59 through 63 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'A' and (resid 64 through 88 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 18 through 53 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 54 through 71 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 72 through 93 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 94 through 106 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 107 through 118 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'B' and (resid 119 through 137 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'B' and (resid 138 through 145 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'B' and (resid 146 through 170 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'C' and (resid 49 through 63 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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