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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7fjr | ||||||
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タイトル | Structure of a mutant of OspA | ||||||
要素 | Outer surface protein A | ||||||
キーワード | LIPOPROTEIN / Outer surface protein A / OspA / LIPID BINDING PROTEIN | ||||||
機能・相同性 | Outer surface lipoprotein, Borrelia / Outer surface lipoprotein domain superfamily / Borrelia lipoprotein / cell outer membrane / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / cell surface / membrane / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Outer surface protein A 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Borreliella burgdorferi (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å | ||||||
データ登録者 | Shiga, S. / Makabe, K. | ||||||
資金援助 | 1件
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引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2024 タイトル: beta-Strand-mediated Domain-swapping in the Absence of Hydrophobic Core Repacking. 著者: Kiya, M. / Shiga, S. / Ding, P. / Koide, S. / Makabe, K. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7fjr.cif.gz | 122.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7fjr.ent.gz | 79.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7fjr.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7fjr_validation.pdf.gz | 445.9 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7fjr_full_validation.pdf.gz | 451 KB | 表示 | |
XML形式データ | 7fjr_validation.xml.gz | 11.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7fjr_validation.cif.gz | 14 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fj/7fjr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fj/7fjr | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 25609.604 Da / 分子数: 1 変異: E37S, E45S, K46S, K48A, K60A, K64S, K83A, E104S, K107S, Deletion 117-119, insertion GG, Deletion 124-127, Deletion 130-133, insertion CTC, K239S, E240S, K254S 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Borreliella burgdorferi (バクテリア) 遺伝子: ospA, BB_A15 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P0CL66 | ||||
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#2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.78 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.5 % |
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結晶化 | 温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: Protein: 16.0 mg/mL, 35% Polyethylene glycol 400, 0.1 M Tris-HCl |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-5A / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年5月12日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.6→19.69 Å / Num. obs: 12935 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 17.7 % / Biso Wilson estimate: 53.83 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.053 / Net I/σ(I): 49.3 |
反射 シェル | 解像度: 2.6→2.69 Å / Rmerge(I) obs: 0.344 / Mean I/σ(I) obs: 9.2 / Num. unique obs: 1237 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 2G8C 解像度: 2.6→19.69 Å / SU ML: 0.2915 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.52 / 位相誤差: 24.9754 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 60.91 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.6→19.69 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: -46.5413778286 Å / Origin y: -16.2906310331 Å / Origin z: 36.3276017197 Å
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精密化 TLSグループ | Selection details: all |