[日本語] English
万見
- PDB-7fhd: Structure of prenyltransferase mutant Y288P from Streptomyces sp.... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7fhd
タイトルStructure of prenyltransferase mutant Y288P from Streptomyces sp. (strain CL190)
要素Prenyltransferase
キーワードTRANSFERASE / PT-barrel
機能・相同性Aromatic prenyltransferase, CloQ-type / Prenyltransferase-like superfamily / Aromatic prenyltransferase Orf2 / Aromatic prenyltransferase / prenyltransferase activity / metal ion binding / Prenyltransferase
機能・相同性情報
生物種Streptomyces sp. (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Xue, B. / Lim, K.J.H. / Hartono, Y.D. / Go, M.D.K. / Fan, H. / Yew, W.S.
資金援助 シンガポール, 1件
組織認可番号国
National Research Foundation (NRF, Singapore) シンガポール
引用ジャーナル: Acs Catalysis / 年: 2022
タイトル: Structure-Guided Engineering of Prenyltransferase NphB for High-Yield and Regioselective Cannabinoid Production.
著者: Lim, K.J.H. / Hartono, Y.D. / Xue, B. / Go, M.K. / Fan, H. / Yew, W.S.
履歴
登録2021年7月29日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年6月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Prenyltransferase
B: Prenyltransferase
C: Prenyltransferase
D: Prenyltransferase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)135,4654
ポリマ－135,4654
非ポリマー00
水00
1
A: Prenyltransferase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,8661
ポリマ－33,8661
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Prenyltransferase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,8661
ポリマ－33,8661
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Prenyltransferase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,8661
ポリマ－33,8661
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Prenyltransferase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,8661
ポリマ－33,8661
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)44.2860, 75.1620, 87.6050
Angle α, β, γ (deg.)89.9390, 89.9030, 89.9960
Int Tables number1
Space group name H-MP1
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 3 through 41 or resid 46 through 290))
21(chain B and resid 3 through 290)
31(chain C and (resid 3 through 41 or resid 46 through 290))
41(chain D and (resid 3 through 41 or resid 46 through 290))

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11GLUGLULEULEU(chain A and (resid 3 through 41 or resid 46 through 290))AA3 - 415 - 43
12SERSERHISHIS(chain A and (resid 3 through 41 or resid 46 through 290))AA46 - 29048 - 292
21GLUGLUHISHIS(chain B and resid 3 through 290)BB3 - 2905 - 292
31GLUGLULEULEU(chain C and (resid 3 through 41 or resid 46 through 290))CC3 - 415 - 43
32SERSERHISHIS(chain C and (resid 3 through 41 or resid 46 through 290))CC46 - 29048 - 292
41GLUGLULEULEU(chain D and (resid 3 through 41 or resid 46 through 290))DD3 - 415 - 43
42SERSERHISHIS(chain D and (resid 3 through 41 or resid 46 through 290))DD46 - 29048 - 292

-
要素

#1: タンパク質
Prenyltransferase


分子量: 33866.305 Da / 分子数: 4 / 変異: Y288P / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces sp. (strain CL190) (バクテリア)
株: CL190 / プラスミド: pSY5CDF / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q4R2T2

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.85 % / Mosaicity: 0.46 °
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6
詳細: 6% v/v Tacsimate pH 6.0, 0.1 M MES monohydrate pH 6.0, 25% w/v PEG 4,000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.95373 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年12月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.95373 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.5→29.2 Å / Num. obs: 13654 / % possible obs: 95.8 % / 冗長度: 2.1 % / Biso Wilson estimate: 41.3 Å2 / CC1/2: 0.914 / Rmerge(I) obs: 0.262 / Rpim(I) all: 0.211 / Rrim(I) all: 0.339 / Net I/σ(I): 2.2 / Num. measured all: 29344
反射 シェル解像度: 3.5→3.83 Å / 冗長度: 2.2 % / Rmerge(I) obs: 0.446 / Num. unique obs: 3344 / CC1/2: 0.797 / Rpim(I) all: 0.362 / Rrim(I) all: 0.578 / % possible all: 97.7

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation3.2 Å29.2 Å
Translation3.2 Å29.2 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.7.4データスケーリング
PHASER2.8.3位相決定
PHENIX1.19.1_4122精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1ZB6

1zb6


解像度: 3.5→29.2 Å / SU ML: 0.59 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 30.86 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.313 764 5.6 %
Rwork0.2426 12881 -
obs0.2466 13645 95.9 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 102.03 Å2 / Biso mean: 29.0734 Å2 / Biso min: 3.02 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.5→29.2 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8673 0 0 0 8673
残基数----1121
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A5238X-RAY DIFFRACTION11.761TORSIONAL
12B5238X-RAY DIFFRACTION11.761TORSIONAL
13C5238X-RAY DIFFRACTION11.761TORSIONAL
14D5238X-RAY DIFFRACTION11.761TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 5

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
3.5-3.770.29261530.24042645279898
3.77-4.150.36021480.24662617276597
4.15-4.750.2871990.23972475267495
4.75-5.970.29721500.26142544269495
5.97-29.20.34991140.22822600271495

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る