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- PDB-7fgn: The crystal structure of the FAF1 UBL1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7fgn
タイトルThe crystal structure of the FAF1 UBL1
要素FAS-associated factor 1
キーワードCHAPERONE
機能・相同性
機能・相同性情報


ooplasm / positive regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / CD95 death-inducing signaling complex / cytoplasmic sequestering of NF-kappaB / VCP-NPL4-UFD1 AAA ATPase complex / protein kinase regulator activity / positive regulation of DNA replication / regulation of protein catabolic process / NF-kappaB binding / regulation of cell adhesion ...ooplasm / positive regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / CD95 death-inducing signaling complex / cytoplasmic sequestering of NF-kappaB / VCP-NPL4-UFD1 AAA ATPase complex / protein kinase regulator activity / positive regulation of DNA replication / regulation of protein catabolic process / NF-kappaB binding / regulation of cell adhesion / ERAD pathway / heat shock protein binding / ubiquitin binding / positive regulation of protein-containing complex assembly / positive regulation of protein catabolic process / nuclear envelope / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / protein domain specific binding / positive regulation of apoptotic process / ubiquitin protein ligase binding / protein kinase binding / apoptotic process / perinuclear region of cytoplasm / endoplasmic reticulum / nucleoplasm / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / Fas-associated factor 1 / FAS-associated factor 1-like, UBX domain / FAF1, UBA-like domain / : / UAS / UAS / Domain present in ubiquitin-regulatory proteins / UBX domain / UBX domain ...: / Fas-associated factor 1 / FAS-associated factor 1-like, UBX domain / FAF1, UBA-like domain / : / UAS / UAS / Domain present in ubiquitin-regulatory proteins / UBX domain / UBX domain / UBX domain profile. / UBA-like domain / Thioredoxin-like superfamily / Ubiquitin-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
FAS-associated factor 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.199 Å
データ登録者Kim, E.E. / ParK, J.K. / Shin, S.C.
引用ジャーナル: J Mol Cell Biol / 年: 2022
タイトル: The complex of Fas-associated factor 1 with Hsp70 stabilizes the adherens junction integrity by suppressing RhoA activation
著者: Song, S. / Park, J.K. / Shin, S.C. / Lee, J.J. / Hong, S.K. / Song, I.K. / Kim, B. / Song, E.J. / Lee, K.J. / Kim, E.E.
履歴
登録2021年7月27日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年7月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年8月9日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年5月29日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: FAS-associated factor 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,9091
ポリマ－8,9091
非ポリマー00
水2,126118
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area4890 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)65.028, 65.028, 33.563
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number94
Space group name H-MP42212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-202-

HOH

21A-316-

HOH

31A-317-

HOH

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要素

#1: タンパク質 FAS-associated factor 1 / hFAF1 / UBX domain-containing protein 12 / UBX domain-containing protein 3A


分子量: 8909.203 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FAF1, UBXD12, UBXN3A, CGI-03 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9UNN5
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 118 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.23 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 50 mM Bis-Tris pH 6.5 50 mM (NH4)2SO4 30 % v/v pentaerythritol ethoxylate

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データ収集

回折平均測定温度: 298 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 5C (4A) / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2013年1月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.199→50 Å / Num. obs: 23078 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 12.2 % / Rmerge(I) obs: 0.05 / Χ2: 0.951 / Net I/σ(I): 19.9
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsΧ2Diffraction-ID% possible all
1.2-1.249.30.21622560.567199.6
1.24-1.299.80.17922610.594199.9
1.29-1.3510.40.15722630.634199.8
1.35-1.4211.20.12222590.665199.6
1.42-1.51120.09622910.733199.9
1.51-1.63130.07822930.827199.7
1.63-1.7913.60.06422950.9671100
1.79-2.0514.20.05423141.256199.9
2.05-2.5914.60.04723741.377199.9
2.59-1013.60.04124721.362198.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データスケーリング
PHENIX1.16_3549精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
HKL-2000データ削減
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.199→29.825 Å / SU ML: 0.12 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.51 / 位相誤差: 23.04 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2455 1184 5.14 %
Rwork0.2221 21868 -
obs0.2232 23052 99.62 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 34.95 Å2 / Biso mean: 14.6011 Å2 / Biso min: 3.9 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.199→29.825 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数601 0 0 118 719
Biso mean---20.49 -
残基数----75
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.199-1.25330.26491260.2612265999
1.2533-1.31940.27331460.25662671100
1.3194-1.40210.26351590.24682694100
1.4021-1.51030.26441760.23692678100
1.5103-1.66230.23091460.22442710100
1.6623-1.90280.23541530.21732745100
1.9028-2.39720.26461410.21832791100
2.3972-100.22771370.2098292099

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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