+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7fg8 | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | H/D exchanged Hen egg-white lysozyme denatured in acidic conditions and refolded in solution | ||||||
![]() | Lysozyme C | ||||||
![]() | HYDROLASE / H/D exchange / denatured and refolded | ||||||
機能・相同性 | ![]() Lactose synthesis / Antimicrobial peptides / Neutrophil degranulation / beta-N-acetylglucosaminidase activity / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity / defense response to Gram-negative bacterium / killing of cells of another organism / defense response to Gram-positive bacterium ...Lactose synthesis / Antimicrobial peptides / Neutrophil degranulation / beta-N-acetylglucosaminidase activity / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity / defense response to Gram-negative bacterium / killing of cells of another organism / defense response to Gram-positive bacterium / defense response to bacterium / endoplasmic reticulum / extracellular space / identical protein binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Kita, A. / Morimoto, Y. | ||||||
資金援助 | ![]()
| ||||||
![]() | ![]() タイトル: Hydrogen/Deuterium Exchange Behavior During Denaturing/Refolding Processes Determined in Tetragonal Hen Egg-White Lysozyme Crystals. 著者: Kita, A. / Morimoto, Y. | ||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 73.7 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 51.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 368.8 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | ![]() | 368.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 4.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 7.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
| ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||||||
単位格子 |
| ||||||||||||
Components on special symmetry positions |
|
-
要素
#1: タンパク質 | 分子量: 14331.160 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
---|---|
#2: 化合物 | ChemComp-CL / |
#3: 化合物 | ChemComp-NA / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
-実験情報
-実験
実験 |
|
---|
-
試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.66 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: NACL, SODIUM ACETATE-D3, ACETIC ACID-D4 |
-データ収集
回折 |
| ||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
放射光源 |
| ||||||||||||||||||
検出器 |
| ||||||||||||||||||
放射 |
| ||||||||||||||||||
放射波長 |
| ||||||||||||||||||
反射 | Biso Wilson estimate: 23.63 Å2 / Entry-ID: 7FG8 / 解像度: 2→100 Å
| ||||||||||||||||||
反射 シェル |
|
-
解析
ソフトウェア |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | SU ML: 0.1657 / 交差検証法: FREE R-VALUE / 構造決定の手法:
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→39.59 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル |
|