PDB-7ffp: Crystal structure of di-peptidase-E from Xenopus laevis

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7ffp

タイトル

Crystal structure of di-peptidase-E from Xenopus laevis

要素

Alpha-aspartyl dipeptidase

キーワード

HYDROLASE / Peptidase-E / Aspartyl dipeptidase / Alpha-aspartyl dipeptidase

機能・相同性

機能・相同性情報

dipeptidase E / dipeptidase activity / serine-type peptidase activity / proteolysis / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Xenopus laevis (アフリカツメガエル)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Kumar, A. / Singh, R. / Makde, R.D.

引用

ジャーナル: Proteins / 年: 2022
タイトル: Crystal structure of aspartyl dipeptidase from Xenopus laevis revealed ligand binding induced loop ordering and catalytic triad assembly.
著者: Kumar, A. / Singh, R. / Ghosh, B. / Makde, R.D.

履歴

登録	2021年7月23日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
置き換え	2021年9月8日	ID: 7C9D
改定 1.0	2021年9月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年2月16日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2023年11月29日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7ffp.cif.gz	114.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7ffp.ent.gz	86.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7ffp.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7ffp_validation.pdf.gz	726.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7ffp_full_validation.pdf.gz	727 KB	表示
XML形式データ	7ffp_validation.xml.gz	13 KB	表示
CIF形式データ	7ffp_validation.cif.gz	18.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ff/7ffp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ff/7ffp	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7c9bC 6a4sS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	1vpa-d 6a4r-d 3bk0-d 2z0j-4 2qcc-d 6sxr-d 2jgy-d 3dbp-d 6sxt-d 2xmh-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#171 - 2014年3月神経伝達物質輸送体 (Neurotransmitter Transporters) 類似性 (1) #215 - 2017年11月アスパラギン酸カルバモイル転移酵素 (Aspartate Transcarbamoylase) 類似性 (1) #57 - 2004年9月カタラーゼ (Catalase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Alpha-aspartyl dipeptidase

ヘテロ分子

27.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Alpha-aspartyl dipeptidase

ヘテロ分子

A: Alpha-aspartyl dipeptidase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration, Protein is eluted between monomeric and dimeric peak
54.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	82.666, 42.150, 75.680
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 118.240, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-549- HOH

#1: タンパク質	Alpha-aspartyl dipeptidase / Asp-specific dipeptidase / Dipeptidase E 分子量: 26990.814 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Xenopus laevis (アフリカツメガエル) 遺伝子: aad-a / プラスミド: pST50Tr / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): pLysS / 参照: UniProt: Q91642, dipeptidase E
#2: 化合物	ChemComp-ASP / ASPARTIC ACID / アスパラギン酸タイプ: L-peptide linking / 分子量: 133.103 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₇NO₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 191 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.15 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.84 % / Mosaicity: 0.25 °
結晶化	温度: 294 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 7 詳細: 50 mM Bis-Tris, 200 mM NaNO3, 10 mM CaCl2, 30% PEG 3350

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

RRCAT INDUS-2

/ ビームライン: PX-BL21 / 波長: 0.97949 Å

検出器

タイプ: RAYONIX MX-225 / 検出器: CCD / 日付: 2019年6月7日 / 詳細: mirrors

放射

モノクロメーター: Si111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97949 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.8→41.19 Å / Num. obs: 20727 / % possible obs: 96.4 % / 冗長度: 3.2 % / B_iso Wilson estimate: 18.15 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.027 / R_pim(I) all: 0.017 / R_rim(I) all: 0.032 / Net I/σ(I): 29.1 / Num. measured all: 66076 / Scaling rejects: 55

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. measured all	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Net I/σ(I) obs	% possible all
1.8-1.84	2.1	0.07	1904	902	0.991	0.054	0.089	9.3	71.7
9-41.19	3.3	0.026	614	188	0.996	0.018	0.032	49.7	96.4

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XDS		データ削減
Aimless	0.7.4	データスケーリング
PHASER		位相決定
PHENIX	1.19	精密化
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6A4S

6a4s

解像度: 1.8→29.22 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 22.63 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2229	1045	5.04 %
R_work	0.1866	19676	-
obs	0.1884	20721	96.35 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 102.86 Å² / B_iso mean: 25.0644 Å² / B_iso min: 7.76 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.8→29.22 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1884	0	10	200	2094
B_iso mean	-	-	19.32	37.71	-
残基数	-	-	-	-	240

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 7

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.8-1.89	0.2626	128	0.2261	2219	2347	78
1.89-2.01	0.2249	162	0.2198	2830	2992	98
2.01-2.17	0.2663	142	0.217	2896	3038	100
2.17-2.39	0.2701	144	0.194	2885	3029	100
2.39-2.73	0.2198	157	0.1939	2941	3098	100
2.73-3.44	0.2209	143	0.1879	2930	3073	100
3.44-29.22	0.1901	169	0.1579	2975	3144	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.0774	-0.0172	0.0288	0.0098	-0.0022	0.0154	-0.0923	-0.1404	0.036	0.044	-0.0016	-0.0154	-0.0881	-0.0802	-0.0085	0.221	0.0438	-0.0188	0.1368	-0.0106	0.13	2.1051	-3.4042	22.3669
2	0.0304	0.0216	-0.0108	0.0383	-0.0335	0.0701	-0.0643	-0.0645	0.0995	0.157	-0.0114	-0.0741	-0.1641	0.0246	-0.0668	0.2088	0.084	-0.0401	0.1853	-0.0584	0.1584	10.6215	-3.6935	23.7303
3	0.0017	0.0012	0.0005	0.0062	-0.0064	0.0151	-0.0533	0.0471	0.0371	0.1019	-0.0393	-0.0951	-0.0817	0.064	-0.0005	0.1627	0.0016	-0.0457	0.2441	-0.0271	0.2466	18.7589	-3.2925	19.4579
4	0.0113	0.0004	-0.0148	0.0022	0.005	0.0379	-0.0007	0.0115	-0.0283	-0.0099	-0.0199	-0.007	0.0777	0.065	-0.071	0.2287	0.1844	-0.0885	0.2162	-0.0637	0.1703	16.3227	-16.1263	21.9516
5	0.2715	0.0202	0.1382	0.2663	0.1786	0.2211	0.061	-0.0648	-0.148	0.1636	0.0809	-0.0185	0.2183	0.0766	0.1871	0.1404	0.0413	0.0096	0.0911	-0.003	0.1427	5.5556	-13.7797	17.0484
6	0.0393	0.0127	0.0541	0.0579	0.1144	0.211	-0.0464	-0.0385	0.0573	-0.0568	0.0163	0.0786	-0.2176	-0.2626	-0.0894	0.1389	0.0575	0.0055	0.1251	-0.0031	0.1422	-4.6598	-3.9733	5.1229
7	0.0231	-0.0066	-0.0206	0.005	0.0069	0.0167	-0.059	-0.1088	0.0146	0.0617	0.0605	0.0103	-0.0296	-0.1161	0.0635	0.1944	0.1311	0.0048	0.2942	-0.0281	0.1333	-7.2528	-3.029	17.9024
8	0.0261	-0.0028	-0.0191	0.0397	0.0151	0.0169	-0.0501	-0.0246	0.0136	0.0255	-0.0061	0.0111	-0.0618	-0.0878	-0.1092	0.237	0.4232	0.028	0.5861	-0.1603	0.2	-12.9026	1.5808	16.8188
9	7.1266	3.18	7.7637	4.9109	3.9658	8.5357	0.0296	-0.1304	0.0051	-0.0034	-0.0176	-0.0151	0.0046	-0.0254	-0.0158	0.1675	0.0156	-0.0101	0.1093	-0.0064	0.1599	4.2106	-2.3578	8.3576

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 22 )	A	1 - 22
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 23 through 49 )	A	23 - 49
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 50 through 64 )	A	50 - 64
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 65 through 83 )	A	65 - 83
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 84 through 131 )	A	84 - 131
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 132 through 186 )	A	132 - 186
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 187 through 213 )	A	187 - 213
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 214 through 240 )	A	214 - 240

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