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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7ff8
タイトルPseudomonas aeruginosa Virulence Factor Regulator with cAMP ligand and Cl(triethylphosphine)gold(I)
要素cAMP-activated global transcriptional regulator Vfr
キーワードDNA BINDING PROTEIN / cAMP / auranofin / virulence / cyclic AMP receptor protein
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA-binding transcription repressor activity / DNA-binding transcription activator activity / cAMP binding / protein-DNA complex / sequence-specific DNA binding / transcription cis-regulatory region binding / DNA-binding transcription factor activity / DNA-templated transcription / positive regulation of DNA-templated transcription / cytosol
類似検索 - 分子機能
helix_turn_helix, cAMP Regulatory protein / Transcription regulator HTH, Crp-type, conserved site / Crp-type HTH domain signature. / : / Crp-like helix-turn-helix domain / Crp-type HTH domain profile. / Crp-type HTH domain / Cyclic nucleotide-binding domain signature 2. / Cyclic nucleotide-binding domain signature 1. / Cyclic nucleotide-binding, conserved site ...helix_turn_helix, cAMP Regulatory protein / Transcription regulator HTH, Crp-type, conserved site / Crp-type HTH domain signature. / : / Crp-like helix-turn-helix domain / Crp-type HTH domain profile. / Crp-type HTH domain / Cyclic nucleotide-binding domain signature 2. / Cyclic nucleotide-binding domain signature 1. / Cyclic nucleotide-binding, conserved site / Cyclic nucleotide-monophosphate binding domain / Cyclic nucleotide-binding domain / cAMP/cGMP binding motif profile. / Cyclic nucleotide-binding domain / Cyclic nucleotide-binding domain superfamily / RmlC-like jelly roll fold / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
: / triethylphosphanuidylgold(1+) / ADENOSINE-3',5'-CYCLIC-MONOPHOSPHATE / cAMP-activated global transcriptional regulator Vfr
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Chew, B.L.A. / Luo, D.
資金援助 シンガポール, 1件
組織認可番号国
Ministry of Education (MoE, Singapore)2016-T2-2-097 シンガポール
引用ジャーナル: Comput Struct Biotechnol J / 年: 2023
タイトル: Structural basis for the inhibitory mechanism of auranofin and gold(I) analogues against Pseudomonas aeruginosa global virulence factor regulator Vfr.
著者: Zhang, Y. / Chew, B.L.A. / Wang, J. / Yuan, M. / Yam, J.K.H. / Luo, D. / Yang, L.
履歴
登録2021年7月22日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年7月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.22025年3月5日Group: Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / pdbx_entry_details / struct_ncs_dom_lim
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: cAMP-activated global transcriptional regulator Vfr
B: cAMP-activated global transcriptional regulator Vfr
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,42817
ポリマ－47,6992
非ポリマー2,72915
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6010 Å2
ΔGint-112 kcal/mol
Surface area18880 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)140.264, 49.928, 62.381
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 100.145, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Space group name HallC2y
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y,-z
#3: x+1/2,y+1/2,z
#4: -x+1/2,y+1/2,-z
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1(chain "A" and (resid 18 through 36 or (resid 37...
d_2ens_1(chain "B" and (resid 18 through 22 or (resid 23...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: ens_1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
d_11ALAALAGLNGLNAA18 - 11214 - 108
d_12SERSERPHEPHEAA115 - 211111 - 207
d_21ALAALAGLUGLUBB18 - 9814 - 94
d_22ARGARGPHEPHEBB108 - 211104 - 207

NCS oper: (Code: givenMatrix: (0.511813086334, -0.0408811818024, -0.858123588787), (-0.0374460523018, -0.99897940446, 0.0252575262284), (-0.858280349201, 0.0192062083349, -0.512821571052)ベクター: ...NCS oper: (Code: given
Matrix: (0.511813086334, -0.0408811818024, -0.858123588787), (-0.0374460523018, -0.99897940446, 0.0252575262284), (-0.858280349201, 0.0192062083349, -0.512821571052)
ベクター: 324.898391907, 76.20708219, 571.446815648)

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要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 cAMP-activated global transcriptional regulator Vfr


分子量: 23849.506 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Soaked with Chloro(triethylphosphine)gold(I)
由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)
株: PAO1 / 遺伝子: vfr, PA0652 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): T1R / 参照: UniProt: P55222

-
非ポリマー , 5種, 15分子

#2: 化合物 ChemComp-CMP / ADENOSINE-3',5'-CYCLIC-MONOPHOSPHATE / CYCLIC AMP / CAMP


分子量: 329.206 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H12N5O6P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-AUF / triethylphosphanuidylgold(1+) / gold(I)-triethylphosphane


分子量: 315.124 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H15AuP / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物
ChemComp-AU / GOLD ION


分子量: 196.967 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Au / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.43 %
解説: THE ENTRY CONTAINS FRIEDEL PAIRS IN I_PLUS/MINUS COLUMNS.
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 2.6M Ammonium Sulphate, 0.1M Bicine

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データ収集

回折平均測定温度: 200 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: TPS 05A / 波長: 1.04 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300-HS / 検出器: CCD / 日付: 2019年8月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.04 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→42.3 Å / Num. obs: 21209 / % possible obs: 99.87 % / 冗長度: 2 % / Biso Wilson estimate: 47.29 Å2 / CC1/2: 0.975 / Net I/σ(I): 13.46
反射 シェル解像度: 2.8→2.9 Å / Num. unique obs: 2078 / CC1/2: 0.351

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Coot0.8.9.2モデル構築
PHENIX1.18.2_3874精密化
HKL-3000データ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2OZ6

2oz6


解像度: 2.8→34.52 Å / SU ML: 0.4403 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 33.4181
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3265 1079 5.27 %
Rwork0.2691 19388 -
obs0.2721 20467 99.8 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 40.72 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→34.52 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2837 0 87 0 2924
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01012950
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.35273996
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0588474
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0064495
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d35.9595444
Refine LS restraints NCSタイプ: Torsion NCS / Rms dev position: 3.27402202151 Å
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.8-2.930.41751200.33892432X-RAY DIFFRACTION99.8
2.93-3.080.34721460.30572424X-RAY DIFFRACTION99.88
3.08-3.270.36291650.30832395X-RAY DIFFRACTION99.88
3.27-3.530.35541300.28432430X-RAY DIFFRACTION99.96
3.53-3.880.311260.25932456X-RAY DIFFRACTION99.88
3.88-4.440.321210.22212428X-RAY DIFFRACTION99.92
4.44-5.590.28721140.26352443X-RAY DIFFRACTION100
5.59-34.520.31111570.26352380X-RAY DIFFRACTION99.06
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.102638158198-0.0835624509055-0.08426600783060.3210501815170.2583256721660.07499937657480.0306430681721-0.01042325129510.131851560611-0.01353581113150.00157720990413-0.08706853508760.100771236028-0.0244083038621-0.0004742360657480.2227468467820.02530798601270.02874966398340.1754753403980.02825408186820.152405234963418.59076088620.8579076298136.251449736
20.1277564316320.06656914888190.02129559476750.0686192119008-0.07863121747240.100688109697-0.05114235787870.0104563995304-0.1540304731180.02972545145460.1877468807020.004004069238160.371648756654-0.07506303124650.1480923980380.33621820062-0.078634120217-0.01087264428540.3497502979870.0420864973307-0.0814462293706393.57070693123.8573875929137.306759765
30.176857437891-0.0630250429451-0.06571569207280.09929563549160.08326061955360.07727751981870.0008464370447110.258904914579-0.0136207147621-0.201299031086-0.0176116970197-0.195710566731-0.0840850249308-0.140164107204-0.05293223504490.147148642861-0.0333654472507-0.007402510094460.172041610035-0.0583677787750.354659857845421.04081540450.1784730944142.404686055
40.000446610307346-0.0246022667731-0.01317918710050.4116109750880.165599152720.223429853129-0.188512390231-0.00400057041607-0.0196100477853-0.120840108444-0.141540687942-0.0130136238627-0.02214861902720.0627862749867-0.5348825010.368687382462-0.267500157542-0.0311259546149-0.01550525867260.156495726020.383766142599407.56193306243.8827994878147.810366356
50.4224294583650.08618335268060.1341870832810.07539737125930.1486058034190.2897259930860.0989421935263-0.163504202966-0.0198149399635-0.0228466554839-0.285537957779-0.1563193181290.2982604138610.0142848318393-0.2699206928510.2540177489040.0441341467673-0.0777038594903-0.2112229640470.2600362026580.166529728043419.85479617844.41950167141.138877942
60.174429316311-0.07318975352130.2800102498460.2734251616070.1448952284680.592880477292-0.2604672718490.370357995234-0.0836290662515-0.252479725334-0.133767298257-0.2381793386030.246849726874-0.0739843894671-0.1989433353290.0823118338384-0.1444543873340.4387442724720.2746328247520.1598489259290.48407103892430.41501900644.8020825398134.43583671
70.08693792093240.123538552161-0.0160894561850.2093810672270.07410335536140.15961309750.0936588364916-0.0234327849859-0.02725241331790.1246648313990.0334684557805-0.7173627416460.07424463653240.183774004270.03261405683710.186367125179-0.02068582212590.05950183840.1609007149870.04050440854010.30144701008420.57623597431.7687661195144.679090613
80.004079042516030.00130340908831-0.009201554487410.0287209356505-0.01854751450310.0237489505304-0.0646410495198-0.1197066418670.0182260646792-0.01382934194670.076614862406-0.01425226010480.1073468651280.116999760887-0.06900931358490.4943833080440.07970979571830.2180788213160.668366913345-0.241407673190.500118994984405.59711090634.0018121716159.971279769
90.012587836452-0.0120300057736-0.01296904322220.287191860127-0.09366279367140.0507341716864-0.0445688991414-0.09108037984880.1247477727370.159912806919-0.00938835220717-0.0784085197885-0.09514444559820.01200793013510.0003151487217250.110877558403-0.0597377270781-0.1060733755110.568534309684-0.1822218164880.232357389385414.07634595943.4576600702170.193315855
100.0550324000973-0.0793050067357-0.01648826302890.128095473157-0.0001838802811820.254729670214-0.11112802465-0.1762688516620.1336447630510.06865611633730.0254499549871-0.213831559440.0059420862197-0.203851844768-0.270404577706-0.01387719899580.3087798941540.165114262120.355857443299-0.3020588332430.172556403711400.58860666143.459915619161.740797273
110.00786430253662-0.00669741039119-0.02024069595640.008062457853040.0210791986490.06301900326640.1019623726070.02971631058980.0414365528466-0.0605787761572-0.02376756363410.09414128819120.06271643449120.1010175566340.002760600948320.1595589413230.138565676408-0.0489664344160.907411176235-0.1380149499660.630412872249406.05300616642.8026414191172.405604481
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 9 through 140 )AA9 - 1401 - 126
22chain 'A' and (resid 141 through 211 )AA141 - 211127 - 197
33chain 'B' and (resid 18 through 54 )BH18 - 541 - 37
44chain 'B' and (resid 55 through 66 )BH55 - 6638 - 49
55chain 'B' and (resid 67 through 96 )BH67 - 9650 - 74
66chain 'B' and (resid 97 through 116 )BH97 - 11675 - 92
77chain 'B' and (resid 117 through 139 )BH117 - 13993 - 115
88chain 'B' and (resid 140 through 156 )BH140 - 156116 - 132
99chain 'B' and (resid 157 through 173 )BH157 - 173133 - 149
1010chain 'B' and (resid 174 through 198 )BH174 - 198150 - 174
1111chain 'B' and (resid 199 through 212 )BH199 - 212175 - 188

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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