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Yorodumi- PDB-7ff0: Pseudomonas aeruginosa Virulence Factor Regulator with cAMP ligan... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7ff0 | ||||||
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Title | Pseudomonas aeruginosa Virulence Factor Regulator with cAMP ligand and auranofin | ||||||
Components | cAMP-activated global transcriptional regulator Vfr | ||||||
Keywords | DNA BINDING PROTEIN / cyclic AMP receptor protein | ||||||
Function / homology | Function and homology information DNA-binding transcription repressor activity / DNA-binding transcription activator activity / cAMP binding / protein-DNA complex / sequence-specific DNA binding / transcription cis-regulatory region binding / DNA-binding transcription factor activity / DNA-templated transcription / positive regulation of DNA-templated transcription / cytosol Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Pseudomonas aeruginosa PAO1 (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.6 Å | ||||||
Authors | Chew, B.L.A. / Luo, D. | ||||||
Funding support | Singapore, 1items
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Citation | Journal: Comput Struct Biotechnol J / Year: 2023 Title: Structural basis for the inhibitory mechanism of auranofin and gold(I) analogues against Pseudomonas aeruginosa global virulence factor regulator Vfr. Authors: Zhang, Y. / Chew, B.L.A. / Wang, J. / Yuan, M. / Yam, J.K.H. / Luo, D. / Yang, L. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 7ff0.cif.gz | 290.1 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb7ff0.ent.gz | 200.1 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 7ff0.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ff/7ff0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ff/7ff0 | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 7fewC 2oz6S S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homologyF&H Search |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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-Components
#1: Protein | Mass: 24063.729 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Details: Soaking with Auranofin / Source: (gene. exp.) Pseudomonas aeruginosa PAO1 (bacteria) / Strain: PAO1 / Gene: vfr / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): T1R / References: UniProt: P55222 #2: Chemical | #3: Chemical | ChemComp-SO4 / #4: Chemical | ChemComp-AU / | #5: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.22 Å3/Da / Density % sol: 44.55 % Description: THE ENTRY CONTAINS FRIEDEL PAIRS IN F_PLUS/MINUS COLUMNS. |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / Details: 2.6M AMMONIUM SULPHATE, 0.1M BICINE |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 200 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: ROTATING ANODE / Type: RIGAKU FR-X / Wavelength: 1.54 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 R 300K-W / Detector: PIXEL / Date: Jun 22, 2018 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.54 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.6→43 Å / Num. obs: 23447 / % possible obs: 98.99 % / Redundancy: 1.9 % / Biso Wilson estimate: 30.28 Å2 / CC1/2: 0.986 / Net I/σ(I): 3.8 |
Reflection shell | Resolution: 2.6→2.69 Å / Num. unique obs: 1273 / CC1/2: 0.653 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 2OZ6 Resolution: 2.6→42.12 Å / SU ML: 0.3323 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.19 / Phase error: 23.5699 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 36.63 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.6→42.12 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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