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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7ff0
タイトルPseudomonas aeruginosa Virulence Factor Regulator with cAMP ligand and auranofin
要素cAMP-activated global transcriptional regulator Vfr
キーワードDNA BINDING PROTEIN / cyclic AMP receptor protein
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA-binding transcription repressor activity / DNA-binding transcription activator activity / cAMP binding / protein-DNA complex / sequence-specific DNA binding / transcription cis-regulatory region binding / DNA-binding transcription factor activity / DNA-templated transcription / positive regulation of DNA-templated transcription / cytosol
類似検索 - 分子機能
helix_turn_helix, cAMP Regulatory protein / Transcription regulator HTH, Crp-type, conserved site / Crp-type HTH domain signature. / : / Crp-like helix-turn-helix domain / Crp-type HTH domain profile. / Crp-type HTH domain / Cyclic nucleotide-binding domain signature 2. / Cyclic nucleotide-binding domain signature 1. / Cyclic nucleotide-binding, conserved site ...helix_turn_helix, cAMP Regulatory protein / Transcription regulator HTH, Crp-type, conserved site / Crp-type HTH domain signature. / : / Crp-like helix-turn-helix domain / Crp-type HTH domain profile. / Crp-type HTH domain / Cyclic nucleotide-binding domain signature 2. / Cyclic nucleotide-binding domain signature 1. / Cyclic nucleotide-binding, conserved site / Cyclic nucleotide-monophosphate binding domain / Cyclic nucleotide-binding domain / cAMP/cGMP binding motif profile. / Cyclic nucleotide-binding domain / Cyclic nucleotide-binding domain superfamily / RmlC-like jelly roll fold / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
: / ADENOSINE-3',5'-CYCLIC-MONOPHOSPHATE / cAMP-activated global transcriptional regulator Vfr
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Chew, B.L.A. / Luo, D.
資金援助 シンガポール, 1件
組織認可番号国
Ministry of Education (MoE, Singapore)2016-T2-2-097 シンガポール
引用ジャーナル: Comput Struct Biotechnol J / 年: 2023
タイトル: Structural basis for the inhibitory mechanism of auranofin and gold(I) analogues against Pseudomonas aeruginosa global virulence factor regulator Vfr.
著者: Zhang, Y. / Chew, B.L.A. / Wang, J. / Yuan, M. / Yam, J.K.H. / Luo, D. / Yang, L.
履歴
登録2021年7月22日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年7月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.22024年2月7日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.32025年3月5日Group: Structure summary / カテゴリ: pdbx_entry_details / Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: cAMP-activated global transcriptional regulator Vfr
B: cAMP-activated global transcriptional regulator Vfr
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,46310
ポリマ－48,1272
非ポリマー1,3368
水2,990166
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5560 Å2
ΔGint-79 kcal/mol
Surface area19590 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)135.600, 49.643, 63.915
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 100.374, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Space group name HallC2y
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y,-z
#3: x+1/2,y+1/2,z
#4: -x+1/2,y+1/2,-z
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-302-

SO4

-
要素

#1: タンパク質 cAMP-activated global transcriptional regulator Vfr


分子量: 24063.729 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Soaking with Auranofin
由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)
株: PAO1 / 遺伝子: vfr / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): T1R / 参照: UniProt: P55222
#2: 化合物 ChemComp-CMP / ADENOSINE-3',5'-CYCLIC-MONOPHOSPHATE / CYCLIC AMP / CAMP / cAMP


分子量: 329.206 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H12N5O6P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-AU / GOLD ION


分子量: 196.967 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Au / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 166 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.55 %
解説: THE ENTRY CONTAINS FRIEDEL PAIRS IN F_PLUS/MINUS COLUMNS.
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 2.6M AMMONIUM SULPHATE, 0.1M BICINE

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データ収集

回折平均測定温度: 200 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-X / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 R 300K-W / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年6月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→43 Å / Num. obs: 23447 / % possible obs: 98.99 % / 冗長度: 1.9 % / Biso Wilson estimate: 30.28 Å2 / CC1/2: 0.986 / Net I/σ(I): 3.8
反射 シェル解像度: 2.6→2.69 Å / Num. unique obs: 1273 / CC1/2: 0.653

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
HKL-3000データ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2OZ6

2oz6


解像度: 2.6→42.12 Å / SU ML: 0.3323 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.19 / 位相誤差: 23.5699
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2391 1201 5.12 %
Rwork0.2069 22246 -
obs0.2085 23447 92.97 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 36.63 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→42.12 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3165 0 26 166 3357
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01173229
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.52224358
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0786499
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.009550
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d44.95470
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.6-2.70.31471230.28052377X-RAY DIFFRACTION89.86
2.7-2.830.31611310.26472445X-RAY DIFFRACTION92.4
2.83-2.980.2561250.24922506X-RAY DIFFRACTION93.3
2.98-3.160.27281390.23482490X-RAY DIFFRACTION93.33
3.16-3.410.27551450.20492467X-RAY DIFFRACTION93.49
3.41-3.750.20971370.18612474X-RAY DIFFRACTION93.08
3.75-4.290.19321360.16442453X-RAY DIFFRACTION92.73
4.29-5.40.20751050.16642442X-RAY DIFFRACTION90.71
5.41-42.120.23471600.22592592X-RAY DIFFRACTION98.04
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.6950778522160.02295510748370.03597643662990.0998072151831-0.2892010184620.2404857104910.1614780436330.4212202243120.385437013406-1.008103588460.108775626858-0.0731234539994-0.2788657818040.02916522844131.272121560610.277746723720.2649400184390.6331681353720.28343499653-0.48627524768-0.42605137063148.28399730713.387132556464.9570840273
20.119560432023-0.109091576508-0.09756039281540.151726472413-0.04053007547240.1553492675250.18533871147-0.386057426167-0.670753646-0.112548953957-0.13460529731-0.01112392637770.2778286393510.05558727224880.1574381386070.1885468038240.005376137145230.01353216374260.1837794882360.04789958289290.0860744082512142.8710670998.8385939884682.1174404058
31.215290079640.0637754221892-0.2430467750541.62029133071-0.3186183165510.3714660224030.119315234085-0.2161316222330.1837192020620.0462945061781-0.08674182309830.0212939379431-0.0316877530459-0.05673569620480.01370688855290.1609472162940.0209988572116-0.006670516882120.15678530467-0.0003486035422060.135854474437140.65795550916.403716150780.6400772568
40.120263198354-0.01916534228270.08858321545870.2129313757230.1918220734550.3614541019850.4611227612890.01691633309150.31685756551-0.0245998426862-0.2046192283760.09369772464070.7898033202810.3379469425490.05926738418910.181712644610.1215796471050.03404839217790.3686368519410.02809550676230.262666190769153.92182512916.235945573470.6949333846
50.016698072744-0.282335631761-0.1697073186810.369274036584-0.1465178578280.2897451117670.0323613647442-0.124137070609-0.29130145928-0.18148405536-0.1095459399410.0977193079291-0.106970003956-0.00717903231689-0.04577594790650.1821449531390.01735202288850.008655691236930.158223855915-0.006452798770470.171719873173139.07174000328.936452404177.1360504006
60.06413693909510.09206092291190.1205066916140.2926938599090.08467732073440.102648638939-0.343588668834-0.3196771756940.2739619124060.0640770643129-0.2470633766020.025125733160.3316383226170.0640903682789-0.05360140032070.197010976740.0616603207592-0.0206655087290.217090206158-0.01631321594570.143102449232121.623071726.999648788179.4864602187
70.273965027798-0.1544252286440.07937511360710.0738888327884-0.2099821675550.248036771329-0.5852351608620.331240803019-0.0651659411683-0.004864296837090.157859501446-0.006108299138080.651184021604-0.0215920113615-0.1094668778610.578508220742-0.0109864036203-0.02609868646090.32694343378-0.08245857201580.264811110795121.00732109419.411390426167.871216642
80.4146288950410.237565580013-0.03981000896990.1075986356530.07450780313670.561516589163-0.618230107319-0.210701931448-0.6718492519170.135362717540.1439967791870.1522939769510.7695937845540.143587524846-0.07225267359020.217101340219-0.0426743634202-0.01574646319650.2280560411340.008126782739650.230911736155117.07963824918.617808832684.6481544303
90.102373576478-0.0412550577260.06253537328190.0505910273532-0.1127707799670.0935811356734-0.2704589160110.186904600785-0.103162093644-0.1003874862230.03937925018540.5473475333110.356139848684-0.8460706048640.001211665445280.496156119624-0.06908938792120.00182133120280.476913409524-0.1002192613120.386016517319114.43424681420.519840157471.7478798858
100.871966460559-0.369191661439-0.132353447450.7800613355970.5374910698850.7402907175330.1582366506461.105904864280.0110146644888-0.4019890862760.136122649566-0.533451357487-0.3701085846740.1124287420350.2528836245520.239526501183-0.08593898187330.0799860016176-0.05229511305730.003736854384470.306885843279149.31642008947.912282951179.4767552499
111.933652285340.7787955394410.009992974382291.47753309723-0.1312956204690.338850351377-0.287637458458-0.334559894084-0.0603240504727-0.2008273515030.10091371429-0.1551882952310.03045541867970.0701004591179-0.3072336123490.13089963302-0.02242457972590.004313419830470.09109210040090.01262933840110.150640324056141.88716129240.999779424682.8477751689
120.440213482458-0.2714770240940.3824847736110.1742246444260.1266309959321.30667723982-0.3354627030270.112182811260.336444771902-0.5499990896330.0123732509119-0.484464368653-0.270083132409-0.45535116754-0.1725845169860.346098509146-0.2087981111320.2409171700060.2962994316140.04301637318760.212979793659153.98308336541.330729378871.9331936921
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150.155960566184-0.126374017785-0.2623614349170.733807391357-0.5057003971010.9091293212860.136783945809-0.2049449503260.239662785243-0.8779615856120.256151161011-0.108619336962-0.160817933922-0.4401578678170.141650697132-0.178190422336-0.0427656121590.03893247605340.472164320276-0.09627649445360.29621894931126.81634907138.6674782109109.177088061
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 9 through 25 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 26 through 39 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 40 through 96 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 97 through 115 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 116 through 141 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 142 through 157 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 158 through 173 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 174 through 197 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 198 through 214 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 12 through 39 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 40 through 96 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 97 through 114 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 115 through 139 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 140 through 184 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'B' and (resid 185 through 214 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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