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- PDB-7ff8: Pseudomonas aeruginosa Virulence Factor Regulator with cAMP ligan... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7ff8 | ||||||
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Title | Pseudomonas aeruginosa Virulence Factor Regulator with cAMP ligand and Cl(triethylphosphine)gold(I) | ||||||
![]() | cAMP-activated global transcriptional regulator Vfr | ||||||
![]() | DNA BINDING PROTEIN / cAMP / auranofin / virulence / cyclic AMP receptor protein | ||||||
Function / homology | ![]() DNA-binding transcription repressor activity / DNA-binding transcription activator activity / cAMP binding / protein-DNA complex / sequence-specific DNA binding / transcription cis-regulatory region binding / DNA-binding transcription factor activity / DNA-templated transcription / positive regulation of DNA-templated transcription / cytosol Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Chew, B.L.A. / Luo, D. | ||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Inhibitory mechanism of gold analogues against Pseudomonas global virulence factor regulator Vfr Authors: Chew, B.L.A. / Luo, D. / Yang, L. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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PDBx/mmCIF format | ![]() | 191.5 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 125 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 4.4 MB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 4.4 MB | Display | |
Data in XML | ![]() | 17.3 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 22.3 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 7ff9C ![]() 2oz6S S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homology ![]() |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments:
NCS oper: (Code: givenMatrix: (0.511813086334, -0.0408811818024, -0.858123588787), (-0.0374460523018, -0.99897940446, 0.0252575262284), (-0.858280349201, 0.0192062083349, -0.512821571052)Vector: 324. ...NCS oper: (Code: given Matrix: (0.511813086334, -0.0408811818024, -0.858123588787), Vector: |
-
Components
-Protein , 1 types, 2 molecules AB
#1: Protein | Mass: 23849.506 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Details: Soaked with Chloro(triethylphosphine)gold(I) / Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() |
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-Non-polymers , 5 types, 15 molecules ![](data/chem/img/CMP.gif)
![](data/chem/img/AUF.gif)
![](data/chem/img/AU.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/AUF.gif)
![](data/chem/img/AU.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
#2: Chemical | #3: Chemical | #4: Chemical | ChemComp-AU / #5: Chemical | #6: Chemical | ChemComp-SO4 / |
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-Details
Has ligand of interest | Y |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.25 Å3/Da / Density % sol: 45.43 % Description: THE ENTRY CONTAINS FRIEDEL PAIRS IN I_PLUS/MINUS COLUMNS. |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / Details: 2.6M Ammonium Sulphate, 0.1M Bicine |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 200 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: RAYONIX MX300-HS / Detector: CCD / Date: Aug 7, 2019 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.04 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.8→42.3 Å / Num. obs: 21209 / % possible obs: 99.87 % / Redundancy: 2 % / Biso Wilson estimate: 47.29 Å2 / CC1/2: 0.975 / Net I/σ(I): 13.46 |
Reflection shell | Resolution: 2.8→2.9 Å / Num. unique obs: 2078 / CC1/2: 0.351 |
-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 2OZ6 Resolution: 2.8→34.52 Å / SU ML: 0.4403 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 33.4181 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 40.72 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.8→34.52 Å
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Refine LS restraints |
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Refine LS restraints NCS | Type: Torsion NCS / Rms dev position: 3.27402202151 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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