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万見
- PDB-7ff1: Structure of C34E136G/N36 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7ff1
タイトルStructure of C34E136G/N36
要素
  • gp41 C34E136G
  • gp41 N36
キーワードVIRAL PROTEIN / HIV / envlope / 6HB
機能・相同性Retroviral envelope protein / Retroviral envelope protein GP41-like / membrane => GO:0016020 / viral envelope / host cell plasma membrane / structural molecule activity / virion membrane / plasma membrane / Env polyprotein
機能・相同性情報
生物種Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.689 Å
データ登録者Yu, D.W. / Qin, B.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of C34E136G/N36
著者: Yu, D.W. / Qin, B.
履歴
登録2021年7月22日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年11月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
N: gp41 N36
C: gp41 C34E136G
B: gp41 N36
A: gp41 C34E136G
E: gp41 N36
D: gp41 C34E136G


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,0756
ポリマ－25,0756
非ポリマー00
水2,396133
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: isothermal titration calorimetry
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12240 Å2
ΔGint-102 kcal/mol
Surface area10420 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)88.089, 50.391, 56.909
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.130, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-724-

HOH

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要素

#1: タンパク質・ペプチド gp41 N36


分子量: 4152.843 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
参照: UniProt: C7F357
#2: タンパク質・ペプチド gp41 C34E136G


分子量: 4205.553 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 133 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.16 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: BIS-Tris,Polyethylene glycol monomethyl ether 5000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.987 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年11月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.987 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.689→43.74 Å / Num. obs: 28119 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 6.628 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.043 / Net I/σ(I): 19.95
反射 シェル解像度: 1.689→1.79 Å / Rmerge(I) obs: 0.976 / Mean I/σ(I) obs: 1.45 / Num. unique obs: 4478 / CC1/2: 0.757 / % possible all: 99.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XSCALEデータスケーリング
PHENIX1.10.1_2155精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1AIK

1aik


解像度: 1.689→43.74 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 29.51 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2239 1271 4.53 %
Rwork0.2158 26760 -
obs0.2162 28031 99.69 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 93.85 Å2 / Biso mean: 44.4355 Å2 / Biso min: 24.97 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.689→43.74 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1767 0 0 133 1900
Biso mean---48.77 -
残基数----210
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.031788
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.4012412
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.132267
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.014315
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.3211080
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.6891-1.75670.39161510.32892915100
1.7567-1.83670.31071220.28982977100
1.8367-1.93350.31081400.26982965100
1.9335-2.05460.33971250.27142970100
2.0546-2.21330.21441250.21442985100
2.2133-2.4360.25661490.23472984100
2.436-2.78840.24191190.23252991100
2.7884-3.51290.21211710.20942964100
3.5129-43.740.1991690.1893300999

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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