ソフトウェア | 名称 | バージョン | 分類 |
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XSCALE | | データスケーリング | PHENIX | 1.10.1_2155精密化 | PDB_EXTRACT | 3.27 | データ抽出 | |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1AIK 解像度: 1.689→43.74 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 29.51 / 立体化学のターゲット値: ML
| Rfactor | 反射数 | %反射 |
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Rfree | 0.2239 | 1271 | 4.53 % |
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Rwork | 0.2158 | 26760 | - |
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obs | 0.2162 | 28031 | 99.69 % |
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL |
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原子変位パラメータ | Biso max: 93.85 Å2 / Biso mean: 44.4355 Å2 / Biso min: 24.97 Å2 |
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.689→43.74 Å
| タンパク質 | 核酸 | リガンド | 溶媒 | 全体 |
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原子数 | 1767 | 0 | 0 | 133 | 1900 |
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Biso mean | - | - | - | 48.77 | - |
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残基数 | - | - | - | - | 210 |
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拘束条件 | Refine-ID | タイプ | Dev ideal | 数 |
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X-RAY DIFFRACTION | f_bond_d0.03 | 1788 | X-RAY DIFFRACTION | f_angle_d1.401 | 2412 | X-RAY DIFFRACTION | f_chiral_restr0.132 | 267 | X-RAY DIFFRACTION | f_plane_restr0.014 | 315 | X-RAY DIFFRACTION | f_dihedral_angle_d19.321 | 1080 | | | | | |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 解像度 (Å) | Rfactor Rfree | Num. reflection Rfree | Rfactor Rwork | Num. reflection Rwork | % reflection obs (%) |
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1.6891-1.7567 | 0.3916 | 151 | 0.3289 | 2915 | 100 | 1.7567-1.8367 | 0.3107 | 122 | 0.2898 | 2977 | 100 | 1.8367-1.9335 | 0.3108 | 140 | 0.2698 | 2965 | 100 | 1.9335-2.0546 | 0.3397 | 125 | 0.2714 | 2970 | 100 | 2.0546-2.2133 | 0.2144 | 125 | 0.2144 | 2985 | 100 | 2.2133-2.436 | 0.2566 | 149 | 0.2347 | 2984 | 100 | 2.436-2.7884 | 0.2419 | 119 | 0.2325 | 2991 | 100 | 2.7884-3.5129 | 0.2121 | 171 | 0.2094 | 2964 | 100 | 3.5129-43.74 | 0.199 | 169 | 0.1893 | 3009 | 99 |
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