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- PDB-7feh: Crystal structure of human DDR1 in complex with CH5541127 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7feh
タイトルCrystal structure of human DDR1 in complex with CH5541127
要素Epithelial discoidin domain-containing receptor 1
キーワードTRANSFERASE / RECEPTOR TYROSINE KINASE / COLLAGEN / DISCOIDIN DOMAIN
機能・相同性
機能・相同性情報


smooth muscle cell-matrix adhesion / regulation of extracellular matrix disassembly / regulation of cell-matrix adhesion / ear development / collagen-activated tyrosine kinase receptor signaling pathway / branching involved in mammary gland duct morphogenesis / wound healing, spreading of cells / neuron projection extension / smooth muscle cell migration / axon development ...smooth muscle cell-matrix adhesion / regulation of extracellular matrix disassembly / regulation of cell-matrix adhesion / ear development / collagen-activated tyrosine kinase receptor signaling pathway / branching involved in mammary gland duct morphogenesis / wound healing, spreading of cells / neuron projection extension / smooth muscle cell migration / axon development / Non-integrin membrane-ECM interactions / mammary gland alveolus development / peptidyl-tyrosine autophosphorylation / protein tyrosine kinase collagen receptor activity / collagen binding / lactation / transmembrane receptor protein tyrosine kinase activity / embryo implantation / cell surface receptor protein tyrosine kinase signaling pathway / regulation of cell growth / receptor protein-tyrosine kinase / positive regulation of neuron projection development / protein autophosphorylation / cell population proliferation / receptor complex / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / cell adhesion / negative regulation of cell population proliferation / extracellular space / extracellular exosome / ATP binding / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Discoidin domain-containing receptor 1/2, DS-like domain / Coagulation factors 5/8 type C domain (FA58C) signature 2. / Coagulation factors 5/8 type C domain (FA58C) signature 1. / Coagulation factor 5/8 C-terminal domain, discoidin domain / Coagulation factors 5/8 type C domain (FA58C) profile. / F5/8 type C domain / Coagulation factor 5/8 C-terminal domain / Tyrosine-protein kinase, receptor class II, conserved site / Receptor tyrosine kinase class II signature. ...: / Discoidin domain-containing receptor 1/2, DS-like domain / Coagulation factors 5/8 type C domain (FA58C) signature 2. / Coagulation factors 5/8 type C domain (FA58C) signature 1. / Coagulation factor 5/8 C-terminal domain, discoidin domain / Coagulation factors 5/8 type C domain (FA58C) profile. / F5/8 type C domain / Coagulation factor 5/8 C-terminal domain / Tyrosine-protein kinase, receptor class II, conserved site / Receptor tyrosine kinase class II signature. / : / Galactose-binding-like domain superfamily / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. / Tyrosine-protein kinase, active site / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-3UI / NITRATE ION / Epithelial discoidin domain-containing receptor 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.61 Å
データ登録者Fukami, T.A. / Kadono, S. / Matsuura, T.
引用ジャーナル: Medicinal Chemistry Research / 年: 2023
タイトル: Novel potent and highly selective DDR1 inhibitors from integrated lead finding
著者: Kuhn, B. / Ritter, M. / Benz, J. / Kocer, B. / Sarie, J.C. / Hochstrasser, R. / Rudolph, M.G. / Kadono, S. / Matsuura, T. / Murata, T. / Richter, H. / Prunotto, M.
履歴
登録2021年7月20日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年7月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年8月9日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年5月29日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Epithelial discoidin domain-containing receptor 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,8414
ポリマ－36,2111
非ポリマー6303
水4,071226
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area160 Å2
ΔGint1 kcal/mol
Surface area14440 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)40.390, 61.700, 63.110
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 106.220, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Epithelial discoidin domain-containing receptor 1


分子量: 36210.656 Da / 分子数: 1 / 断片: Residues: 593-913 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: del:730-735 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DDR1 / 細胞株 (発現宿主): Sf9
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q08345, receptor protein-tyrosine kinase
#2: 化合物 ChemComp-3UI / N-[(5-chloranyl-2-ethylsulfonyl-phenyl)methyl]-3-piperazin-1-yl-5-(trifluoromethyloxy)benzamide


分子量: 505.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H23ClF3N3O4S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-NO3 / NITRATE ION


分子量: 62.005 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: NO3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 226 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.01 % / Mosaicity: 0 °
結晶化温度: 285 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.6
詳細: 10 mg/mL protein, 1 mM Ligand, 2 %(v/v) DMSO, 21.0 %(w/v) PEG 2000 MME, 0.25 M NaNO3, 0.1 M BIS-TRIS propane (pH 6.6), 5.0 %(v/v) PEG 400

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2010年7月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.61→38.782 Å / Num. obs: 38162 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 18.9 Å2 / Rpim(I) all: 0.033 / Rrim(I) all: 0.062 / Rsym value: 0.052 / Net I/av σ(I): 7.6 / Net I/σ(I): 13.7
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsRpim(I) allRrim(I) allRsym value% possible all
1.61-1.663.40.41.827900.2550.4760.4100
1.66-1.73.50.3292.227530.2040.3880.32999.7
1.7-1.753.40.2582.827000.1610.3050.25899.6
1.75-1.83.40.213.425570.1320.2480.2199.8
1.8-1.863.30.174.225270.1090.2020.1799.8
1.86-1.933.10.1325.424200.0890.160.13299.7
1.93-23.40.1066.723320.0670.1260.10699.1
2-2.083.40.088822390.0550.1040.08899
2.08-2.183.40.0759.221720.0470.0890.07599
2.18-2.283.30.06510.420420.0420.0770.06599.1
2.28-2.413.20.05711.519950.0380.0690.05799.6
2.41-2.553.30.05112.418720.0330.0610.05199.2
2.55-2.733.50.04913.117460.030.0580.04999.5
2.73-2.953.50.04413.616370.0280.0520.04499.7
2.95-3.233.40.04313.815030.0270.0510.04399.4
3.23-3.613.10.04114.113660.0280.050.04199.6
3.61-4.173.50.03913.812120.0250.0460.03999.6
4.17-5.13.50.03814.810440.0240.0450.03899.8
5.1-7.223.10.03713.38010.0240.0440.03799.7
7.22-38.7823.50.03216.84540.020.0380.03298.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SCALA3.3.16データスケーリング
PHENIX1.19.2_4158精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
xia20.3.1.6データ削減
REFMAC位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.61→38.78 Å / SU ML: 0.15 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 21.27 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2057 1909 5 %
Rwork0.1655 36234 -
obs0.1676 38143 99.49 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 64.04 Å2 / Biso mean: 24.9512 Å2 / Biso min: 9.75 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.61→38.78 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2328 0 41 226 2595
Biso mean--26.1 33.68 -
残基数----293
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.61-1.650.26621370.21152546100
1.65-1.70.21831260.19292616100
1.7-1.750.21221230.1811260599
1.75-1.810.24561350.17822545100
1.81-1.870.23831250.17922608100
1.87-1.940.24051260.17922602100
1.94-2.030.21411350.1578258199
2.03-2.140.19961370.1575254799
2.14-2.270.20411210.1616259299
2.27-2.450.21191370.1635258599
2.45-2.70.21071370.1718259399
2.7-3.090.20441590.16662593100
3.09-3.890.1911550.1504257599
3.89-38.780.19251560.16432646100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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