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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7fdf | ||||||
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タイトル | The E145S mutant of the regulatory domain of YeiE, a sulfite sensing LysR-type transcriptional regulator from Cronobacter sakazakii (sulfate-bound form) | ||||||
![]() | LysR family transcriptional regulator | ||||||
![]() | DNA BINDING PROTEIN / LysR-type transcriptional regulator / LTTR / Cronobacter sakazakii / sulfite | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Hong, S. / Ha, N.-C. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Crystal structures of YeiE from Cronobacter sakazakii and the role of sulfite tolerance in gram-negative bacteria. 著者: Hong, S. / Kim, J. / Cho, E. / Na, S. / Yoo, Y.J. / Cho, Y.H. / Ryu, S. / Ha, N.C. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 66 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 37.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 7erpSC ![]() 7erqC C: 同じ文献を引用 ( S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 23221.934 Da / 分子数: 1 / 変異: E145S / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: FZH93_18715, FZI36_01190, FZI41_05255, HZZ03_13430 発現宿主: ![]() ![]() |
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#2: 化合物 | ChemComp-SO4 / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.76 % |
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結晶化 | 温度: 287.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.1M HEPES pH 7.5, 0.2M MgCl2, 19% (v/v) PEG 3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100.15 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年7月13日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.05→50 Å / Num. obs: 14880 / % possible obs: 97.1 % / 冗長度: 22.2 % / Biso Wilson estimate: 20.77 Å2 / CC1/2: 1 / Rpim(I) all: 0.016 / Rrim(I) all: 0.083 / Net I/σ(I): 36.43 |
反射 シェル | 解像度: 2.05→2.09 Å / Mean I/σ(I) obs: 5.625 / Num. unique obs: 685 / CC1/2: 0.955 / Rpim(I) all: 0.087 / Rrim(I) all: 0.429 / % possible all: 89.8 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 7ERP 解像度: 2.05→35.59 Å / SU ML: 0.184 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.46 / 位相誤差: 19.6095 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 23.33 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.05→35.59 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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