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- PDB-7fdd: A Crystal structure of OspA mutant -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7fdd
タイトルA Crystal structure of OspA mutant
要素Outer surface protein A
キーワードLIPOPROTEIN / Outer surface protein A / LIPID BINDING PROTEIN
機能・相同性Outer surface lipoprotein, Borrelia / Outer surface lipoprotein domain superfamily / Borrelia lipoprotein / cell outer membrane / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / cell surface / membrane / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Outer surface protein A
機能・相同性情報
生物種Borreliella burgdorferi (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Shiga, S. / Makabe, K.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2024
タイトル: beta-Strand-mediated Domain-swapping in the Absence of Hydrophobic Core Repacking.
著者: Kiya, M. / Shiga, S. / Ding, P. / Koide, S. / Makabe, K.
履歴
登録2021年7月16日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年7月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.22024年2月21日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Outer surface protein A
B: Outer surface protein A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,4234
ポリマ－51,2112
非ポリマー2122
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, dimer (in crystal)
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1610 Å2
ΔGint-4 kcal/mol
Surface area25480 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)65.691, 128.806, 65.777
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 118.868, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

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要素

#1: タンパク質 Outer surface protein A


分子量: 25605.525 Da / 分子数: 2
変異: E37S, E45S, K46S, K48A, K60A, K64S, K83A, E104S, K107S, Deletion 117-119, insertion GG, Deletion 124-127, Deletion 130-133, insertion TTT, K239S, E240S, K254S
由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Borreliella burgdorferi (バクテリア)
遺伝子: OspA, BB_A15 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P0CL66
#2: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.76 Å3/Da / 溶媒含有率: 74.15 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: Protein (16.0 mg/mL) 36% Polyethylene glycol 400, 0.1 M Imidazole (pH7.0)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-5A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年5月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→19.49 Å / Num. obs: 19789 / % possible obs: 93.4 % / 冗長度: 3.1 % / Biso Wilson estimate: 64.66 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.073 / Net I/σ(I): 11.5
反射 シェル解像度: 2.9→3 Å / 冗長度: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.459 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique obs: 5091 / % possible all: 84.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.1_4122精密化
Coot0.8.9.2モデル構築
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6LJY

6ljy


解像度: 2.9→19.49 Å / SU ML: 0.5099 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.39 / 位相誤差: 34.727
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2997 966 4.88 %
Rwork0.2695 18811 -
obs0.271 19777 93.31 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 66.29 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→19.49 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3508 0 14 0 3522
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00173536
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.50914766
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0422612
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0018592
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.27361304
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.9-3.050.43391420.39212393X-RAY DIFFRACTION84.95
3.05-3.240.46281230.37852586X-RAY DIFFRACTION89.67
3.24-3.490.3378990.33672689X-RAY DIFFRACTION91.89
3.49-3.840.35941720.29612697X-RAY DIFFRACTION94.84
3.84-4.390.29631320.2632809X-RAY DIFFRACTION96.58
4.39-5.510.25171390.22342783X-RAY DIFFRACTION96.85
5.51-19.490.23571590.22252854X-RAY DIFFRACTION98.27
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 21.3249549898 Å / Origin y: 15.9062406374 Å / Origin z: 17.4095804677 Å
111213212223313233
T0.530764055674 Å20.019987399137 Å2-0.00801364897591 Å2-0.522964853775 Å20.0024285791834 Å2--0.42065578258 Å2
L0.540618029328 °20.0818162121154 °2-0.062620124827 °2-0.678489614654 °20.0766887573222 °2--0.214592198966 °2
S0.0263837060687 Å °0.00523081129348 Å °0.0551152820632 Å °-0.0593936207354 Å °-0.0561647146879 Å °-0.0735338297079 Å °0.0248894842298 Å °-0.045335420391 Å °0.0455803254474 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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