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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7fd7 | |||||||||||||||
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タイトル | The 1.00 angstrom X-ray structure of the human heart fatty acid-binding protein complexed with perfluoroheptanoic acid | |||||||||||||||
要素 | Fatty acid-binding protein, heart | |||||||||||||||
キーワード | LIPID BINDING PROTEIN / FABP / Complex / Binding protein (結合タンパク質) / perfluoroheptanoic acid | |||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 positive regulation of long-chain fatty acid import into cell / regulation of phosphatidylcholine biosynthetic process / regulation of fatty acid oxidation / positive regulation of phospholipid biosynthetic process / intracellular lipid transport / oleic acid binding / phospholipid homeostasis / long-chain fatty acid binding / Triglyceride catabolism / long-chain fatty acid transport ...positive regulation of long-chain fatty acid import into cell / regulation of phosphatidylcholine biosynthetic process / regulation of fatty acid oxidation / positive regulation of phospholipid biosynthetic process / intracellular lipid transport / oleic acid binding / phospholipid homeostasis / long-chain fatty acid binding / Triglyceride catabolism / long-chain fatty acid transport / brown fat cell differentiation / cytoskeletal protein binding / cholesterol homeostasis / negative regulation of cell population proliferation / extracellular space / extracellular exosome / 細胞核 / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1 Å | |||||||||||||||
データ登録者 | Sugiyama, S. / Kakinouchi, K. / Hara, T. / Nakano, R. / Matsuoka, S. / Tsuchikawa, H. / Sonoyama, M. / Inoue, Y. / Hayashi, F. / Murata, M. | |||||||||||||||
資金援助 | 日本, 4件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: The 1.00 angstrom X-ray structure of the human heart fatty acid-binding protein complexed with perfluoroheptanoic acid 著者: Sugiyama, S. / Kakinouchi, K. / Hara, T. / Nakano, R. / Matsuoka, S. / Tsuchikawa, H. / Sonoyama, M. / Inoue, Y. / Hayashi, F. / Murata, M. | |||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7fd7.cif.gz | 91.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7fd7.ent.gz | 68.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7fd7.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fd/7fd7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fd/7fd7 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 3wvmS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 14879.022 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FABP3, FABP11, MDGI / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P05413 | ||||||
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#2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-1PE / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.52 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 0.1M Tris-HCl (pH 8.0 or 8.5), 55% PEG 400 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL38B1 / 波長: 0.8 Å |
検出器 | タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2014年10月8日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.8 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1→50 Å / Num. obs: 68057 / % possible obs: 96.3 % / 冗長度: 4.6 % / Rmerge(I) obs: 0.085 / Net I/σ(I): 14.3 |
反射 シェル | 解像度: 1→1.02 Å / Rmerge(I) obs: 0.279 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique obs: 2960 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 3WVM 解像度: 1→28.84 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.978 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.967 / SU B: 0.666 / SU ML: 0.015 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.022 / ESU R Free: 0.024 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 14.601 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 1→28.84 Å
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拘束条件 |
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