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- PDB-7fcn: Crystal strcture of PirA insecticidal protein from Photorhabdus a... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7fcn
タイトルCrystal strcture of PirA insecticidal protein from Photorhabdus akhurstii
要素Insecticidal protein
キーワードTOXIN / Insecticidal protein / single domain / PirA
機能・相同性: / PirA-like / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Chem-PG6 / Insecticidal protein
機能・相同性情報
生物種Photorhabdus akhurstii (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Prashar, A. / Kumar, A. / Kinkar, O. / Hire, R.S. / Makde, R.D.
引用ジャーナル: Insect Biochem.Mol.Biol. / 年: 2023
タイトル: Crystal structures of PirA and PirB toxins from Photorhabdus akhurstii subsp. akhurstii K-1
著者: Prashar, A. / Kinkar, O.U. / Kumar, A. / Hadapad, A.B. / Makde, R.D. / Hire, R.S.
履歴
登録2021年7月15日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年7月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月25日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年11月29日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Insecticidal protein
B: Insecticidal protein
C: Insecticidal protein
D: Insecticidal protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,15636
ポリマ－52,2624
非ポリマー1,89332
水7,080393
1
A: Insecticidal protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,4636
ポリマ－13,0661
非ポリマー3975
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Insecticidal protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,16118
ポリマ－13,0661
非ポリマー1,09517
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Insecticidal protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,3526
ポリマ－13,0661
非ポリマー2865
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Insecticidal protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,1816
ポリマ－13,0661
非ポリマー1155
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)118.775, 118.775, 53.873
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number91
Space group name H-MP4122
Space group name HallP4w2c
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x,z+1/4
#3: y,-x,z+3/4
#4: x,-y,-z+1/2
#5: -x,y,-z
#6: -x,-y,z+1/2
#7: y,x,-z+3/4
#8: -y,-x,-z+1/4
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-201-

PG6

21A-204-

NA

31B-202-

PEG

41B-212-

NA

51D-201-

NA

61A-301-

HOH

71A-321-

HOH

81A-386-

HOH

91B-335-

HOH

101B-364-

HOH

111B-401-

HOH

121C-403-

HOH

131D-381-

HOH

141D-386-

HOH

151D-392-

HOH

161D-393-

HOH

171D-394-

HOH

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
Insecticidal protein


分子量: 13065.579 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Photorhabdus akhurstii (バクテリア)
遺伝子: pirA / プラスミド: pST50Tr / 詳細 (発現宿主): pET3a-based / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): pLysS / 参照: UniProt: G5DBH3

-
非ポリマー , 6種, 425分子

#2: 化合物 ChemComp-PG6 / 1-(2-METHOXY-ETHOXY)-2-{2-[2-(2-METHOXY-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHANE / ペンタグリム


分子量: 266.331 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H26O6
#3: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 20 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#6: 化合物 ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル


分子量: 194.226 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 393 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 1.82 Å3/Da / 溶媒含有率: 32.34 %
結晶化温度: 293 K / 手法: マイクロバッチ法
詳細: 0.8 M Potasium sodium tartrate tetrahydrate, 0.1 M Tris-Cl pH 8.5, 0.5 % (w/v) Polyethelene glycol MME

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: RRCAT INDUS-2 / ビームライン: PX-BL21 / 波長: 0.9789 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2021年7月7日 / 詳細: Mirror
放射モノクロメーター: Si111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9789 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→37.56 Å / Num. obs: 51378 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 26.1 % / Biso Wilson estimate: 19.21 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.074 / Rpim(I) all: 0.015 / Rrim(I) all: 0.076 / Net I/σ(I): 34.6
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all% possible all
8.76-37.5619.80.018106.738510.0040.01999.1
1.6-1.6326.21.353325200.8570.2681.379100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
PHENIXモデル構築
PHENIX1.19.2_4158精密化
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3X0T

3x0t


解像度: 1.6→37.56 Å / SU ML: 0.174 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 18.8635
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1939 2555 4.98 %
Rwork0.1659 48782 -
obs0.1673 51337 99.97 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 23.81 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→37.56 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3166 0 115 393 3674
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00683414
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.85664633
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0633527
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0076576
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d8.7658493
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.6-1.630.30921470.24292688X-RAY DIFFRACTION100
1.63-1.660.2571180.22242660X-RAY DIFFRACTION100
1.66-1.70.25871390.20162677X-RAY DIFFRACTION100
1.7-1.740.21151440.19232672X-RAY DIFFRACTION100
1.74-1.780.23561400.17242673X-RAY DIFFRACTION100
1.78-1.830.21951350.17252658X-RAY DIFFRACTION100
1.83-1.890.18841380.17232684X-RAY DIFFRACTION99.96
1.89-1.950.2041530.1692674X-RAY DIFFRACTION99.93
1.95-2.020.21621350.16042676X-RAY DIFFRACTION100
2.02-2.10.18431430.15062686X-RAY DIFFRACTION99.96
2.1-2.190.17891240.15292712X-RAY DIFFRACTION99.96
2.19-2.310.21551260.16162704X-RAY DIFFRACTION100
2.31-2.450.18461590.17242719X-RAY DIFFRACTION100
2.45-2.640.20061390.17192707X-RAY DIFFRACTION99.96
2.64-2.910.22781560.17472729X-RAY DIFFRACTION100
2.91-3.330.19871590.15562738X-RAY DIFFRACTION100
3.33-4.190.15071590.1432775X-RAY DIFFRACTION100
4.19-37.560.17931410.17212950X-RAY DIFFRACTION99.71
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.587581307581.635110202484.974155774121.788559908891.975531259945.43198876022-0.5005441100850.4155827935530.969974522680.2427909710380.0245569430132-0.0770882954218-0.8159366436820.9446760316650.6036538801630.357536907001-0.108979466268-0.07504008909130.3981621431570.04673452778410.484726416827-26.5180295158-41.0100717906-8.62834198733
21.751966954623.738492950420.6116255194437.990515868691.167997911891.848754439490.0784675770160.587161081918-0.7079837740120.007017570435160.0641532085749-0.4195576650860.0352175143431-0.113721538645-0.04852084835460.1262022561590.0201554013147-0.01685249169660.172012583664-0.03536481400130.149821367591-28.3620367782-51.9892823621-9.93583680331
34.63969592158-0.498321991078-0.4500723715711.346392556390.4126231362011.90236970982-0.0657286872258-0.2464517324880.345678319338-0.04558128123460.01227517819450.0115892384951-0.155370649820.0632974452233.90160212725E-50.1483799602790.0149768881439-0.02094940258320.0875066590374-0.02373649189780.175733288321-17.1341783707-45.3026644185-3.54007581766
44.2484008756-2.16497325018-0.4341060586612.049130119970.5566876548641.74809808052-0.0217443951819-0.141204206667-0.07340269798130.03145280660710.02516664597060.0497132369335-0.0082013577575-0.05253997516420.02150278520770.11126850484-0.00852277031056-0.00400114787480.145588643556-0.02636785174310.116421306965-19.7761145175-53.5336447088-1.71123505229
54.41591349515-0.69506822581-0.3237601747244.03186552333-0.5905217929991.96173672746-0.03718437786980.0383035271887-0.294348089445-0.09113719773140.122363406866-0.545058540790.363685017070.1839746255410.1002917068860.1339870465680.01283788905660.01706929554280.180287978163-0.03120318484290.216676267655-10.4779400439-59.0810789147-5.93555991195
63.090518840750.5288940170810.5979340964111.511115910070.05081573076551.46196338411-0.0458508710171-0.2231954175710.1498790804740.102409085691-0.02149882616570.0182564896694-0.0630555065299-0.0789236046330.03416612217680.1191532377220.0201463147029-0.01129799870620.150058607134-0.03658279538230.137155508743-19.587695656-49.15330911860.41375840911
77.292484996432.142615299260.6509437602163.760170777190.2973869638330.66007003557-0.0774089803029-0.0104761336320.745164121441-0.0798071504465-0.047491782380.384099034201-0.171185751642-0.08767138758070.1394381461090.1690075002560.0232170742156-0.002106407108760.211012468368-0.04654491340190.201928498886-30.5437421011-45.7655785056-4.80182366244
86.856270606244.583923127512.911063301113.265595283591.583665562661.914083855050.0978806512109-0.487899242819-0.4257066833990.444348470365-0.3188438088110.5019402556691.03620513025-1.074935879030.2889257280650.430730119148-0.126630528970.07540767526940.387077291239-0.04415246628720.378964489699-19.2958580712-32.646532989325.4997968554
95.412371547955.335515413940.5774796198645.349328788660.5720484131751.784818663730.203667176122-0.09329481208880.0209172101640.332047158457-0.2340714937460.007195685285040.0664676021257-0.04216492928260.04835010239990.1763455045920.0158051326499-0.01194762256770.109834755877-0.01948219846980.132988674076-7.82936246156-31.580659996824.6097972583
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精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 39 through 45 )AA39 - 451 - 7
22chain 'A' and (resid 46 through 53 )AA46 - 538 - 15
33chain 'A' and (resid 54 through 77 )AA54 - 7716 - 39
44chain 'A' and (resid 78 through 86 )AA78 - 8640 - 48
55chain 'A' and (resid 87 through 97 )AA87 - 9749 - 59
66chain 'A' and (resid 98 through 125 )AA98 - 12560 - 87
77chain 'A' and (resid 126 through 138 )AA126 - 13888 - 100
88chain 'B' and (resid 39 through 45 )BC39 - 451 - 7
99chain 'B' and (resid 46 through 53 )BC46 - 538 - 15
1010chain 'B' and (resid 54 through 72 )BC54 - 7216 - 34
1111chain 'B' and (resid 73 through 77 )BC73 - 7735 - 39
1212chain 'B' and (resid 78 through 86 )BC78 - 8640 - 48
1313chain 'B' and (resid 87 through 102 )BC87 - 10249 - 64
1414chain 'B' and (resid 103 through 109 )BC103 - 10965 - 71
1515chain 'B' and (resid 110 through 125 )BC110 - 12572 - 87
1616chain 'B' and (resid 126 through 138 )BC126 - 13888 - 100
1717chain 'C' and (resid 39 through 45 )CH39 - 451 - 7
1818chain 'C' and (resid 46 through 53 )CH46 - 538 - 15
1919chain 'C' and (resid 54 through 66 )CH54 - 6616 - 28
2020chain 'C' and (resid 67 through 72 )CH67 - 7229 - 34
2121chain 'C' and (resid 73 through 77 )CH73 - 7735 - 39
2222chain 'C' and (resid 78 through 102 )CH78 - 10240 - 64
2323chain 'C' and (resid 103 through 109 )CH103 - 10965 - 71
2424chain 'C' and (resid 110 through 125 )CH110 - 12572 - 87
2525chain 'C' and (resid 126 through 138 )CH126 - 13888 - 100
2626chain 'D' and (resid 39 through 45 )DJ39 - 451 - 7
2727chain 'D' and (resid 46 through 53 )DJ46 - 538 - 15
2828chain 'D' and (resid 54 through 66 )DJ54 - 6616 - 28
2929chain 'D' and (resid 67 through 86 )DJ67 - 8629 - 48
3030chain 'D' and (resid 87 through 102 )DJ87 - 10249 - 64
3131chain 'D' and (resid 103 through 109 )DJ103 - 10965 - 71
3232chain 'D' and (resid 110 through 125 )DJ110 - 12572 - 87
3333chain 'D' and (resid 126 through 138 )DJ126 - 13888 - 100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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