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- PDB-7fdp: Crystal structure of PirB insecticidal protein from Photorhabdus ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7fdp
タイトルCrystal structure of PirB insecticidal protein from Photorhabdus akhurstii
要素Insecticidal protein
キーワードTOXIN / Insecticidal protein / two-domain / PirB
機能・相同性Pesticidal crystal protein, N-terminal / Pesticidal crystal protein, N-terminal domain superfamily / delta endotoxin, N-terminal domain / symbiont-mediated killing of host cell / sporulation resulting in formation of a cellular spore / toxin activity / Insecticidal protein
機能・相同性情報
生物種Photorhabdus akhurstii (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Prashar, A. / Kinkar, O. / Kumar, A. / Hire, R.S. / Makde, R.D.
引用ジャーナル: Insect Biochem.Mol.Biol. / 年: 2023
タイトル: Crystal structures of PirA and PirB toxins from Photorhabdus akhurstii subsp. akhurstii K-1
著者: Prashar, A. / Kinkar, O.U. / Kumar, A. / Hadapad, A.B. / Makde, R.D. / Hire, R.S.
履歴
登録2021年7月17日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年7月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月25日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年11月29日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Insecticidal protein
B: Insecticidal protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)92,6862
ポリマ－92,6862
非ポリマー00
水11,530640
1
A: Insecticidal protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,3431
ポリマ－46,3431
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Insecticidal protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,3431
ポリマ－46,3431
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)73.802, 89.274, 124.657
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

#1: タンパク質 Insecticidal protein


分子量: 46343.016 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Photorhabdus akhurstii (バクテリア)
遺伝子: pirB / プラスミド: pST50Tr / 詳細 (発現宿主): pET3a-based / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): pLysS / 参照: UniProt: G5DBH4
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 640 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.6 %
解説: THE ENTRY CONTAINS FRIEDEL PAIRS IN I/F_PLUS/MINUS COLUMNS.
結晶化温度: 293 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 4.2
詳細: 0.2 M sodium chloride, 0.1 M phosphate-Citrate buffer pH 4.2, 20% PEG8000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: RRCAT INDUS-2 / ビームライン: PX-BL21 / 波長: 0.97947 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2019年10月17日 / 詳細: Mirror
放射モノクロメーター: Si111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97947 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→47.62 Å / Num. obs: 48762 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 7.2 % / Biso Wilson estimate: 23.68 Å2 / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.148 / Rpim(I) all: 0.059 / Rrim(I) all: 0.159 / Χ2: 1.01 / Net I/σ(I): 9.9
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
8.91-47.626.30.06725.47340.9950.0290.0731.0899.4
2.1-2.166.70.6322.938590.8240.2610.6850.8998.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
PHENIXモデル構築
PHENIX1.18.2_3874精密化
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3X0U

3x0u


解像度: 2.1→36.52 Å / SU ML: 0.2367 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 22.3055
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2314 2436 5 %
Rwork0.1917 46248 -
obs0.1937 48684 99.82 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 24.75 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→36.52 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6256 0 0 640 6896
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00236372
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.52418635
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0405975
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00321118
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.4736875
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.1-2.140.28721430.22722587X-RAY DIFFRACTION97.78
2.14-2.190.29821360.2272732X-RAY DIFFRACTION99.97
2.19-2.240.29781340.23712690X-RAY DIFFRACTION100
2.24-2.30.26961490.23292671X-RAY DIFFRACTION100
2.3-2.360.25561300.22322699X-RAY DIFFRACTION100
2.36-2.430.31550.21642675X-RAY DIFFRACTION99.93
2.43-2.510.27781400.22022711X-RAY DIFFRACTION100
2.51-2.60.26051690.21792673X-RAY DIFFRACTION100
2.6-2.70.27631590.21372688X-RAY DIFFRACTION100
2.7-2.820.2271180.21292729X-RAY DIFFRACTION99.96
2.82-2.970.24721490.21262719X-RAY DIFFRACTION99.97
2.97-3.160.241210.20982728X-RAY DIFFRACTION99.96
3.16-3.40.26261440.19652737X-RAY DIFFRACTION99.9
3.4-3.740.21071410.18262753X-RAY DIFFRACTION99.97
3.74-4.280.18061610.15712738X-RAY DIFFRACTION99.83
4.28-5.390.16291310.14272796X-RAY DIFFRACTION99.93
5.39-36.520.19581560.16092922X-RAY DIFFRACTION99.87
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 25.511748404 Å / Origin y: -8.72025553449 Å / Origin z: 24.6222936792 Å
111213212223313233
T0.189284785011 Å2-0.00158609796293 Å20.00633547716034 Å2-0.202104463622 Å2-0.000794903609023 Å2--0.178204516668 Å2
L0.137231028668 °2-0.0204965636061 °2-0.0206391961468 °2-0.343361579989 °2-0.0474728977848 °2--0.260300434002 °2
S0.0205456453079 Å °0.00234269853701 Å °-0.00702348847929 Å °-0.0123809022248 Å °0.00275086097212 Å °-0.0080162291864 Å °-0.0344731596541 Å °-0.0269956423034 Å °-0.0240749447945 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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