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- PDB-7fc9: Crystal structure of CmABCB1 in lipidic mesophase revealed by LCP-SFX -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7fc9
タイトルCrystal structure of CmABCB1 in lipidic mesophase revealed by LCP-SFX
要素Probable ATP-dependent transporter ycf16
キーワードTRANSPORT PROTEIN / multi-drug exporter
機能・相同性
機能・相同性情報


oligopeptide export from mitochondrion / ABC-type oligopeptide transporter activity / mitochondrial inner membrane / ATP hydrolysis activity / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Type 1 protein exporter / ABC transporter transmembrane region / ABC transporter type 1, transmembrane domain / ABC transporter integral membrane type-1 fused domain profile. / ABC transporter type 1, transmembrane domain superfamily / ABC transporter-like, conserved site / ABC transporters family signature. / ABC transporter / ABC transporter-like, ATP-binding domain / ATP-binding cassette, ABC transporter-type domain profile. ...Type 1 protein exporter / ABC transporter transmembrane region / ABC transporter type 1, transmembrane domain / ABC transporter integral membrane type-1 fused domain profile. / ABC transporter type 1, transmembrane domain superfamily / ABC transporter-like, conserved site / ABC transporters family signature. / ABC transporter / ABC transporter-like, ATP-binding domain / ATP-binding cassette, ABC transporter-type domain profile. / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / Probable ATP-dependent transporter ycf16
類似検索 - 構成要素
生物種Cyanidioschyzon merolae (真核生物)
手法X線回折 / 自由電子レーザー / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Pan, D. / Oyama, R. / Sato, T. / Nakane, T. / Mizunuma, R. / Matsuoka, K. / Joti, Y. / Tono, K. / Nango, E. / Iwata, S. ...Pan, D. / Oyama, R. / Sato, T. / Nakane, T. / Mizunuma, R. / Matsuoka, K. / Joti, Y. / Tono, K. / Nango, E. / Iwata, S. / Nakatsu, T. / Kato, H.
資金援助 日本, 1件
組織認可番号国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS) 日本
引用ジャーナル: Iucrj / 年: 2022
タイトル: Crystal structure of CmABCB1 multi-drug exporter in lipidic mesophase revealed by LCP-SFX.
著者: Pan, D. / Oyama, R. / Sato, T. / Nakane, T. / Mizunuma, R. / Matsuoka, K. / Joti, Y. / Tono, K. / Nango, E. / Iwata, S. / Nakatsu, T. / Kato, H.
履歴
登録2021年7月14日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年2月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月6日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_related_exp_data_set
Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z
改定 1.22023年11月29日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Probable ATP-dependent transporter ycf16
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,44916
ポリマ－64,1761
非ポリマー1,27315
水2,666148
1
A: Probable ATP-dependent transporter ycf16
ヘテロ分子

A: Probable ATP-dependent transporter ycf16
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)130,89832
ポリマ－128,3512
非ポリマー2,54730
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_555-x,y,-z+1/21
Buried area21500 Å2
ΔGint-711 kcal/mol
Surface area45300 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)74.900, 285.900, 86.800
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Probable ATP-dependent transporter ycf16


分子量: 64175.621 Da / 分子数: 1 / 変異: Q147A, T381A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Cyanidioschyzon merolae (strain 10D) (真核生物)
株: 10D / 遺伝子: CYME_CMD148C / 発現宿主: Komagataella phaffii (菌類) / 参照: UniProt: M1VAN7

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非ポリマー , 6種, 163分子

#2: 化合物 ChemComp-ANP / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / AMP-PNP


分子量: 506.196 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N6O12P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
コメント: AMP-PNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#3: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 148 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.62 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.03 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 脂質キュービック相法
詳細: Micro-crystals were generated by incubation of 50 microL LCP containing the protein and 7.7 MAG/cholesterol in a 1.5 mL tube with 0.7 mL crystallization solution containing 26-30% 1,4- ...詳細: Micro-crystals were generated by incubation of 50 microL LCP containing the protein and 7.7 MAG/cholesterol in a 1.5 mL tube with 0.7 mL crystallization solution containing 26-30% 1,4-butanediol, 0.1 M Tris pH 7.9, 0.2 M zinc acetate.

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データ収集

回折平均測定温度: 298 K / Serial crystal experiment: Y
放射光源由来: 自由電子レーザー / サイト: SACLA / ビームライン: BL3 / 波長: 1.771 Å
検出器タイプ: MPCCD / 検出器: CCD / 日付: 2015年11月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.771 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→45.45 Å / Num. obs: 47845 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 2149 % / CC star: 0.9996 / R split: 0.0567 / Net I/σ(I): 12.37
反射 シェル解像度: 2.22→2.26 Å / 冗長度: 591 % / Mean I/σ(I) obs: 1.43 / Num. unique obs: 2335 / CC star: 0.7709 / R split: 0.8484 / % possible all: 100
Serial crystallography sample delivery手法: injection

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
CrystFEL0.9.0データ削減
CrystFEL0.9.0データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6A6M

6a6m


解像度: 2.2→20.001 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.958 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.946 / WRfactor Rfree: 0.206 / WRfactor Rwork: 0.18 / Average fsc free: 0.9135 / Average fsc work: 0.921 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.18 / ESU R Free: 0.156 / 詳細: Hydrogens have not been used
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2179 2491 5.216 %
Rwork0.1922 45270 -
all0.194 --
obs-47761 99.812 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 63.481 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.473 Å2-0 Å20 Å2
2---1.672 Å2-0 Å2
3---0.199 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→20.001 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4448 0 48 148 4644
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0124567
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4121.6236194
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.385583
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg3320.889225
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.67715744
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.5581536
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0550.2597
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.023426
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1940.21717
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.2850.23191
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1420.2166
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.1050.217
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.1990.2123
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.1720.225
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined0.0840.21
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.5876.1492336
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.9219.2222917
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.386.5542231
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.4189.6733277
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it7.92582.0846537
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRfactor allNum. reflection allFsc freeFsc work% reflection obs (%)WRfactor Rwork
2.2-2.2560.3011680.29532580.29634260.7980.8011000.278
2.256-2.3170.2811610.26932150.2733760.8390.8471000.244
2.317-2.3840.2531750.24630960.24732710.880.891000.219
2.384-2.4560.2711750.23330140.23531890.8880.8981000.201
2.456-2.5350.241790.22129110.22230900.9010.9131000.188
2.535-2.6230.2451430.20728420.20929850.9150.9231000.172
2.623-2.720.2361430.20227710.20429140.9140.9331000.171
2.72-2.8290.2311570.18526190.18727760.9320.9441000.155
2.829-2.9520.2261460.18425460.18626920.9270.9451000.158
2.952-3.0930.1821350.17624460.17625810.9580.9551000.152
3.093-3.2560.2071350.17923280.18124630.9480.9541000.162
3.256-3.4470.1941150.17122020.17223170.950.9581000.155
3.447-3.6780.1781020.16320900.16321920.9580.9621000.152
3.678-3.9610.183940.16319830.16420770.9580.9611000.158
3.961-4.3220.187990.16818010.16919000.9550.9621000.168
4.322-4.8040.206870.17816670.17917540.9510.9561000.18
4.804-5.4950.211860.20614650.20615510.9430.9491000.21
5.495-6.6070.255750.23212760.23313510.9330.9381000.234
6.607-8.8720.216680.18310270.18510950.9510.9641000.196
8.872-20.0010.245440.197020.1947470.9520.94799.86610.206

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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