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- PDB-7fc7: Acyl-Coenzyme A Binding Protein 96 (LMJ_17_0780) of Leishmania Ma... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7fc7
タイトルAcyl-Coenzyme A Binding Protein 96 (LMJ_17_0780) of Leishmania Major in complex with Coenzyme A
要素ACB domain-containing protein
キーワードLIPID BINDING PROTEIN / Fatty-acyl-coA-binding protein
機能・相同性
機能・相同性情報


fatty-acyl-CoA binding / ciliary plasm / fatty acid metabolic process / nucleoplasm / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Acyl-CoA-binding protein, ACBP / Acyl-CoA binding protein superfamily / Acyl CoA binding protein / Acyl-CoA-binding (ACB) domain profile. / FERM/acyl-CoA-binding protein superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
COENZYME A / ACB domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Leishmania major (大形リーシュマニア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Verma, S. / Makde, R.D. / Sundd, M.
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Acyl-Coenzyme A Binding Protein 96 (LMJ_17_0780) of Leishmania Major in complex with Coenzyme A
著者: Verma, S. / Makde, R.D. / Sundd, M.
履歴
登録2021年7月14日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年1月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ACB domain-containing protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,3542
ポリマ－10,5871
非ポリマー7681
水1086
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area720 Å2
ΔGint-0 kcal/mol
Surface area5860 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)44.376, 44.376, 77.350
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x-y,z+1/3
#3: -x+y,-x,z+2/3
#4: x-y,-y,-z+2/3
#5: -x,-x+y,-z+1/3
#6: y,x,-z

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要素

#1: タンパク質 ACB domain-containing protein


分子量: 10586.829 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Leishmania major (大形リーシュマニア)
遺伝子: LMJF_17_0780 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q4QED0
#2: 化合物 ChemComp-COA / COENZYME A / CoA


分子量: 767.534 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H36N7O16P3S
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.87 %
結晶化温度: 289.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5
詳細: 50mM Sodium Acetate buffer pH 4.5, 200mM Sodium chloride, 10mM Magnesium chloride, 30% PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Ambient temp details: Oxford Cryostream - 700 series / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: RRCAT INDUS-2 / ビームライン: PX-BL21 / 波長: 0.97949 Å
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2018年12月21日
放射モノクロメーター: Mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97949 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→38.67 Å / Num. obs: 6348 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 8.4 % / Biso Wilson estimate: 45.3 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.032 / Net I/σ(I): 30.4
反射 シェル解像度: 2→2.05 Å / Rmerge(I) obs: 0.91 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique obs: 456 / % possible all: 99.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18.2_3874精密化
XDSデータ削減
pointlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7DES

7des


解像度: 2.2→34.42 Å / SU ML: 0.227 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 32.892
立体化学のターゲット値: GEOSTD + MONOMER LIBRARY + CDL V1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.325 191 4.01 %
Rwork0.269 --
obs0.271 4762 99.1 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 68.98 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→34.42 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数733 0 48 6 787
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.002802
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.4761099
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.216299
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.037117
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.002136
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.2 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3251 191 -
Rwork0.2689 4571 -
obs--99 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.2732-2.9278-0.11212.7880.72021.9338-0.3147-1.3837-0.02020.77210.5549-0.2418-0.2832-0.2972-0.35470.7915-0.232-0.08890.79610.11820.581214.038-3.115514.1698
25.85-1.3413-2.8746.6824-2.20284.85910.7446-0.02550.02811.0104-0.45210.1168-0.4704-0.6837-0.2110.6034-0.1347-0.03890.39280.06240.331716.89134.0125.8519
37.4886-0.4159-4.61794.0456-3.49866.38210.454-0.975-0.34191.4281-0.3403-0.76220.0150.70810.02120.8004-0.3051-0.08670.51450.05010.435929.660513.72816.9896
47.8659-0.9758-4.80276.0299-6.16462.00850.191-1.71530.19151.1709-0.1148-0.4322-0.6673-0.88740.17731.629-0.4154-0.05771.12230.04940.57322.63799.275421.5737
58.5176-4.5661-1.81848.6708-0.68612.2220.15360.21020.2490.4556-0.24991.5632-0.9145-1.2384-0.12510.6496-0.1660.04050.74540.04630.51018.13533.776312.224
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN 'A' AND (RESID 1 THROUGH 15 )
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN 'A' AND (RESID 16 THROUGH 41 )
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN 'A' AND (RESID 42 THROUGH 66 )
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN 'A' AND (RESID 67 THROUGH 72 )
5X-RAY DIFFRACTION5CHAIN 'A' AND (RESID 73 THROUGH 96 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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