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万見
- PDB-7fbr: Solution structure of The first RNA binding domain of Matrin-3 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7fbr
タイトルSolution structure of The first RNA binding domain of Matrin-3
要素Matrin-3
キーワードRNA BINDING PROTEIN / RRM / ALS/FTD / nuclear matrix protein / Structural Genomics / PSI-2 / Protein Structure Initiative / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative / RSGI
機能・相同性
機能・相同性情報


heart valve development / blastocyst formation / miRNA binding / ventricular septum development / post-transcriptional regulation of gene expression / activation of innate immune response / nuclear matrix / innate immune response / zinc ion binding / identical protein binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
Matrin-3, RNA recognition motif 1 / Matrin-3, RNA recognition motif 2 / Matrin/U1-C, C2H2-type zinc finger / Zinc finger matrin-type profile. / Matrin/U1-C-like, C2H2-type zinc finger / U1-like zinc finger / RNA recognition motif / Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. / RNA recognition motif domain / RNA-binding domain superfamily / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Muto, Y. / Kobayashi, N. / Yokoyama, S. / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative (RSGI)
引用ジャーナル: Biomol.Nmr Assign. / 年: 2022
タイトル: 1 H, 13 C and 15 N resonance assignments and solution structures of the two RRM domains of Matrin-3.
著者: He, F. / Kuwasako, K. / Takizawa, M. / Takahashi, M. / Tsuda, K. / Nagata, T. / Watanabe, S. / Tanaka, A. / Kobayashi, N. / Kigawa, T. / Guntert, P. / Shirouzu, M. / Yokoyama, S. / Muto, Y.
履歴
登録2021年7月12日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年2月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年5月18日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年6月14日Group: Other / カテゴリ: pdbx_database_status / Item: _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 1.32024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Matrin-3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,3521
ポリマ－11,3521
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 200structures with favorable non-bond energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Matrin-3


分子量: 11351.972 Da / 分子数: 1 / 変異: S397R / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Matr3
発現宿主: Cell-free gateway cloning vector N-term 8xHis eGFP pCellFree_G03 (その他)
参照: UniProt: Q8K310

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験Sample state: isotropic / タイプ: 3D 13C,15N-SEPARATED NOESY SPECTRA

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試料調製

詳細タイプ: solution
内容: 1.0 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] RNA binding protein, 90% H2O/10% D2O
詳細: 1mM D-DTT;0.02% NaN3 were used to keep the protein condition
Label: 13C,15N_sample / 溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料濃度: 1.0 mM / 構成要素: RNA binding protein / Isotopic labeling: [U-99% 13C; U-99% 15N]
試料状態詳細: 20mM D-Tris-HCL (PH7.0); 100mM NaCl; 1mM D-DTT;0.02% NaN3
イオン強度: 100 mM / Label: conditions_1 / pH: 7 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker AVANCE / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 800 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
Amber12Case, Darden, Cheatham III, Simmerling, Wang, Duke, Luo, ... and Kollman精密化
CYANAGuntert, Mumenthaler and Wuthrichstructure calculation
KUJIRA0.863N. Kobayashi, T. Kigawa, S. Yokoyamachemical shift assignment
NMRView5.0.4Johnson, One Moon Scientificpeak picking
TopSpin2.1Bruker Biospincollection
TALOS2007Cornilescu, Delaglio and Baxgeometry optimization
NMRPipe2007Delaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
詳細: the structures are based on 2063 NOE-derived distance constrains, 41 main chain dihedral angle constraints based on TALOS program and 7 side chain dihedral constraints based on NOE pattern.
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with favorable non-bond energy
計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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