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- PDB-7fbq: Human CLIC1 in complex with NSC602247 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7fbq
タイトルHuman CLIC1 in complex with NSC602247
要素Chloride intracellular channel protein 1
キーワードOXIDOREDUCTASE/OXIDOREDUCTASE INHIBITOR / Human / chloride intracellular channel 1 / CLIC1 / SMALL MOLECULE INHIBITOR / NSC602247 / OXIDOREDUCTASE / OXIDOREDUCTASE-OXIDOREDUCTASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


chloride transport / chloride channel activity / brush border / chloride channel complex / positive regulation of osteoblast differentiation / regulation of mitochondrial membrane potential / platelet aggregation / nuclear envelope / nuclear membrane / vesicle ...chloride transport / chloride channel activity / brush border / chloride channel complex / positive regulation of osteoblast differentiation / regulation of mitochondrial membrane potential / platelet aggregation / nuclear envelope / nuclear membrane / vesicle / blood microparticle / cadherin binding / perinuclear region of cytoplasm / endoplasmic reticulum / signal transduction / mitochondrion / extracellular space / extracellular exosome / membrane / nucleus / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Chloride intracellular channel protein 1 / Intracellular chloride channel / Glutathione S-transferase, N-terminal domain / Glutathione S-transferase, C-terminal domain / Glutathione transferase family / Glutathione S-transferase, C-terminal-like / Soluble glutathione S-transferase C-terminal domain profile. / Glutathione S-transferase, N-terminal / Glutathione S-transferase, C-terminal domain superfamily / Thioredoxin-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-N70 / Chloride intracellular channel protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Kuila, S. / Sonkar, K.S. / Arulandu, A.
資金援助 インド, 3件
組織認可番号国
The University Grants Committee, Research Grants Council (RGC)21/06/2015(i)EU-V インド
Department of Biotechnology (DBT, India)BT/PR28080/BID/7/836/2018 インド
Department of Biotechnology (DBT, India)BT/PR28766/BRB/10/1701/2018 インド
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Human CLIC1 in complex with NSC602247
著者: Kuila, S. / Sonkar, K.S. / Arulandu, A.
履歴
登録2021年7月12日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年7月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Chloride intracellular channel protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,4212
ポリマ－27,1131
非ポリマー3081
水4,648258
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: light scattering, Oligomerization in the presence of inhibitor confirmed using Dynamic Light Scattering (DLS)
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area12140 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)42.004, 67.344, 81.375
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Chloride intracellular channel protein 1 / Chloride channel ABP / Nuclear chloride ion channel 27 / NCC27 / Regulatory nuclear chloride ion ...Chloride channel ABP / Nuclear chloride ion channel 27 / NCC27 / Regulatory nuclear chloride ion channel protein / hRNCC


分子量: 27112.812 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CLIC1, G6, NCC27 / プラスミド: pETM-30 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: O00299
#2: 化合物 ChemComp-N70 / 4-[[2-[(4-hydroxyphenyl)amino]-6-methyl-pyrimidin-4-yl]amino]phenol


分子量: 308.335 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H16N4O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 258 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.1 % / 解説: square plates
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: Protein: 25mg/ml in 50 mM Tris-HCl, 150 mM NaCl, Reservoir: 150 mM MgCL2, 21.5% PEG 6000, 100 mM MES pH 6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E+ SUPERBRIGHT / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2017年6月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→19.655 Å / Num. obs: 20809 / % possible obs: 94.5 % / 冗長度: 12.6 % / Biso Wilson estimate: 22.4 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.088 / Rpim(I) all: 0.026 / Net I/σ(I): 2.32
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) all% possible all
1.8-1.83511.60.7123.510410.8860.21184.4
5.102-1011.210400.99999

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.4 (11-DEC-2020)精密化
autoPROC1.0.5 (11-DEC-2020)data processing
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
PHASER2.8.3位相決定
Coot0.9.3モデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1K0M

1k0m


解像度: 1.8→19.655 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.942 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.922 / SU R Cruickshank DPI: 0.143 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.161 / SU Rfree Blow DPI: 0.135 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.128
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.207 1021 4.91 %RANDOM
Rwork0.183 ---
obs0.1898 20809 94.5 %-
原子変位パラメータBiso max: 202.08 Å2 / Biso mean: 25 Å2 / Biso min: 11.24 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.6736 Å20 Å20 Å2
2---8.0288 Å20 Å2
3---6.3552 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.23 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.8→19.655 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1847 0 23 258 2128
Biso mean--29.85 37.85 -
残基数----234
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d660SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes348HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it1909HARMONIC10
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion242SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact1944SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d1909HARMONIC20.008
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg2588HARMONIC20.85
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.08
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion16.76
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.835 Å / Rfactor Rfree error: 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2295 16 3.84 %
Rwork0.2884 401 -
obs--74.82 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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