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- PDB-7fb6: C57D/C146D mutant of Human Cu, Zn Superoxide Dismutase (SOD1) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7fb6
タイトルC57D/C146D mutant of Human Cu, Zn Superoxide Dismutase (SOD1)
要素Superoxide dismutase [Cu-Zn]
キーワードOXIDOREDUCTASE / Superoxide / oxidation / metalloprotein / hydrogen peroxide / filament / ALS
機能・相同性
機能・相同性情報


action potential initiation / neurofilament cytoskeleton organization / positive regulation of oxidative stress-induced intrinsic apoptotic signaling pathway / protein phosphatase 2B binding / regulation of organ growth / relaxation of vascular associated smooth muscle / response to superoxide / retrograde axonal transport / anterograde axonal transport / peripheral nervous system myelin maintenance ...action potential initiation / neurofilament cytoskeleton organization / positive regulation of oxidative stress-induced intrinsic apoptotic signaling pathway / protein phosphatase 2B binding / regulation of organ growth / relaxation of vascular associated smooth muscle / response to superoxide / retrograde axonal transport / anterograde axonal transport / peripheral nervous system myelin maintenance / regulation of protein kinase activity / regulation of T cell differentiation in thymus / retina homeostasis / superoxide anion generation / negative regulation of cholesterol biosynthetic process / auditory receptor cell stereocilium organization / hydrogen peroxide biosynthetic process / myeloid cell homeostasis / positive regulation of catalytic activity / muscle cell cellular homeostasis / regulation of GTPase activity / heart contraction / superoxide metabolic process / superoxide dismutase / negative regulation of reproductive process / Detoxification of Reactive Oxygen Species / negative regulation of developmental process / transmission of nerve impulse / superoxide dismutase activity / : / neuronal action potential / regulation of multicellular organism growth / response to axon injury / ectopic germ cell programmed cell death / positive regulation of superoxide anion generation / ovarian follicle development / positive regulation of phagocytosis / axon cytoplasm / glutathione metabolic process / embryo implantation / dendrite cytoplasm / Gene and protein expression by JAK-STAT signaling after Interleukin-12 stimulation / removal of superoxide radicals / reactive oxygen species metabolic process / thymus development / regulation of mitochondrial membrane potential / positive regulation of cytokine production / placenta development / locomotory behavior / determination of adult lifespan / sensory perception of sound / regulation of blood pressure / negative regulation of inflammatory response / response to hydrogen peroxide / mitochondrial intermembrane space / small GTPase binding / Platelet degranulation / peroxisome / protein-folding chaperone binding / gene expression / response to heat / cytoplasmic vesicle / spermatogenesis / response to ethanol / intracellular iron ion homeostasis / negative regulation of neuron apoptotic process / positive regulation of MAPK cascade / mitochondrial matrix / response to xenobiotic stimulus / positive regulation of apoptotic process / copper ion binding / neuronal cell body / apoptotic process / protein-containing complex / mitochondrion / extracellular space / zinc ion binding / extracellular exosome / extracellular region / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Copper/Zinc superoxide dismutase signature 1. / Superoxide dismutase, copper/zinc, binding site / Copper/Zinc superoxide dismutase signature 2. / Superoxide dismutase, copper/zinc binding domain / Copper/zinc superoxide dismutase (SODC) / Superoxide dismutase (Cu/Zn) / superoxide dismutase copper chaperone / Superoxide dismutase-like, copper/zinc binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
COPPER (II) ION / Superoxide dismutase [Cu-Zn]
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Baek, Y. / Ha, N.-C.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Commun Biol / 年: 2022
タイトル: Structural analysis of the overoxidized Cu/Zn-superoxide dismutase in ROS-induced ALS filament formation.
著者: Baek, Y. / Woo, T.G. / Ahn, J. / Lee, D. / Kwon, Y. / Park, B.J. / Ha, N.C.
履歴
登録2021年7月8日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年10月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年10月26日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Superoxide dismutase [Cu-Zn]
B: Superoxide dismutase [Cu-Zn]
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,7867
ポリマ－33,4932
非ポリマー2935
水2,792155
1
A: Superoxide dismutase [Cu-Zn]
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,9114
ポリマ－16,7461
非ポリマー1643
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area130 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area7750 Å2
手法PISA
2
B: Superoxide dismutase [Cu-Zn]
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,8753
ポリマ－16,7461
非ポリマー1292
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area120 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area7440 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)49.319, 48.554, 55.015
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 93.168, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

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要素

#1: タンパク質 Superoxide dismutase [Cu-Zn] / Superoxide dismutase 1 / hSod1


分子量: 16746.461 Da / 分子数: 2 / 変異: C57D/C146D / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SOD1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P00441, superoxide dismutase
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-CU / COPPER (II) ION


分子量: 63.546 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 155 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.96 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.36 %
結晶化温度: 287.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.2M MgCl2, 22% (w/v) PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100.15 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 5C (4A) / 波長: 0.97949 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2021年4月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97949 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→50 Å / Num. obs: 23316 / % possible obs: 96.7 % / 冗長度: 4.8 % / Biso Wilson estimate: 16.95 Å2 / CC1/2: 0.976 / Rpim(I) all: 0.045 / Rrim(I) all: 0.113 / Χ2: 0.972 / Net I/σ(I): 11.9671
反射 シェル解像度: 1.8→1.83 Å / 冗長度: 3.3 % / Mean I/σ(I) obs: 3.79 / Num. unique obs: 996 / CC1/2: 0.925 / CC star: 0.98 / Rpim(I) all: 0.139 / Rrim(I) all: 0.297 / Χ2: 1.133 / % possible all: 84.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.1_4122精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1PU0

1pu0


解像度: 1.8→36.38 Å / SU ML: 0.169 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.52 / 位相誤差: 20.5725
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.213 1024 4.81 %
Rwork0.1843 20276 -
obs0.1856 21300 88.15 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 20.86 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→36.38 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2191 0 5 155 2351
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00842241
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.10413023
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0744330
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0072410
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.8810
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.8-1.90.2498900.2091910X-RAY DIFFRACTION58.46
1.9-2.020.20831420.19382359X-RAY DIFFRACTION73.32
2.02-2.170.26111590.19872942X-RAY DIFFRACTION90.17
2.17-2.390.22591430.20163192X-RAY DIFFRACTION97.06
2.39-2.740.25941490.20433271X-RAY DIFFRACTION98.9
2.74-3.450.21741950.19463257X-RAY DIFFRACTION99.48
3.45-36.380.15961460.15473345X-RAY DIFFRACTION99.12

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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