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- PDB-7fb5: Crystal structure of FAM134B/GABARAP complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7fb5
タイトルCrystal structure of FAM134B/GABARAP complex
要素
  • Gamma-aminobutyric acid receptor-associated protein
  • Reticulophagy regulator 1
キーワードPROTEIN BINDING / MEMBRANE PROTEIN / ENDOPLASMIC RETICULUM / AUTOPHAGY
機能・相同性
機能・相同性情報


endoplasmic reticulum-autophagosome adaptor activity / TBC/RABGAPs / Macroautophagy / positive regulation of protein K48-linked ubiquitination / regulation of Rac protein signal transduction / GABA receptor binding / cis-Golgi network / phosphatidylethanolamine binding / endoplasmic reticulum organization / autophagy of mitochondrion ...endoplasmic reticulum-autophagosome adaptor activity / TBC/RABGAPs / Macroautophagy / positive regulation of protein K48-linked ubiquitination / regulation of Rac protein signal transduction / GABA receptor binding / cis-Golgi network / phosphatidylethanolamine binding / endoplasmic reticulum organization / autophagy of mitochondrion / cellular response to nitrogen starvation / reticulophagy / microtubule associated complex / regulation of neurotransmitter receptor localization to postsynaptic specialization membrane / beta-tubulin binding / axoneme / autophagosome membrane / white fat cell differentiation / autophagosome maturation / collagen catabolic process / autophagosome assembly / extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / mitophagy / smooth endoplasmic reticulum / GABA-ergic synapse / sperm midpiece / sensory perception of pain / autophagosome / microtubule cytoskeleton organization / actin cytoskeleton / protein transport / positive regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / cell body / cytoplasmic vesicle / microtubule binding / negative regulation of neuron apoptotic process / microtubule / lysosome / nuclear body / Golgi membrane / ubiquitin protein ligase binding / endoplasmic reticulum membrane / nucleolus / perinuclear region of cytoplasm / Golgi apparatus / endoplasmic reticulum / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Reticulophagy receptor 1/3 / Autophagy protein Atg8 ubiquitin-like / Autophagy protein Atg8 ubiquitin like / Ubiquitin-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Gamma-aminobutyric acid receptor-associated protein / Reticulophagy regulator 1
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.84 Å
データ登録者Zhao, J. / Li, J.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)21907033 中国
引用ジャーナル: Febs Open Bio / 年: 2022
タイトル: The crystal structure of the FAM134B-GABARAP complex provides mechanistic insights into the selective binding of FAM134 to the GABARAP subfamily.
著者: Zhao, J. / Li, Z. / Li, J.
履歴
登録2021年7月8日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年3月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Gamma-aminobutyric acid receptor-associated protein
B: Reticulophagy regulator 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,9092
ポリマ－16,9092
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: isothermal titration calorimetry
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1500 Å2
ΔGint-6 kcal/mol
Surface area7860 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)73.250, 73.250, 80.852
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

#1: タンパク質 Gamma-aminobutyric acid receptor-associated protein / GABARAP / GABA(A) receptor-associated protein


分子量: 13942.047 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Gabarap / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9DCD6
#2: タンパク質・ペプチド Reticulophagy regulator 1 / Reticulophagy receptor 1


分子量: 2967.022 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9H6L5

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.78 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: containing 0.1 M bis-tris propane pH 8.0, 2.2 M DL-Malic acid

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.97915 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年11月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97915 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.84→50 Å / Num. obs: 6205 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 15.6 % / Rmerge(I) obs: 0.109 / Rpim(I) all: 0.028 / Rrim(I) all: 0.113 / Χ2: 0.402 / Net I/σ(I): 3.3
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.85-2.915.91.1743100.970.3011.2130.4299.7
2.9-2.9516.91.1282980.940.2781.1630.418100
2.95-3.0116.70.9252990.970.2290.9530.409100
3.01-3.0716.70.6913020.9730.1720.7120.416100
3.07-3.1416.40.5223030.9850.130.5390.408100
3.14-3.2116.50.463160.9870.1150.4750.415100
3.21-3.2916.10.3212970.9950.0810.3310.417100
3.29-3.38160.262970.9960.0660.2690.424100
3.38-3.4816.20.2433070.9950.0620.250.451100
3.48-3.5915.60.1813010.9970.0470.1870.419100
3.59-3.7215.50.1483130.9980.0390.1530.425100
3.72-3.8714.30.1093160.9990.030.1130.429100
3.87-4.0414.40.0953070.9980.0260.0990.421100
4.04-4.2614.60.0853020.9990.0230.0880.42100
4.26-4.5216.10.0683140.9990.0170.070.407100
4.52-4.8716.10.063130.9990.0150.0620.398100
4.87-5.3615.90.0633160.9990.0160.0650.369100
5.36-6.1415.20.0633180.9990.0160.0650.359100
6.14-7.7313.60.0533210.9990.0150.0550.308100
7.73-5013.70.03635510.0090.0370.2998.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIXv1.18.2精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5YIR

5yir


解像度: 2.84→24.95 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.39 / 位相誤差: 29.11 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2438 365 5.9 %
Rwork0.186 5818 -
obs0.1892 6183 99.97 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 134.34 Å2 / Biso mean: 71.0947 Å2 / Biso min: 43.88 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.84→24.95 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1142 0 0 0 1142
残基数----138
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork
2.84-3.250.37041320.30671872
3.26-4.090.26811030.20561942
4.1-24.950.20361300.15132004

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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