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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7fb5 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of FAM134B/GABARAP complex | ||||||
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![]() | PROTEIN BINDING / MEMBRANE PROTEIN / ENDOPLASMIC RETICULUM / AUTOPHAGY | ||||||
機能・相同性 | ![]() endoplasmic reticulum-autophagosome adaptor activity / TBC/RABGAPs / Macroautophagy / positive regulation of protein K48-linked ubiquitination / regulation of Rac protein signal transduction / GABA receptor binding / cis-Golgi network / phosphatidylethanolamine binding / endoplasmic reticulum organization / reticulophagy ...endoplasmic reticulum-autophagosome adaptor activity / TBC/RABGAPs / Macroautophagy / positive regulation of protein K48-linked ubiquitination / regulation of Rac protein signal transduction / GABA receptor binding / cis-Golgi network / phosphatidylethanolamine binding / endoplasmic reticulum organization / reticulophagy / microtubule associated complex / regulation of neurotransmitter receptor localization to postsynaptic specialization membrane / beta-tubulin binding / collagen catabolic process / white fat cell differentiation / autophagosome membrane / extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / axoneme / smooth endoplasmic reticulum / mitophagy / sensory perception of pain / sperm midpiece / autophagosome / GABA-ergic synapse / autophagy / microtubule cytoskeleton organization / protein transport / positive regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / actin cytoskeleton / microtubule binding / cytoplasmic vesicle / negative regulation of neuron apoptotic process / microtubule / lysosome / nuclear body / Golgi membrane / ubiquitin protein ligase binding / endoplasmic reticulum membrane / nucleolus / endoplasmic reticulum / Golgi apparatus / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Zhao, J. / Li, J. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: The crystal structure of the FAM134B-GABARAP complex provides mechanistic insights into the selective binding of FAM134 to the GABARAP subfamily. 著者: Zhao, J. / Li, Z. / Li, J. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 42.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 28 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 5yirS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 13942.047 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() |
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#2: タンパク質・ペプチド | 分子量: 2967.022 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) ![]() |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.78 % |
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結晶化 | 温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: containing 0.1 M bis-tris propane pH 8.0, 2.2 M DL-Malic acid |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年11月8日 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.97915 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.84→50 Å / Num. obs: 6205 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 15.6 % / Rmerge(I) obs: 0.109 / Rpim(I) all: 0.028 / Rrim(I) all: 0.113 / Χ2: 0.402 / Net I/σ(I): 3.3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 5YIR 解像度: 2.84→24.95 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.39 / 位相誤差: 29.11 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 134.34 Å2 / Biso mean: 71.0947 Å2 / Biso min: 43.88 Å2 | ||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.84→24.95 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / % reflection obs: 100 %
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