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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7fal | ||||||
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タイトル | Co-crystal Structure of Toxoplasma gondii Prolyl tRNA Synthetase (TgPRS) in complex with T36 and L-pro | ||||||
![]() | Prolyl-tRNA synthetase (ProRS) | ||||||
![]() | TRANSLATION/INHIBITOR / Inhibitor-Bound Structural Comparison / TRANSLATION / Multi-drug / TRANSLATION-INHIBITOR complex | ||||||
機能・相同性 | ![]() proline-tRNA ligase / proline-tRNA ligase activity / prolyl-tRNA aminoacylation / aminoacyl-tRNA editing activity / aminoacyl-tRNA synthetase multienzyme complex / ATP binding / metal ion binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Malhotra, N. / Mishra, S. / Yogavel, M. / Sharma, A. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Targeting prolyl-tRNA synthetase via a series of ATP-mimetics to accelerate drug discovery against toxoplasmosis. 著者: Yogavel, M. / Bougdour, A. / Mishra, S. / Malhotra, N. / Chhibber-Goel, J. / Bellini, V. / Harlos, K. / Laleu, B. / Hakimi, M.A. / Sharma, A. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 401.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 327.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 953.4 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 962.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 34.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 46.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 7f98C ![]() 7f99C ![]() 7f9aC ![]() 7f9bC ![]() 7f9cC ![]() 7f9dC ![]() 7fakC ![]() 7famC ![]() 7fanC ![]() 7vc1C ![]() 7vc2C ![]() 7vc3C ![]() 6aa0S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 57937.258 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: TGRH88_057780 / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.01 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.12 % 解説: THE ENTRY CONTAINS FRIEDEL PAIRS IN I/F_PLUS/MINUS COLUMNS. |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: Morpheus E2 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年4月28日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9795 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.219→67.3 Å / Num. obs: 22703 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.7 % / CC1/2: 1 / Net I/σ(I): 4.6 |
反射 シェル | 解像度: 3.27→3.33 Å / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 1124 / CC1/2: 0.5 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 6aa0 解像度: 3.219→54.741 Å / SU ML: 0.41 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.18 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 128.5 Å2 / Biso mean: 52.662 Å2 / Biso min: 6.57 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 3.219→54.741 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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