PDB-7fai: CARM1 bound with compound 9

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7fai

タイトル

CARM1 bound with compound 9

要素

Histone-arginine methyltransferase CARM1

キーワード

TRANSFERASE / Histone-arginine methyltransferase CARM1

機能・相同性

機能・相同性情報

histone H3R17 methyltransferase activity / histone H3R2 methyltransferase activity / type I protein arginine methyltransferase / negative regulation of dendrite development / protein-arginine omega-N asymmetric methyltransferase activity / histone arginine N-methyltransferase activity / protein methyltransferase activity / regulation of intracellular estrogen receptor signaling pathway / replication fork reversal / protein-arginine N-methyltransferase activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.09749259173 Å

データ登録者

Cao, D.Y. / Li, J. / Xiong, B.

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2021
タイトル: Structure-Based Discovery of Potent CARM1 Inhibitors for Solid Tumor and Cancer Immunology Therapy.
著者: Zhang, Z. / Guo, Z. / Xu, X. / Cao, D. / Yang, H. / Li, Y. / Shi, Q. / Du, Z. / Guo, X. / Wang, X. / Chen, D. / Zhang, Y. / Chen, L. / Zhou, K. / Li, J. / Geng, M. / Huang, X. / Xiong, B.

履歴

登録	2021年7月6日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2021年11月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年2月16日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title
改定 1.2	2023年11月29日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7fai.cif.gz	341.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7fai.ent.gz	224.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7fai.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7fai_validation.pdf.gz	1.5 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7fai_full_validation.pdf.gz	1.5 MB	表示
XML形式データ	7fai_validation.xml.gz	49.8 KB	表示
CIF形式データ	7fai_validation.cif.gz	68.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fa/7fai ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fa/7fai	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7fajC 6izqS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	7faj-1 6izq-4 7fai-2 6izq-1 7faj-2 7faj-4 6izq-3 6izq-2 7faj-3 7fai-4 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#122 - 2010年2月エンハンセオソーム (Enhanceosome) 類似性 (3) #155 - 2012年11月ビタミンD受容体 (Vitamin D Receptor) 類似性 (2) #258 - 2021年6月糖質コルチコイド受容体とデキサメタゾン (Glucocorticoid Receptor and Dexamethasone) 類似性 (2) #31 - 2002年7月 p53腫瘍抑制因子 (p53 Tumor Suppressor) 類似性 (1) #150 - 2012年6月スライディングクランプ (Sliding Clamps) 類似性 (1) #213 - 2017年9月サーチュイン (Sirtuins) 類似性 (1) #221 - 2018年5月ヒトパピローマウイルスとワクチン (Human Papillomavirus and Vaccines) 類似性 (1) #222 - 2018年6月タンパク質とナノ粒子 (Proteins and Nanoparticles) 類似性 (1) #234 - 2019年6月 MDM2とがん (MDM2 and Cancer) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#122 - 2010年2月
エンハンセオソーム (Enhanceosome)
類似性 (3)
#155 - 2012年11月
ビタミンD受容体 (Vitamin D Receptor)
類似性 (2)
#258 - 2021年6月
糖質コルチコイド受容体とデキサメタゾン (Glucocorticoid Receptor and Dexamethasone)
類似性 (2)
#31 - 2002年7月
p53腫瘍抑制因子 (p53 Tumor Suppressor)
類似性 (1)
#150 - 2012年6月
スライディングクランプ (Sliding Clamps)
類似性 (1)
#213 - 2017年9月
サーチュイン (Sirtuins)
類似性 (1)
#221 - 2018年5月
ヒトパピローマウイルスとワクチン (Human Papillomavirus and Vaccines)
類似性 (1)
#222 - 2018年6月
タンパク質とナノ粒子 (Proteins and Nanoparticles)
類似性 (1)
#234 - 2019年6月
MDM2とがん (MDM2 and Cancer)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Histone-arginine methyltransferase CARM1

B: Histone-arginine methyltransferase CARM1

C: Histone-arginine methyltransferase CARM1

D: Histone-arginine methyltransferase CARM1

ヘテロ分子

155 kDa, 4 ポリマー
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1

A: Histone-arginine methyltransferase CARM1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
38.7 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Histone-arginine methyltransferase CARM1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
38.7 kDa, 1 ポリマー
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3

C: Histone-arginine methyltransferase CARM1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
38.7 kDa, 1 ポリマー
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4

D: Histone-arginine methyltransferase CARM1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
38.7 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	74.819, 98.600, 205.969
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2
Space group name Hall	P22ab
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x+1/2,y+1/2,-z #4: -x,-y,z

#1: タンパク質	Histone-arginine methyltransferase CARM1 / Coactivator-associated arginine methyltransferase 1 / Protein arginine N-methyltransferase 4 分子量: 38228.598 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CARM1, PRMT4 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: Q86X55, type I protein arginine methyltransferase
#2: 化合物	ChemComp-XJ3 / N'-[[3-[4-(3,5-dimethyl-1,2-oxazol-4-yl)-5-methyl-6-(oxan-4-ylamino)pyrimidin-2-yl]phenyl]methyl]-N-methyl-ethane-1,2-diamine 分子量: 450.576 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₅H₃₄N₆O₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 251 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.5 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.73 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 22-27% PEG 3350, 0.15M sodium malate, pH 7.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.97915 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2017年11月22日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97915 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.09749259173→60.5308539885 Å / Num. obs: 89925 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 13.5 % / B_iso Wilson estimate: 23.6205243191 Å² / R_merge(I) obs: 0.611 / Net I/σ(I): 10.6
反射シェル	解像度: 2.1→2.15 Å / R_merge(I) obs: 0.143 / Num. unique obs: 89925

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.11.1_2575	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6IZQ

6izq

解像度: 2.09749259173→60.53 Å / SU ML: 0.190241207414 / 交差検証法: NONE / σ(F): 1.34359113791 / 位相誤差: 23.5155768872
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.231685364763	4485	4.99326438138 %
R_work	0.194254515576	85336	-
obs	0.196190884764	89821	99.7335139517 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 25.8189564552 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.09749259173→60.53 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10726	0	132	251	11109

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.00746288061796	11146
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.900273802978	15110
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0559428600229	1638
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.00586597540564	1918
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	7.05907971792	6542

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.0975-2.1213	0.240303378951	151	0.1934664041	2793	X-RAY DIFFRACTION	99.8304510003
2.1213-2.1463	0.265766908282	141	0.182553409762	2845	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1463-2.1725	0.247036822816	131	0.189799006349	2798	X-RAY DIFFRACTION	99.863620866
2.1725-2.2	0.223836542678	154	0.190458923431	2831	X-RAY DIFFRACTION	99.8327759197
2.2-2.2289	0.264311071372	153	0.188415956	2785	X-RAY DIFFRACTION	99.9319727891
2.2289-2.2594	0.261566792952	136	0.194224430369	2832	X-RAY DIFFRACTION	99.865410498
2.2594-2.2917	0.253965681321	144	0.19532398234	2829	X-RAY DIFFRACTION	99.9327731092
2.2917-2.3259	0.242669240093	138	0.19433222585	2811	X-RAY DIFFRACTION	99.9661016949
2.3259-2.3623	0.238709487783	157	0.19559613615	2818	X-RAY DIFFRACTION	99.9663978495
2.3623-2.401	0.230357863153	134	0.19561727299	2845	X-RAY DIFFRACTION	100
2.401-2.4424	0.241587351288	119	0.205068678193	2822	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4424-2.4868	0.259598520613	143	0.204482552267	2861	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4868-2.5347	0.268125488113	130	0.203432620478	2834	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5347-2.5864	0.255610966125	169	0.205543374168	2818	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5864-2.6426	0.264012439136	137	0.218693068152	2832	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6426-2.7041	0.257255458494	153	0.212142798299	2844	X-RAY DIFFRACTION	99.9666444296
2.7041-2.7717	0.232728420502	151	0.217708587177	2855	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7717-2.8467	0.254083990584	158	0.226528942133	2806	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8467-2.9304	0.290993987858	134	0.230863047014	2870	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9304-3.025	0.28100257073	137	0.228221685584	2842	X-RAY DIFFRACTION	100
3.025-3.1331	0.289900941479	158	0.222667530305	2851	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1331-3.2586	0.268192933648	146	0.212502344269	2870	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2586-3.4069	0.260127958868	164	0.205110720219	2837	X-RAY DIFFRACTION	99.9666888741
3.4069-3.5865	0.207369840253	156	0.201699314	2741	X-RAY DIFFRACTION	96.373918829
3.5865-3.8111	0.221214969434	160	0.18503627623	2827	X-RAY DIFFRACTION	98.6134037636
3.8111-4.1053	0.194322814091	156	0.172744221862	2875	X-RAY DIFFRACTION	100
4.1053-4.5183	0.171198842912	149	0.15632452965	2884	X-RAY DIFFRACTION	100
4.5183-5.1719	0.18823407588	164	0.156938067475	2922	X-RAY DIFFRACTION	99.8382400518
5.1719-6.5148	0.212011237473	174	0.192183517721	2930	X-RAY DIFFRACTION	100
6.5148-60.53	0.222259336469	188	0.186589146136	3028	X-RAY DIFFRACTION	98.3486238532

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