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- PDB-7fah: Immune complex of head region of CA09 HA and neutralizing antibod... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7fah
タイトルImmune complex of head region of CA09 HA and neutralizing antibody 12H5
要素
  • Hemagglutinin
  • Light chain of antibody 12H5
  • heavy chain of antibody 12H5
キーワードVIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / Influenza virus / HA / Receptor binding site / neutralizing antibody / VIRAL PROTEIN / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex
機能・相同性
機能・相同性情報


viral budding from plasma membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / metal ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Haemagglutinin, influenzavirus A / Haemagglutinin, HA1 chain, alpha/beta domain superfamily / Haemagglutinin / Haemagglutinin, influenzavirus A/B / Viral capsid/haemagglutinin protein / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.151 Å
データ登録者Li, T.T. / Xue, W.H. / Gu, Y. / Li, S.W.
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: Identification of a cross-neutralizing antibody that targets the receptor binding site of H1N1 and H5N1 influenza viruses.
著者: Tingting Li / Junyu Chen / Qingbing Zheng / Wenhui Xue / Limin Zhang / Rui Rong / Sibo Zhang / Qian Wang / Minqing Hong / Yuyun Zhang / Lingyan Cui / Maozhou He / Zhen Lu / Zhenyong Zhang / ...著者: Tingting Li / Junyu Chen / Qingbing Zheng / Wenhui Xue / Limin Zhang / Rui Rong / Sibo Zhang / Qian Wang / Minqing Hong / Yuyun Zhang / Lingyan Cui / Maozhou He / Zhen Lu / Zhenyong Zhang / Xin Chi / Jinjin Li / Yang Huang / Hong Wang / Jixian Tang / Dong Ying / Lizhi Zhou / Yingbin Wang / Hai Yu / Jun Zhang / Ying Gu / Yixin Chen / Shaowei Li / Ningshao Xia /
要旨: Influenza A viruses pose a significant threat globally each year, underscoring the need for a vaccine- or antiviral-based broad-protection strategy. Here, we describe a chimeric monoclonal antibody, ...Influenza A viruses pose a significant threat globally each year, underscoring the need for a vaccine- or antiviral-based broad-protection strategy. Here, we describe a chimeric monoclonal antibody, C12H5, that offers neutralization against seasonal and pandemic H1N1 viruses, and cross-protection against some H5N1 viruses. Notably, C12H5 mAb offers broad neutralizing activity against H1N1 and H5N1 viruses by controlling virus entry and egress, and offers protection against H1N1 and H5N1 viral challenge in vivo. Through structural analyses, we show that C12H5 engages hemagglutinin (HA), the major surface glycoprotein on influenza, at a distinct epitope overlapping the receptor binding site and covering the 140-loop. We identified eight highly conserved (~90%) residues that are essential for broad H1N1 recognition, with evidence of tolerance for Asp or Glu at position 190; this site is a molecular determinant for human or avian host-specific recognition and this tolerance endows C12H5 with cross-neutralization potential. Our results could benefit the development of antiviral drugs and the design of broad-protection influenza vaccines.
履歴
登録2021年7月6日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年7月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年7月19日Group: Database references / Refinement description
カテゴリ: citation / citation_author / struct_ncs_dom_lim
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.32024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hemagglutinin
H: heavy chain of antibody 12H5
L: Light chain of antibody 12H5
B: Hemagglutinin
C: heavy chain of antibody 12H5
D: Light chain of antibody 12H5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)218,64410
ポリマ－217,8116
非ポリマー8334
水00
1
A: Hemagglutinin
H: heavy chain of antibody 12H5
L: Light chain of antibody 12H5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)109,3225
ポリマ－108,9063
非ポリマー4162
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Hemagglutinin
C: heavy chain of antibody 12H5
D: Light chain of antibody 12H5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)109,3225
ポリマ－108,9063
非ポリマー4162
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)107.740, 51.122, 168.248
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 106.900, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11chain D
21chain L
12chain H
22chain C
13chain A
23chain B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11ASPASPARGARGchain DDF1 - 2151 - 215
21ASPASPARGARGchain LLC1 - 2151 - 215
12GLNGLNARGARGchain HHB1 - 2171 - 217
22GLNGLNARGARGchain CCE1 - 2171 - 217
13VALVALASNASNchain AAA56 - 26948 - 261
23VALVALASNASNchain BBD56 - 26948 - 261

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3

-
要素

#1: タンパク質 Hemagglutinin


分子量: 61584.930 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Influenza A virus (strain swl A/California/04/2009 H1N1) (A型インフルエンザウイルス)
遺伝子: HA / 細胞株 (発現宿主): Tn5 cell / 発現宿主: Trichoplusia ni / 参照: UniProt: C3W5S1
#2: 抗体 heavy chain of antibody 12H5


分子量: 23370.369 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ)
#3: 抗体 Light chain of antibody 12H5


分子量: 23950.232 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ)
#4: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#5: 化合物 ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸


分子量: 195.237 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO4S / コメント: pH緩衝剤*YM
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.57 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.1M MES pH 6.5, 13% (w/v) PEG 2000

-
データ収集

回折平均測定温度: 123.15 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2016年7月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.15→50 Å / Num. obs: 30642 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 11.8 % / Biso Wilson estimate: 63.04 Å2 / CC1/2: 0.862 / Rpim(I) all: 0.077 / Rsym value: 0.188 / Net I/σ(I): 19.2
反射 シェル解像度: 3.15→3.2 Å / Num. unique obs: 2709 / Rsym value: 0.926

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データスケーリング
PHENIX1.10.1_2155精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
HKL-2000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3LZG, 1C1E

3lzg

1c1e


解像度: 3.151→38.606 Å / SU ML: 0.42 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 31.03 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2895 1492 4.88 %
Rwork0.2663 29099 -
obs0.2674 30591 98.57 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 251.25 Å2 / Biso mean: 107.3251 Å2 / Biso min: 26.29 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.151→38.606 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10014 0 52 0 10066
Biso mean--83.78 --
残基数----1292
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00310344
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.67614080
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0451530
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041808
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.1216184
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11D2554X-RAY DIFFRACTION3.903TORSIONAL
12L2554X-RAY DIFFRACTION3.903TORSIONAL
21H2497X-RAY DIFFRACTION3.903TORSIONAL
22C2497X-RAY DIFFRACTION3.903TORSIONAL
31A2655X-RAY DIFFRACTION3.903TORSIONAL
32B2655X-RAY DIFFRACTION3.903TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
3.151-3.25240.35211160.3368230487
3.2524-3.36860.37021420.31112653100
3.3686-3.50340.32321470.29762638100
3.5034-3.66280.32121470.28652643100
3.6628-3.85570.31661290.27332645100
3.8557-4.0970.27581420.25732647100
4.097-4.41290.24861370.24862668100
4.4129-4.85630.26281360.24032657100
4.8563-5.55720.24381040.24232723100
5.5572-6.99470.28621340.27882721100
6.9947-38.6060.28761580.25442800100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.0186-0.02260.04821.6131-0.17250.0696-0.0793-0.0302-0.5710.59370.2360.11330.11370.19280.03540.19960.0122-0.01680.49680.0260.565939.49427.6025164.4388
20.1703-0.2561-0.2191.2946-0.57010.6442-0.0785-0.14460.11370.20860.1881-0.5523-0.1715-0.0060.08070.28930.0002-0.10760.3323-0.03280.467948.775723.5256167.0465
30.55110.0524-0.26410.4741-0.20160.2676-0.05630.2580.34710.09150.4602-0.09350.0508-0.2650.16370.3115-0.0134-0.05630.2845-0.02310.377142.642922.5035165.9972
40.02810.03520.05140.0110.05520.07020.11190.0447-0.12230.26380.1379-0.80670.45040.47010.00290.97550.3080.13620.98430.13171.017767.8053-7.1158192.5332
50.1516-0.0898-0.01840.2026-0.04270.406-0.198-0.3519-0.46540.52360.1810.7140.09330.0489-0.05330.64370.26450.07760.6640.13610.529260.53951.8639186.3962
60.1302-0.0604-0.0960.01840.0210.15350.0058-0.13550.0459-0.01180.01380.08440.20510.2741-0.00450.65180.37960.07690.84980.11350.843367.24730.6235183.4594
70.0678-0.07410.00620.09720.0118-0.0133-0.2485-0.22-0.01470.52080.1442-0.37010.3530.6965-0.01650.99170.3241-0.06521.1160.34680.679670.61671.7551193.3371
80.5108-0.09630.56960.92630.40951.1969-0.4777-0.3643-0.29320.3562-0.37560.2821-0.2362-0.2081-0.72191.14280.37840.23111.20710.54450.604764.5189-2.7684195.9921
90.0165-0.01960.01690.0049-0.01660.0146-0.0540.23610.04950.1088-0.40380.0710.07480.1270.00012.25750.08060.30042.50280.79981.454965.527-17.2136229.5624
100.065-0.0014-0.03750.3010.24880.2225-0.22240.0241-0.03450.1417-0.58760.28240.26030.0582-0.06292.19280.44290.17251.80160.51811.038464.5055-13.5361215.2516
110.0206-0.02180.01930.03560.00350.0258-0.0367-0.0236-0.02820.3487-0.07630.10180.0577-0.0659-01.87460.55540.09591.94960.75712.115970.6171-9.268216.0408
12-0.0036-0.0067-0.01570.001-0.01340.0104-0.04160.13440.0250.18050.02110.0454-0.02410.081202.30610.23090.02122.19850.89351.960.9805-22.6774220.4675
130.00240.0020.012-0.00530.00640.0097-0.05090.17320.07530.00450.09070.026-0.05550.060202.16530.20250.01331.28730.1171.548169.3161-22.4237214.8018
140.51680.29970.4530.36270.4550.5813-0.4751-0.50930.39580.53410.11930.4221-0.59160.0343-0.23630.8550.330.13130.7458-0.11480.476851.390112.8893202.7863
150.04390.0744-0.06320.0635-0.0530.089-0.11030.06260.1558-0.2333-0.22860.01750.2061-0.2961-0.00012.50720.39080.28732.61960.60681.169771.749-6.5418227.5393
160.06390.0240.09450.00820.04220.0814-0.124-0.3807-0.04180.1563-0.1562-0.0424-0.17220.1766-0.2832.22760.5760.37272.36570.55780.504671.0663-4.2309228.0403
170.07-0.1662-0.08561.64820.30180.1326-0.19710.04150.39290.43640.24380.10910.0667-0.11330.00920.2529-0.04680.03070.47980.00320.540324.2704-2.2565164.421
180.24720.22110.1130.9274-0.06810.321-0.2253-0.05210.2414-0.13210.30080.88670.2924-0.05660.05290.3503-0.01460.10140.34360.03550.695311.9657-14.7229166.0952
190.8848-0.04160.60731.36660.75580.7532-0.17620.1973-0.2860.20650.3390.03280.12610.2330.07180.28660.04340.0710.30450.0250.518320.7583-20.2296167.0731
201.1344-0.0051-0.69131.6394-0.33180.7052-0.7028-0.61510.54690.37810.0131-0.5663-0.3916-0.2584-1.4640.81670.4605-0.15160.8781-0.25190.5619-1.33075.5938189.531
210.26740.3562-0.24220.3969-0.29110.2195-0.264-0.37330.58060.3007-0.7142-0.417-0.2588-0.1335-0.34612.17660.9665-0.5722.0898-0.68561.369-1.703219.2773219.6631
220.0028-0.00470.0430.02650.01290.1581-0.37220.3602-0.19380.5695-0.1265-0.1105-0.1719-0.0767-0.01322.74811.0462-0.68892.1977-0.77411.9235-3.902422.54217.4151
230.53670.1008-0.74680.592-0.8712.3842-0.9663-0.4215-0.16490.5256-0.0519-0.7650.4798-0.3691-1.66420.93790.6257-0.31360.71550.1280.213412.0031-7.8963202.817
240.0241-0.0024-0.0453-0.023-0.01660.1713-0.3534-0.31190.0109-0.1934-0.0207-0.095-0.1069-0.0716-0.42392.85011.3523-0.48883.1175-1.0727-0.6099-8.49279.5305227.8942
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 56 through 111 )A56 - 111
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 112 through 219 )A112 - 219
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 220 through 269 )A220 - 269
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'H' and (resid 1 through 17 )H1 - 17
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'H' and (resid 18 through 60 )H18 - 60
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'H' and (resid 61 through 83 )H61 - 83
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'H' and (resid 84 through 98 )H84 - 98
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'H' and (resid 99 through 123 )H99 - 123
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'H' and (resid 124 through 138 )H124 - 138
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'H' and (resid 139 through 172 )H139 - 172
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'H' and (resid 173 through 188 )H173 - 188
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'H' and (resid 189 through 203 )H189 - 203
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'H' and (resid 204 through 217 )H204 - 217
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'L' and (resid 1 through 117 )L1 - 117
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'L' and (resid 118 through 159 )L118 - 159
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'L' and (resid 160 through 215 )L160 - 215
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'B' and (resid 56 through 111 )B56 - 111
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'B' and (resid 112 through 180 )B112 - 180
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'B' and (resid 181 through 269 )B181 - 269
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'C' and (resid 1 through 123 )C1 - 123
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'C' and (resid 124 through 172 )C124 - 172
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'C' and (resid 173 through 217 )C173 - 217
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'D' and (resid 1 through 117 )D1 - 117
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'D' and (resid 118 through 215 )D118 - 215

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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