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- PDB-7f9p: Toxoplasma gondii Prolyl-tRNA Synthetase (TgPRS) in Complex with ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7f9p
タイトルToxoplasma gondii Prolyl-tRNA Synthetase (TgPRS) in Complex with inhibitor L95 and azetidine
要素Prolyl-tRNA synthetase (ProRS)
キーワードLIGASE / PROTEIN TRANSLATION / INHIBITOR / PRS / ATP POCKET / DOUBLE DRUG
機能・相同性
機能・相同性情報


proline-tRNA ligase / proline-tRNA ligase activity / prolyl-tRNA aminoacylation / aminoacyl-tRNA editing activity / ATP binding / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
YbaK/aminoacyl-tRNA synthetase-associated domain / Aminoacyl-tRNA editing domain / YbaK/aminoacyl-tRNA synthetase-associated domain superfamily / Proline-tRNA ligase, class IIa / Prolyl-tRNA synthetase, catalytic domain / Proline-tRNA ligase, class II, C-terminal / Prolyl-tRNA synthetase, C-terminal / Prolyl-tRNA synthetase, C-terminal / Proline-tRNA ligase, class IIa, archaeal-type / Prolyl-tRNA synthetase, class II ...YbaK/aminoacyl-tRNA synthetase-associated domain / Aminoacyl-tRNA editing domain / YbaK/aminoacyl-tRNA synthetase-associated domain superfamily / Proline-tRNA ligase, class IIa / Prolyl-tRNA synthetase, catalytic domain / Proline-tRNA ligase, class II, C-terminal / Prolyl-tRNA synthetase, C-terminal / Prolyl-tRNA synthetase, C-terminal / Proline-tRNA ligase, class IIa, archaeal-type / Prolyl-tRNA synthetase, class II / Aminoacyl-tRNA synthetase, class II (G/ P/ S/T) / tRNA synthetase class II core domain (G, H, P, S and T) / Anticodon-binding / Anticodon binding domain / Anticodon-binding domain superfamily / Aminoacyl-tRNA synthetase, class II / Aminoacyl-transfer RNA synthetases class-II family profile. / Class II Aminoacyl-tRNA synthetase/Biotinyl protein ligase (BPL) and lipoyl protein ligase (LPL)
類似検索 - ドメイン・相同性
(2S)-azetidine-2-carboxylic acid / Chem-JE6 / proline--tRNA ligase
類似検索 - 構成要素
生物種Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.57 Å
データ登録者Manickam, Y. / Malhotra, N. / Sharma, A.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: TgPRS with double inhibitors
著者: Malhotra, N. / Manickam, Y. / Sharma, A.
履歴
登録2021年7月4日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年10月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02023年11月15日Group: Atomic model / Data collection
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp_atom / chem_comp_bond
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id
改定 2.12023年11月29日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Prolyl-tRNA synthetase (ProRS)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,22914
ポリマ－57,9371
非ポリマー1,29113
水7,332407
1
A: Prolyl-tRNA synthetase (ProRS)
ヘテロ分子

A: Prolyl-tRNA synthetase (ProRS)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)118,45728
ポリマ－115,8752
非ポリマー2,58326
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_656-x+1,y,-z+11
Buried area8610 Å2
ΔGint34 kcal/mol
Surface area38210 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)151.130, 75.495, 110.166
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 152.240, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-903-

MES

21A-1026-

HOH

31A-1125-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Prolyl-tRNA synthetase (ProRS)


分子量: 57937.258 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
遺伝子: TGRH88_057780 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A7J6JUK2

-
非ポリマー , 5種, 420分子

#2: 化合物 ChemComp-JE6 / ~{N}-[4-[(3~{S})-3-cyano-3-cyclopropyl-2-oxidanylidene-pyrrolidin-1-yl]-6-methyl-pyridin-2-yl]-2-phenyl-ethanamide


分子量: 374.436 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C22H22N4O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-02A / (2S)-azetidine-2-carboxylic acid / (2S)-アゼチジン-2-カルボン酸


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 101.104 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H7NO2
#4: 化合物 ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸


分子量: 195.237 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 407 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.31 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.1 M Amino acids (0.2M DL-Glutamic acid monohydrate; 0.2M DL-Alanine; 0.2M Glycine; 0.2M DL-Lysine monohydrochloride; 0.2M DL-Serine), 0.1 M Buffer (Imidazole; MES monohydrate) and 30 % v/v ...詳細: 0.1 M Amino acids (0.2M DL-Glutamic acid monohydrate; 0.2M DL-Alanine; 0.2M Glycine; 0.2M DL-Lysine monohydrochloride; 0.2M DL-Serine), 0.1 M Buffer (Imidazole; MES monohydrate) and 30 % v/v Precipitant (40% v/v Ethylene glycol; 20% w/v PEG 8000)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.9686 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年12月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9686 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.57→69.49 Å / Num. obs: 79294 / % possible obs: 98.5 % / 冗長度: 6.2 % / CC1/2: 1 / Net I/σ(I): 11.8
反射 シェル解像度: 1.57→1.6 Å / Mean I/σ(I) obs: 0.5 / Num. unique obs: 3363 / CC1/2: 0.7 / % possible all: 83.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.15rc1_3423精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
DIALSデータ削減
xia2データスケーリング
Auto-Rickshaw位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5XIQ

5xiq


解像度: 1.57→51.32 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 22.15 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2022 3949 4.99 %
Rwork0.1755 75185 -
obs0.1769 79134 98.33 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 85.32 Å2 / Biso mean: 31.2558 Å2 / Biso min: 14.04 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.57→51.32 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3889 0 87 418 4394
Biso mean--34.18 41.09 -
残基数----483
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.57-1.58920.37751180.3569218980
1.5892-1.60930.34791300.3384232086
1.6093-1.63040.34251180.3255250091
1.6304-1.65280.31451490.2936261096
1.6528-1.67640.29931450.29372715100
1.6764-1.70140.2951440.27012691100
1.7014-1.7280.29081460.25842761100
1.728-1.75630.26021290.23522706100
1.7563-1.78660.24641430.22412667100
1.7866-1.81910.25311660.21362732100
1.8191-1.85410.23891520.20892715100
1.8541-1.8920.26031340.20462736100
1.892-1.93310.21611420.20082723100
1.9331-1.97810.20391200.18532730100
1.9781-2.02750.22141360.18252731100
2.0275-2.08240.20241360.17682713100
2.0824-2.14360.20431490.17492728100
2.1436-2.21280.19841630.17212713100
2.2128-2.29190.20511370.17022742100
2.2919-2.38370.19681160.16842753100
2.3837-2.49220.19241260.16782768100
2.4922-2.62350.19451490.17492711100
2.6235-2.78790.19921280.17462766100
2.7879-3.00310.20971510.16842729100
3.0031-3.30530.19541490.16382729100
3.3053-3.78350.17781500.15092763100
3.7835-4.76620.14481430.13082761100
4.7662-51.320.19291800.16192783100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 40.2255 Å / Origin y: 1.024 Å / Origin z: 14.9309 Å
111213212223313233
T0.1823 Å20.0229 Å20.0078 Å2-0.1637 Å20.0056 Å2--0.1754 Å2
L1.1354 °20.2509 °20.243 °2-0.7354 °20.4225 °2--1.0411 °2
S0.0147 Å °0.1188 Å °-0.1201 Å °-0.0352 Å °0.0211 Å °-0.0581 Å °0.0338 Å °0.0444 Å °0.0049 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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