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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7f9d | ||||||
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タイトル | Homo sapiens Prolyl-tRNA Synthetase (HsPRS) in Complex with L-proline and compound L96 | ||||||
要素 | Bifunctional glutamate/proline--tRNA ligase | ||||||
キーワード | LIGASE/LIGASE INHIBITOR / PROTEIN TRANSLATION / INHIBITOR / PRS / ATP POCKET / LIGASE / LIGASE-LIGASE INHIBITOR complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 regulation of long-chain fatty acid import into cell / Selenoamino acid metabolism / glutamate-tRNA ligase / glutamate-tRNA ligase activity / proline-tRNA ligase / proline-tRNA ligase activity / glutamyl-tRNA aminoacylation / prolyl-tRNA aminoacylation / tRNA modification in the nucleus and cytosol / Cytosolic tRNA aminoacylation ...regulation of long-chain fatty acid import into cell / Selenoamino acid metabolism / glutamate-tRNA ligase / glutamate-tRNA ligase activity / proline-tRNA ligase / proline-tRNA ligase activity / glutamyl-tRNA aminoacylation / prolyl-tRNA aminoacylation / tRNA modification in the nucleus and cytosol / Cytosolic tRNA aminoacylation / tRNA aminoacylation for protein translation / aminoacyl-tRNA synthetase multienzyme complex / GAIT complex / cellular response to type II interferon / RNA stem-loop binding / cellular response to insulin stimulus / GTPase binding / negative regulation of translation / ribonucleoprotein complex / protein homodimerization activity / zinc ion binding / ATP binding / identical protein binding / membrane / plasma membrane / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.497 Å | ||||||
データ登録者 | Manickam, Y. / Malhotra, N. / Sharma, A. | ||||||
引用 | ジャーナル: Plos Pathog. / 年: 2023 タイトル: Targeting prolyl-tRNA synthetase via a series of ATP-mimetics to accelerate drug discovery against toxoplasmosis. 著者: Yogavel, M. / Bougdour, A. / Mishra, S. / Malhotra, N. / Chhibber-Goel, J. / Bellini, V. / Harlos, K. / Laleu, B. / Hakimi, M.A. / Sharma, A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7f9d.cif.gz | 406.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7f9d.ent.gz | 328.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7f9d.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7f9d_validation.pdf.gz | 4 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7f9d_full_validation.pdf.gz | 4 MB | 表示 | |
XML形式データ | 7f9d_validation.xml.gz | 36.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7f9d_validation.cif.gz | 50.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f9/7f9d ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f9/7f9d | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 7f98C 7f99C 7f9aC 7f9bC 7f9cC 7fakC 7falC 7famC 7fanC 7vc1C 7vc2C 7vc3C 5vadS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 57530.840 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: EPRS1, EPRS, GLNS, PARS, QARS, QPRS, PIG32 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: P07814, glutamate-tRNA ligase, proline-tRNA ligase |
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-非ポリマー , 6種, 129分子
#2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-CA / #5: 化合物 | ChemComp-CL / #6: 化合物 | #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.92 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 0.1 M HEPES, 0.5 M CaCl2, 20% PEG 3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 2 / 波長: 0.98 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年2月3日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.98 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.497→44.125 Å / Num. obs: 73020 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 13.2 % / CC1/2: 0.99 / Net I/σ(I): 9.23 |
反射 シェル | 解像度: 2.497→2.65 Å / Num. unique obs: 6158 / CC1/2: 0.9 / % possible all: 98.5 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 5VAD 解像度: 2.497→44.125 Å / SU ML: 0.41 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 28.7 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 125.12 Å2 / Biso mean: 54.3448 Å2 / Biso min: 25.21 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.497→44.125 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 9.0373 Å / Origin y: 11.2828 Å / Origin z: 33.0215 Å
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精密化 TLSグループ |
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