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- PDB-7f8m: Roadblock from Thorarchaeota SMTZ1-45 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7f8m
タイトルRoadblock from Thorarchaeota SMTZ1-45
要素Robl_LC7 domain-containing protein
キーワードUNKNOWN FUNCTION / Asgard archaea / MGLB / roadblock
機能・相同性: / Roadblock/LAMTOR2 domain / Roadblock/LC7 domain / Roadblock/LC7 domain / Roadblock/LAMTOR2 domain-containing protein
機能・相同性情報
生物種Candidatus Thorarchaeota archaeon SMTZ1-45 (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.14 Å
データ登録者Robinson, R.C. / Tran, L.T.
資金援助 日本, 米国, 3件
組織認可番号国
Japan Science and TechnologyJPMJCR19S5 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)JP20H00476 日本
Other privateMoore and Simons foundations GBMF9743 米国
引用ジャーナル: Commun Biol / 年: 2024
タイトル: The eukaryotic-like characteristics of small GTPase, roadblock and TRAPPC3 proteins from Asgard archaea.
著者: Tran, L.T. / Akil, C. / Senju, Y. / Robinson, R.C.
履歴
登録2021年7月2日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年7月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月29日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond
改定 1.22025年1月29日Group: Database references / Structure summary
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_entry_details
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Robl_LC7 domain-containing protein
B: Robl_LC7 domain-containing protein
C: Robl_LC7 domain-containing protein
D: Robl_LC7 domain-containing protein
E: Robl_LC7 domain-containing protein
F: Robl_LC7 domain-containing protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,5036
ポリマ－76,5036
非ポリマー00
水5,513306
1
A: Robl_LC7 domain-containing protein
D: Robl_LC7 domain-containing protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,5012
ポリマ－25,5012
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2890 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area11460 Å2
手法PISA
2
B: Robl_LC7 domain-containing protein
C: Robl_LC7 domain-containing protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,5012
ポリマ－25,5012
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2900 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area11820 Å2
手法PISA
3
E: Robl_LC7 domain-containing protein
F: Robl_LC7 domain-containing protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,5012
ポリマ－25,5012
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2960 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area11450 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)58.982, 58.982, 193.952
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number144
Space group name H-MP31
Space group name HallP31
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x-y,z+1/3
#3: -x+y,-x,z+2/3

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要素

#1: タンパク質
Robl_LC7 domain-containing protein


分子量: 12750.568 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Candidatus Thorarchaeota archaeon SMTZ1-45 (古細菌)
遺伝子: AM325_09185 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A135VIJ8
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 306 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.55 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.69 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: 100 mM CH3COONa pH 5.0, 200 mM LiCl 16% PEG 6000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: TPS 05A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2020年3月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.14→20 Å / Num. obs: 40561 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 4.8 % / Rmerge(I) obs: 0.085 / Rpim(I) all: 0.043 / Rsym value: 0.095 / Net I/σ(I): 35.2
反射 シェル解像度: 2.14→2.19 Å / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.599 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique obs: 3449 / CC1/2: 0.664 / Rpim(I) all: 0.332 / Rrim(I) all: 0.689 / % possible all: 98

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0189精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化解像度: 2.14→20 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.26 1993 -
Rwork0.191 --
obs-40550 97.6 %
原子変位パラメータBiso mean: 37.96 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.14→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5238 0 0 306 5544
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.025338
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d2.24287242
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.1019914
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0117931
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d22.78911988
LS精密化 シェル解像度: 2.14→2.22 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.308 148 -
Rwork0.265 3453 -
obs--82.6 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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