PDB-7f8f: Roadblock from Odinarchaeota LCB_4

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7f8f

タイトル

Roadblock from Odinarchaeota LCB_4

要素

Robl_LC7 domain-containing protein

キーワード

UNKNOWN FUNCTION /

Asgard archaea (アスガルド古細菌) / MGLB /

roadblock

機能・相同性

Roadblock/LAMTOR2 domain / Roadblock/LC7 domain / Roadblock/LC7 domain / Robl_LC7 domain-containing protein

機能・相同性情報

生物種

Candidatus Odinarchaeota archaeon LCB_4 (古細菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.83 Å

データ登録者

Robinson, R.C. / Akil, C.

資金援助

日本,

米国, 3件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Roadblock from Odinarchaeota LCB_4
著者: Akil, C. / Robinson, R.C.

履歴

登録	2021年7月2日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2022年7月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月29日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7f8f.cif.gz	48.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7f8f.ent.gz	31.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7f8f.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f8/7f8f ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f8/7f8f	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3l7hS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Robl_LC7 domain-containing protein

10.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Robl_LC7 domain-containing protein

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: homology
20.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	52.072, 59.245, 59.890
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	24
Space group name H-M	I2₁2₁2₁
Space group name Hall	I2b2c
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x,-y,-z+1/2 #3: -x+1/2,y,-z #4: -x,-y+1/2,z #5: x+1/2,y+1/2,z+1/2 #6: x+1/2,-y+1/2,-z+1 #7: -x+1,y+1/2,-z+1/2 #8: -x+1/2,-y+1,z+1/2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-143- HOH
2	1	A-144- HOH

#1: タンパク質	Robl_LC7 domain-containing protein 分子量: 10438.052 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Candidatus Odinarchaeota archaeon LCB_4 (古細菌) 株: LCB_4 / 遺伝子: OdinLCB4_13320 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A1Q9N7N8
#2: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 45 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.21 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.41 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: 200 mM MgSO4 20% PEG 4000 10% glycerol

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: TPS 05A / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2018年10月10日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.83→42.1 Å / Num. obs: 8418 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 7.1 % / R_merge(I) obs: 0.046 / R_pim(I) all: 0.019 / R_rim(I) all: 0.05 / Net I/σ(I): 18.5
反射シェル	解像度: 1.83→1.87 Å / R_merge(I) obs: 0.524 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / Num. unique obs: 813 / CC_1/2: 0.889 / R_pim(I) all: 0.211 / R_rim(I) all: 0.566

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	v1.17.1	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
ACORN		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3l7h

3l7h

解像度: 1.83→39.3 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.216	813	-
R_work	0.193	-	-
obs	-	8417	99.9 %

原子変位パラメータ

B_iso mean: 32.34 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.83→39.3 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	621	0	0	45	666

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0019	647
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.4482	879
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0427	113
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0016	110
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	24.2335	254

LS精密化シェル

解像度: 1.83→2.1 Å

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.22	40	-
R_work	0.201	403	-
obs	-	-	99.6 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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